More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_3012 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  59.25 
 
 
798 aa  882    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  56.64 
 
 
760 aa  837    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_004310  BR1413  DNA helicase II  54.96 
 
 
858 aa  877    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.338777  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2836  DNA helicase II  57.27 
 
 
858 aa  890    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4021  UvrD/REP helicase  55.91 
 
 
848 aa  880    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0787  UvrD/REP helicase  57.76 
 
 
800 aa  868    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.82156  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  54.15 
 
 
804 aa  843    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1084  UvrD/REP helicase  58.32 
 
 
789 aa  830    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.305736 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2360  UvrD/REP helicase  57.65 
 
 
816 aa  895    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  58.23 
 
 
817 aa  901    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  58.37 
 
 
783 aa  859    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  59.04 
 
 
795 aa  871    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  58.71 
 
 
783 aa  863    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2037  UvrD/REP helicase  55.85 
 
 
850 aa  887    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114912  normal  0.635195 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  59.3 
 
 
795 aa  877    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1764  UvrD/REP helicase  54.45 
 
 
864 aa  871    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.790075  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  55.24 
 
 
768 aa  798    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  54.94 
 
 
816 aa  857    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2023  UvrD/REP helicase  56.86 
 
 
845 aa  892    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  71.63 
 
 
765 aa  1117    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2777  ATP-dependent DNA helicase Rep  56.35 
 
 
817 aa  871    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46822  normal  0.929226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3279  UvrD/REP helicase  52.15 
 
 
866 aa  802    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  57.95 
 
 
826 aa  882    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3367  UvrD/REP helicase  56.6 
 
 
847 aa  891    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00561637 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2739  UvrD/REP helicase  56.81 
 
 
833 aa  892    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  71.19 
 
 
892 aa  1129    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1369  DNA helicase II  54.6 
 
 
858 aa  872    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.261872  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  59.74 
 
 
816 aa  865    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  56.6 
 
 
814 aa  877    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3012  UvrD/REP helicase  100 
 
 
770 aa  1577    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.853588 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6141  ATP-dependent DNA helicase Rep  55.49 
 
 
855 aa  892    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0790722 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  58.07 
 
 
825 aa  886    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1988  ATP-dependent DNA helicase Rep  55.33 
 
 
876 aa  884    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  58.38 
 
 
797 aa  857    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2059  ATP-dependent DNA helicase Rep  58.41 
 
 
763 aa  880    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.439478  normal  0.531774 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  58.37 
 
 
786 aa  858    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2483  DNA helicase II  55.56 
 
 
807 aa  818    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  59.18 
 
 
790 aa  900    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4295  UvrD/REP helicase  57.83 
 
 
799 aa  834    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  56.35 
 
 
728 aa  793    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2436  UvrD/REP helicase  61.19 
 
 
778 aa  902    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0016628  normal  0.650689 
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  47.33 
 
 
638 aa  612  9.999999999999999e-175  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0860  UvrD/Rep family helicase  47.09 
 
 
639 aa  595  1e-169  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0233  ATP-dependent DNA helicase Rep  46.64 
 
 
639 aa  585  1.0000000000000001e-165  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  43.31 
 
 
742 aa  580  1e-164  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  46.59 
 
 
630 aa  575  1.0000000000000001e-162  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  42.86 
 
 
736 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  43.99 
 
 
739 aa  572  1e-161  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  42.54 
 
 
744 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  40.93 
 
 
772 aa  552  1e-156  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  42.06 
 
 
762 aa  552  1e-156  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.95 
 
 
785 aa  543  1e-153  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  41.81 
 
 
726 aa  542  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  42.17 
 
 
737 aa  531  1e-149  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  40.77 
 
 
728 aa  531  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.94 
 
 
757 aa  529  1e-149  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  40.63 
 
 
728 aa  531  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  46.26 
 
 
673 aa  532  1e-149  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  40.92 
 
 
721 aa  530  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  40.63 
 
 
722 aa  526  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5401  DNA-dependent helicase II  40.32 
 
 
728 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0541595 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  40.92 
 
 
731 aa  527  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.12 
 
 
765 aa  526  1e-148  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  40.89 
 
 
721 aa  526  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  40.19 
 
 
728 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  41.47 
 
 
726 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  39.79 
 
 
727 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.11 
 
 
737 aa  524  1e-147  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  40.37 
 
 
722 aa  523  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  40.37 
 
 
722 aa  525  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.11 
 
 
755 aa  525  1e-147  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.13 
 
 
732 aa  525  1e-147  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  40.37 
 
 
722 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  40.69 
 
 
725 aa  525  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  40.37 
 
 
729 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  39.84 
 
 
722 aa  523  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.5 
 
 
730 aa  525  1e-147  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  40.19 
 
 
728 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.5 
 
 
730 aa  525  1e-147  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.89 
 
 
729 aa  520  1e-146  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  39.71 
 
 
722 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  39.71 
 
 
722 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  39.71 
 
 
722 aa  522  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  44.21 
 
 
727 aa  521  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  40.7 
 
 
724 aa  521  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.18 
 
 
729 aa  521  1e-146  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  40.89 
 
 
721 aa  519  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  39.71 
 
 
722 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  41.05 
 
 
732 aa  521  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  39.71 
 
 
722 aa  520  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  40.76 
 
 
727 aa  522  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2571  DNA-dependent helicase II  40.47 
 
 
723 aa  520  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  40.76 
 
 
721 aa  519  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  39.63 
 
 
727 aa  519  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  40.44 
 
 
724 aa  517  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  39.84 
 
 
720 aa  513  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  39.84 
 
 
720 aa  513  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  39.84 
 
 
720 aa  513  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  39.84 
 
 
720 aa  513  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  39.84 
 
 
720 aa  513  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>