81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0039 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_R0039  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00215479  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0017  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  94.55 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  94.55 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  94.55 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0022  tRNA-Cys  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0186532 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  92.73 
 
 
74 bp  77.8  3e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  92.73 
 
 
74 bp  77.8  3e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  92.73 
 
 
74 bp  77.8  3e-13  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  92.59 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0068  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.505859  hitchhiker  0.00111076 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  88.41 
 
 
74 bp  73.8  5e-12  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0023  tRNA-Cys  90.91 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0021  tRNA-Cys  90.91 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  88.06 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  88.06 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0021  tRNA-Cys  90.91 
 
 
74 bp  69.9  8e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  90.74 
 
 
71 bp  67.9  3e-10  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna22  tRNA-Cys  88.71 
 
 
74 bp  67.9  3e-10  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0031  tRNA-Cys  90.38 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  89.29 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  89.29 
 
 
74 bp  63.9  5e-09  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0034  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0072  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0032  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0454547  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0063  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0582  tRNA-Cys  89.09 
 
 
76 bp  61.9  2e-08  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0032  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.392433  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4584  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0068  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.080231  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt05  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0077  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50271  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0077  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0075  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  2e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  89.09 
 
 
71 bp  61.9  2e-08  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0036  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  7e-08  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0579773 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  60  7e-08  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  7e-08  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0034  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  7e-08  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  0.65843 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  7e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  7e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  60  7e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  85.71 
 
 
74 bp  60  7e-08  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  7e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  88.89 
 
 
462 bp  60  7e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  7e-08  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  6.62406e-05  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0925  tRNA-Cys  87.5 
 
 
74 bp  56  1e-06  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1032  tRNA-Cys  87.5 
 
 
71 bp  56  1e-06  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0049  tRNA-Cys  94.29 
 
 
74 bp  54  5e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.650084 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  87.27 
 
 
71 bp  54  5e-06  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0073  tRNA-Cys  94.29 
 
 
74 bp  54  5e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.091827  normal  0.542101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t59  tRNA-Cys  94.29 
 
 
71 bp  54  5e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23444  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0050  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  5e-06  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0650  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  5e-06  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  5.03645e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0683  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  5e-06  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  9.09207e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4322  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  5e-06  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.990872  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA44  tRNA-Cys  92.31 
 
 
74 bp  54  5e-06  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0803701  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0018  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  5e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.146139 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0038  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  5e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206737  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t37  tRNA-Cys  92.31 
 
 
74 bp  54  5e-06  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0453949  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0050  tRNA-Cys  94.29 
 
 
74 bp  54  5e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.458136  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0031  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  5e-06  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.392405  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R49  tRNA-Cys  92.31 
 
 
74 bp  54  5e-06  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.334136 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  2e-05  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  2e-05  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  2e-05  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30720  tRNA-Cys  87.76 
 
 
71 bp  50.1  7e-05  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100485  hitchhiker  6.62167e-06 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2631  tRNA-Cys  87.76 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0044  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583033  normal  0.0240701 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0001  tRNA-Cys  86.79 
 
 
74 bp  50.1  7e-05  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0150  tRNA-Cys  88.64 
 
 
71 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.977632  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0037  tRNA-Cys  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.659023  normal  0.593785 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3267  tRNA-Cys  86.54 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA45  tRNA-Cys  86.54 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0030  tRNA-Cys  85.45 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.737492  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0001  tRNA-Cys  85.45 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0242  tRNA-Cys  85.45 
 
 
71 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0001  tRNA-Cys  85.45 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.536129 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0070  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>