More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0005 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  100 
 
 
290 aa  594  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  66.78 
 
 
290 aa  421  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  64.81 
 
 
288 aa  410  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 
289 aa  378  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  60.28 
 
 
289 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  60.63 
 
 
289 aa  378  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.32431e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 
292 aa  377  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 
292 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  59.58 
 
 
292 aa  372  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  60.7 
 
 
292 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  59.44 
 
 
289 aa  373  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  60 
 
 
292 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  58.89 
 
 
289 aa  370  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 
292 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
291 aa  364  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
293 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
293 aa  364  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  59.58 
 
 
295 aa  362  5e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  57.54 
 
 
293 aa  362  5e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  57.84 
 
 
302 aa  358  7e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  56.45 
 
 
288 aa  357  1e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  56.45 
 
 
288 aa  356  2e-97  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  56.45 
 
 
289 aa  354  8e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 
298 aa  345  7e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  54.7 
 
 
298 aa  344  8e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  54.01 
 
 
290 aa  335  5e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  52.45 
 
 
289 aa  332  5e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  52.98 
 
 
289 aa  327  2e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 
298 aa  317  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  52.25 
 
 
302 aa  316  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  52.25 
 
 
302 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  53.85 
 
 
298 aa  316  3e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.15 
 
 
298 aa  314  1e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  52.45 
 
 
298 aa  313  3e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  2.6158e-05 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  52.45 
 
 
298 aa  312  5e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  53.55 
 
 
304 aa  311  7e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  51.75 
 
 
298 aa  308  7e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  51.75 
 
 
298 aa  308  9e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  46.13 
 
 
292 aa  285  8e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 
300 aa  280  2e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 
290 aa  263  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
295 aa  250  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
326 aa  246  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
296 aa  216  4e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
291 aa  216  5e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
298 aa  216  5e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
296 aa  214  1e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 
295 aa  213  2e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
298 aa  213  3e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 
305 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
299 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
328 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
300 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
301 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
298 aa  209  6e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
298 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.03 
 
 
293 aa  209  6e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
299 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
300 aa  208  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
305 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 
299 aa  208  7e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
296 aa  208  9e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.59 
 
 
305 aa  207  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
301 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 
298 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
298 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
301 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
301 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
293 aa  206  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 
335 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
295 aa  206  5e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
298 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  34.59 
 
 
309 aa  205  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
301 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 
308 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
298 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
299 aa  204  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
300 aa  203  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
307 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
301 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
310 aa  203  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
298 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 
299 aa  203  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
297 aa  202  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
304 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
303 aa  202  4e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
327 aa  202  4e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
303 aa  202  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
293 aa  202  5e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.86 
 
 
309 aa  202  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  36.3 
 
 
308 aa  202  7e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.46 
 
 
299 aa  202  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
319 aa  201  9e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
303 aa  201  1e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0692  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 
303 aa  200  2e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
306 aa  200  2e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
306 aa  200  2e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.21 
 
 
295 aa  200  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
300 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
298 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>