More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1799 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  100 
 
 
191 aa  380  1e-105  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  63.28 
 
 
187 aa  216  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  56.99 
 
 
198 aa  190  9e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.14 
 
 
593 aa  189  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  57.61 
 
 
200 aa  186  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  57.07 
 
 
201 aa  186  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  56 
 
 
208 aa  185  4e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  56.1 
 
 
179 aa  185  4e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  55.56 
 
 
216 aa  184  8e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  57.93 
 
 
203 aa  184  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  54.44 
 
 
206 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  54.64 
 
 
579 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.32 
 
 
604 aa  180  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.32 
 
 
579 aa  180  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  45.21 
 
 
591 aa  177  9e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  52.91 
 
 
552 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  53.44 
 
 
224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  50.8 
 
 
200 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  51.15 
 
 
205 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  50.27 
 
 
204 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  46.2 
 
 
200 aa  167  9e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  46.2 
 
 
217 aa  166  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  52.94 
 
 
594 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  58.93 
 
 
615 aa  166  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  59.03 
 
 
188 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  47.85 
 
 
196 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  44.44 
 
 
195 aa  159  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  51.16 
 
 
206 aa  158  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  46.24 
 
 
196 aa  156  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  48.52 
 
 
197 aa  155  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  54.88 
 
 
237 aa  156  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  48.48 
 
 
192 aa  154  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  47.59 
 
 
180 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  48.19 
 
 
181 aa  151  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  54.4 
 
 
214 aa  151  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  48.19 
 
 
193 aa  150  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0038  shikimate kinase  43.29 
 
 
181 aa  147  8e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2486  shikimate kinase  46.84 
 
 
190 aa  145  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0460027  normal  0.0259491 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  50.34 
 
 
185 aa  143  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  47.88 
 
 
178 aa  140  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  44.44 
 
 
196 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  41.34 
 
 
207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  44.31 
 
 
172 aa  125  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  39.13 
 
 
166 aa  124  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  43.98 
 
 
172 aa  120  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  43.37 
 
 
172 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  39.76 
 
 
219 aa  119  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  43.37 
 
 
172 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  40.24 
 
 
172 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  41.67 
 
 
174 aa  118  4.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  43.11 
 
 
187 aa  118  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  46.48 
 
 
173 aa  118  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  46.48 
 
 
173 aa  118  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  46.48 
 
 
173 aa  118  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  43.11 
 
 
187 aa  118  6e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  46.48 
 
 
173 aa  117  7e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  117  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  46.1 
 
 
171 aa  117  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  43.29 
 
 
179 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  42.86 
 
 
180 aa  117  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  45.39 
 
 
171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  39.63 
 
 
172 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  38.92 
 
 
186 aa  116  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  45.77 
 
 
173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  42.77 
 
 
171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  36.69 
 
 
180 aa  115  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  45.52 
 
 
173 aa  115  3e-25  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  42.17 
 
 
171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  42.17 
 
 
171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  42.17 
 
 
171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  37.87 
 
 
181 aa  115  3.9999999999999997e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  42.17 
 
 
171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  42.17 
 
 
171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  42.17 
 
 
171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  36.69 
 
 
180 aa  115  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  42.17 
 
 
171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  42.17 
 
 
171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  43.03 
 
 
172 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  42.17 
 
 
171 aa  115  5e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  45.07 
 
 
173 aa  115  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  43.03 
 
 
172 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  45.07 
 
 
225 aa  114  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  45.07 
 
 
225 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  45.07 
 
 
225 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  45.07 
 
 
173 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  45.07 
 
 
173 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  45.07 
 
 
173 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  45.07 
 
 
173 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  39.64 
 
 
176 aa  114  7.999999999999999e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  45.07 
 
 
173 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  45.07 
 
 
173 aa  114  7.999999999999999e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  46.1 
 
 
171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  41.88 
 
 
175 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  44.37 
 
 
173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  40.36 
 
 
172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  44.37 
 
 
173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  44.37 
 
 
173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  44.37 
 
 
173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  44.37 
 
 
173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>