More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2102 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 		 405 aa  803    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  58.07 
 
 		 436 aa  415  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  64.62 
 
 		 368 aa  412  1e-114  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.15 
 
 		 330 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  49.2 
 
 		 330 aa  266  7e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.07 
 
 		 348 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.63 
 
 		 326 aa  250  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.16 
 
 		 318 aa  249  5e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  42.95 
 
 		 326 aa  249  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.49 
 
 		 327 aa  249  9e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  44.66 
 
 		 324 aa  247  2e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  39.69 
 
 		 327 aa  246  6e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  43.37 
 
 		 349 aa  246  6e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  44.51 
 
 		 346 aa  246  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.2 
 
 		 346 aa  243  6e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  48.39 
 
 		 325 aa  241  1e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  41.62 
 
 		 350 aa  240  2.9999999999999997e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  43.54 
 
 		 354 aa  239  5e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 330 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  43.57 
 
 		 346 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  41.28 
 
 		 501 aa  235  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.59 
 
 		 458 aa  234  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  41.99 
 
 		 457 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  40.06 
 
 		 453 aa  233  6e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  40.66 
 
 		 455 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  42.36 
 
 		 329 aa  232  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 364 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  42.04 
 
 		 330 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.42 
 
 		 348 aa  230  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  41.99 
 
 		 469 aa  230  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  43.85 
 
 		 446 aa  229  6e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  40.12 
 
 		 444 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.06 
 
 		 330 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  43.43 
 
 		 348 aa  227  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  39.46 
 
 		 412 aa  226  4e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  42.22 
 
 		 468 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  43.57 
 
 		 329 aa  226  6e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  42.22 
 
 		 468 aa  226  6e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.12 
 
 		 330 aa  225  9e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  42.54 
 
 		 471 aa  225  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  39.46 
 
 		 411 aa  224  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  38.16 
 
 		 307 aa  215  9.999999999999999e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  44.35 
 
 		 286 aa  181  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.7 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  44.34 
 
 		 249 aa  157  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0556  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.12 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  43.5 
 
 		 239 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  43.89 
 
 		 224 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.17 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  43.05 
 
 		 239 aa  150  6e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.54 
 
 		 315 aa  149  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 264 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.03 
 
 		 300 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.39 
 
 		 308 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.03 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 228 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.23 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  40.26 
 
 		 228 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  36.33 
 
 		 264 aa  144  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 332 aa  144  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  38.94 
 
 		 234 aa  143  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.03 
 
 		 318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  30.43 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  37.82 
 
 		 255 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.6 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  32.03 
 
 		 318 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  32.79 
 
 		 333 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  31.17 
 
 		 319 aa  140  6e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  32.51 
 
 		 330 aa  139  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  31.17 
 
 		 329 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 240 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  32.9 
 
 		 333 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  30.53 
 
 		 318 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  30.86 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.41 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  39.29 
 
 		 298 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  33.44 
 
 		 319 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  31.48 
 
 		 329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.33 
 
 		 315 aa  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.9 
 
 		 327 aa  137  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  36.48 
 
 		 234 aa  137  5e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  32.57 
 
 		 333 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  34.14 
 
 		 278 aa  136  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  35.23 
 
 		 318 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.96 
 
 		 329 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.96 
 
 		 329 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  34.22 
 
 		 331 aa  135  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.96 
 
 		 329 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  33.44 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  30.25 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  32.7 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  30.79 
 
 		 314 aa  133  6e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  33.22 
 
 		 320 aa  133  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.28 
 
 		 334 aa  133  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.69 
 
 		 318 aa  132  9e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.67 
 
 		 318 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  30.43 
 
 		 319 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  34.81 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  30.7 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.84 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>