More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2680 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
174 aa  349  1e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.99 
 
 
167 aa  152  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.37 
 
 
182 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  42.37 
 
 
184 aa  131  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  43.17 
 
 
185 aa  127  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  42.13 
 
 
184 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.25 
 
 
179 aa  126  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  41.57 
 
 
184 aa  125  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.69 
 
 
189 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  41.53 
 
 
185 aa  122  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  42.31 
 
 
190 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  41.24 
 
 
190 aa  117  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.18 
 
 
205 aa  117  9e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.24 
 
 
174 aa  115  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.15 
 
 
182 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  43.27 
 
 
219 aa  112  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  39.43 
 
 
183 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.04 
 
 
180 aa  111  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.04 
 
 
180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  40.11 
 
 
192 aa  107  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  37.91 
 
 
194 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.26 
 
 
260 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  36.72 
 
 
182 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  39.44 
 
 
181 aa  106  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  39.55 
 
 
194 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  37.78 
 
 
185 aa  106  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  43.31 
 
 
224 aa  106  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  37.99 
 
 
183 aa  104  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  38.15 
 
 
194 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  39.2 
 
 
188 aa  103  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  38.76 
 
 
182 aa  101  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.53 
 
 
191 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  36.75 
 
 
185 aa  97.8  7e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  39.38 
 
 
179 aa  97.4  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  39.53 
 
 
190 aa  97.1  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  41.03 
 
 
178 aa  96.3  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  41.03 
 
 
178 aa  96.3  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  40.37 
 
 
190 aa  95.9  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.22 
 
 
223 aa  95.5  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  33.15 
 
 
181 aa  93.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.04 
 
 
189 aa  93.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  38.24 
 
 
211 aa  92  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  36.14 
 
 
191 aa  91.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1555  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  53.41 
 
 
88 aa  90.9  8e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.62 
 
 
189 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  33.52 
 
 
181 aa  88.2  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.54 
 
 
191 aa  85.9  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.87 
 
 
216 aa  85.1  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  31.28 
 
 
190 aa  78.6  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.56 
 
 
201 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  31.14 
 
 
170 aa  73.2  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.55 
 
 
134 aa  73.6  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  30.95 
 
 
181 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
187 aa  72  0.000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.02 
 
 
212 aa  69.7  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.7 
 
 
200 aa  69.3  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.89 
 
 
228 aa  67.8  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1576  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.34 
 
 
220 aa  67.8  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000134885  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  34.3 
 
 
177 aa  63.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  30.6 
 
 
208 aa  62  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6207  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.28 
 
 
191 aa  62  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.774126  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1532  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.07 
 
 
180 aa  61.6  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0195109  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.69 
 
 
181 aa  59.7  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  35.77 
 
 
232 aa  59.7  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.54 
 
 
185 aa  58.9  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.17061 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4183  sigma-24  31.43 
 
 
238 aa  59.3  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000601717  normal  0.750213 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.16 
 
 
194 aa  58.9  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.561325  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2785  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.4 
 
 
188 aa  58.2  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.228174  decreased coverage  0.00013029 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.53 
 
 
186 aa  58.5  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0498  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.9 
 
 
203 aa  58.2  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  31.33 
 
 
225 aa  58.2  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  31.33 
 
 
225 aa  58.2  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5519  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.59 
 
 
241 aa  57.8  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.241519 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  30.72 
 
 
225 aa  57.4  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  28.67 
 
 
182 aa  57.4  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2587  sigma-70, region 4 type 2  26.71 
 
 
216 aa  57.4  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.802331 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 
198 aa  56.6  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2928  sigma-24 (FecI-like)  30.86 
 
 
187 aa  56.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.909502  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1611  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.87 
 
 
174 aa  56.2  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3919  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.39 
 
 
200 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0250534  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.49 
 
 
190 aa  55.8  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0401  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.27 
 
 
182 aa  55.5  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.799117 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.94 
 
 
188 aa  54.7  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  27.54 
 
 
190 aa  54.7  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.88 
 
 
181 aa  54.3  0.0000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.12 
 
 
185 aa  54.3  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  30.94 
 
 
188 aa  54.3  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0799  sigma-24 (FecI-like)  30.11 
 
 
272 aa  54.3  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3352  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.14 
 
 
206 aa  53.9  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.98 
 
 
188 aa  53.9  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.71 
 
 
198 aa  53.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2060  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.71 
 
 
195 aa  53.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0951622  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3190  RNA polymerase sigma factor  26.44 
 
 
192 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  28.9 
 
 
212 aa  53.1  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  27.07 
 
 
189 aa  53.5  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.15 
 
 
201 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.043222 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2124  RNA polymerase sigma factor  26.86 
 
 
192 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3007  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.14 
 
 
224 aa  53.5  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.824244  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  29.69 
 
 
187 aa  52.4  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  28.16 
 
 
196 aa  52.4  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>