263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1752 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  100 
 
 
395 aa  798  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  70.1 
 
 
405 aa  572  1e-162  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  67.27 
 
 
395 aa  539  1e-152  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  45.83 
 
 
385 aa  358  7e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  45.83 
 
 
385 aa  357  2e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  44.79 
 
 
385 aa  348  8e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  44.91 
 
 
383 aa  339  6e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  43.52 
 
 
395 aa  328  9e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  42.59 
 
 
384 aa  328  1e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  42.31 
 
 
392 aa  325  7e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  42.93 
 
 
384 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  43.52 
 
 
405 aa  323  3e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  44.68 
 
 
386 aa  323  3e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  42.37 
 
 
382 aa  323  4e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  44.44 
 
 
381 aa  322  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  46.15 
 
 
389 aa  320  2e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  44.59 
 
 
392 aa  320  2e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  42.56 
 
 
382 aa  317  2e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  44.47 
 
 
381 aa  317  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  42.3 
 
 
396 aa  316  5e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  43.26 
 
 
386 aa  315  8e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  4.81962e-05 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  43.38 
 
 
384 aa  315  1e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  43.38 
 
 
384 aa  315  1e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  41.84 
 
 
392 aa  314  2e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  42.26 
 
 
388 aa  313  3e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  41.32 
 
 
382 aa  313  4e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  40.86 
 
 
391 aa  304  2e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  42.23 
 
 
385 aa  303  4e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  41.27 
 
 
384 aa  303  4e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  43.5 
 
 
392 aa  299  6e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  41.38 
 
 
393 aa  292  6e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  42.11 
 
 
385 aa  292  9e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  43.12 
 
 
384 aa  291  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  40.62 
 
 
427 aa  290  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  41.04 
 
 
401 aa  288  9e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  41.18 
 
 
386 aa  287  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  40 
 
 
394 aa  286  5e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  41.84 
 
 
385 aa  283  3e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  41.84 
 
 
385 aa  283  3e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  42.01 
 
 
389 aa  282  8e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  42.15 
 
 
385 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  39.49 
 
 
392 aa  263  5e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  39.9 
 
 
396 aa  259  7e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  37.76 
 
 
392 aa  246  5e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  39.72 
 
 
381 aa  242  6e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  37.02 
 
 
399 aa  242  1e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  1.84069e-07  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  37.86 
 
 
388 aa  239  5e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  35.98 
 
 
379 aa  226  4e-58  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  35.01 
 
 
377 aa  202  1e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  35.01 
 
 
377 aa  202  1e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  35.95 
 
 
377 aa  199  8e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  34.75 
 
 
377 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0186  ribonuclease D, putative  29.89 
 
 
392 aa  196  5e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  34.65 
 
 
377 aa  196  8e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  34.41 
 
 
377 aa  194  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  34.81 
 
 
377 aa  189  6e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  33.7 
 
 
375 aa  184  2e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  30.13 
 
 
379 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  34.76 
 
 
374 aa  180  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  31.3 
 
 
374 aa  177  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  30.63 
 
 
386 aa  177  3e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  33.43 
 
 
377 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  34.22 
 
 
393 aa  175  1e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0300  putative ribonuclease D  31.12 
 
 
387 aa  173  4e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  37.02 
 
 
368 aa  171  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.20269e-07  hitchhiker  3.05333e-05 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  31.47 
 
 
382 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  30.64 
 
 
384 aa  167  3e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  30.34 
 
 
400 aa  167  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  31.05 
 
 
388 aa  166  8e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.136e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  31.63 
 
 
396 aa  164  2e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  31.35 
 
 
385 aa  164  2e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  30.56 
 
 
423 aa  164  2e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  32.55 
 
 
384 aa  161  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  34.5 
 
 
375 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  34.7 
 
 
388 aa  155  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.746e-08  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  34.7 
 
 
384 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.77901e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  34.7 
 
 
384 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.67525e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  35.9 
 
 
369 aa  153  6e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.59973e-05  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  35.9 
 
 
369 aa  153  6e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  35.9 
 
 
369 aa  153  6e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.12189e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  35.9 
 
 
369 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  34.44 
 
 
371 aa  152  9e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.15292e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  35.71 
 
 
381 aa  152  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  31.51 
 
 
371 aa  151  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  31.09 
 
 
375 aa  151  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  31.51 
 
 
371 aa  151  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  34.35 
 
 
367 aa  151  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  34.19 
 
 
370 aa  151  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  34.33 
 
 
369 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.80385e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  34.34 
 
 
385 aa  151  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  7.96428e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  30.77 
 
 
386 aa  151  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  32.88 
 
 
396 aa  150  3e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  31.09 
 
 
375 aa  150  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  31.09 
 
 
375 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  31.88 
 
 
367 aa  150  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  6.18336e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  32.4 
 
 
369 aa  150  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.49434e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6686  Ribonuclease D  35.05 
 
 
400 aa  149  6e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  30.83 
 
 
375 aa  149  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  30.83 
 
 
375 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  30.83 
 
 
375 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>