298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0029 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0026  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0057  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00037  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.246516  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4677  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0038  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0155494  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2378  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0594589  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3328  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0050  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0699  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.157721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2466  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0126419  hitchhiker  0.000665402 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2339  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0754513  normal  0.044439 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0056  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000765486  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0045  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0042  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5045  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.149336  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2468  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0043  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.322484  normal  0.667641 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2423  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.176218 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2580  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0698829 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2141  hypothetical protein  96.88 
 
 		 156 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0004  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.14749  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0071  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000476291  normal  0.709979 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0048  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2898  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.685714  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0409  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000026925  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0049  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00129722  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t037  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0065  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0874306  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0105  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00814632  normal  0.0357368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0105  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111925  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0084  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39434  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t067  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066415 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0063  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000332377  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0075  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.252818  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>