More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2840 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
274 aa  536  1e-151  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  50.88 
 
 
289 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  51.72 
 
 
290 aa  234  9e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  45.94 
 
 
283 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  47.81 
 
 
280 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  46.69 
 
 
278 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  43.43 
 
 
279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  44.66 
 
 
278 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  43.26 
 
 
279 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  43.91 
 
 
280 aa  180  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  41.6 
 
 
276 aa  180  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  43.64 
 
 
279 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  43.48 
 
 
284 aa  181  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  40.88 
 
 
286 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  48.16 
 
 
282 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  44.12 
 
 
279 aa  178  7e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  43.64 
 
 
279 aa  178  8e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  44.77 
 
 
280 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 
285 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 
278 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  44.32 
 
 
285 aa  169  3e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 
285 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  43.85 
 
 
292 aa  169  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  45.49 
 
 
297 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  41.38 
 
 
284 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 
282 aa  162  7e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  46.15 
 
 
278 aa  162  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  45.38 
 
 
288 aa  159  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  45.65 
 
 
278 aa  159  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  41.09 
 
 
289 aa  159  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  43.9 
 
 
290 aa  159  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  43.26 
 
 
282 aa  155  7e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 
286 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  38.95 
 
 
280 aa  151  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  43.38 
 
 
283 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  42.49 
 
 
277 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 
308 aa  148  9e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 
277 aa  148  9e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 
278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 
277 aa  146  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.7 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 
277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  35.07 
 
 
277 aa  144  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 
291 aa  144  2e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  44.37 
 
 
287 aa  143  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.33 
 
 
277 aa  143  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  39.47 
 
 
298 aa  143  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  39.47 
 
 
298 aa  143  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.33 
 
 
277 aa  142  7e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  44.71 
 
 
276 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.91 
 
 
284 aa  140  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 
273 aa  140  3e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  37.55 
 
 
286 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  38.26 
 
 
280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 
298 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 
277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 
292 aa  136  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  40.52 
 
 
283 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 
289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  37.63 
 
 
295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  42.26 
 
 
293 aa  132  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  37.6 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 
300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  38.6 
 
 
613 aa  129  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
271 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  40.38 
 
 
290 aa  129  6e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 
273 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 
273 aa  129  6e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 
273 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 
277 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4468  shikimate 5-dehydrogenase  43.31 
 
 
273 aa  128  8.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.3 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  30.74 
 
 
269 aa  127  3e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 
311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 
271 aa  125  5e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.88 
 
 
294 aa  125  6e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  38.87 
 
 
283 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 
271 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 
271 aa  125  9e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 
285 aa  124  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  38.11 
 
 
289 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  40.3 
 
 
283 aa  124  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 
295 aa  124  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 
274 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 
278 aa  124  2e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 
288 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  38.29 
 
 
290 aa  123  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  30.52 
 
 
268 aa  123  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
271 aa  123  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  35.52 
 
 
288 aa  123  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  30.52 
 
 
268 aa  123  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 
273 aa  123  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  31.78 
 
 
275 aa  123  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 
280 aa  122  5e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>