88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0611 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_0611  hypothetical protein  100 
 
 
252 aa  494  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0129859  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3817  hypothetical protein  57.69 
 
 
246 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.429858  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2491  hypothetical protein  53.95 
 
 
244 aa  216  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00369583  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0056  hypothetical protein  33.04 
 
 
237 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.955133  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3627  hypothetical protein  37.44 
 
 
227 aa  110  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.426525 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2820  protein of unknown function DUF448  34.88 
 
 
243 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19991  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2924  protein of unknown function DUF448  33.95 
 
 
247 aa  106  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2698  hypothetical protein  33.95 
 
 
247 aa  106  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.430127  normal  0.265509 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4617  protein of unknown function DUF448  36.84 
 
 
249 aa  105  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204222  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2756  hypothetical protein  35.03 
 
 
202 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.014789  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0748  hypothetical protein  37.36 
 
 
200 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213653  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2296  protein of unknown function DUF448  33.63 
 
 
234 aa  104  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0327098 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1164  hypothetical protein  35.03 
 
 
210 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.872281  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2825  hypothetical protein  35.03 
 
 
202 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2612  hypothetical protein  39.18 
 
 
257 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150488  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2911  hypothetical protein  34.02 
 
 
205 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.396041  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0294  hypothetical protein  39.11 
 
 
239 aa  102  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.211719  decreased coverage  0.00732343 
 
 
-
 
NC_004310  BR2164  hypothetical protein  36.26 
 
 
200 aa  102  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2593  hypothetical protein  34.72 
 
 
206 aa  101  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.441598 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2076  hypothetical protein  34.95 
 
 
217 aa  101  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0032  hypothetical protein  34.87 
 
 
221 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.306313 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4068  hypothetical protein  38.31 
 
 
231 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0039  hypothetical protein  31.96 
 
 
210 aa  95.9  6e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.745199  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3929  hypothetical protein  37.24 
 
 
211 aa  95.1  8e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.336833  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0479  hypothetical protein  32.16 
 
 
234 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.256495 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0599  hypothetical protein  32.16 
 
 
275 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48783  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3042  hypothetical protein  40.74 
 
 
194 aa  94  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1253  hypothetical protein  28.42 
 
 
211 aa  93.6  3e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4388  hypothetical protein  37.01 
 
 
230 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693571 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0023  hypothetical protein  31.64 
 
 
221 aa  93.2  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.488276  normal  0.0323771 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0441  hypothetical protein  31.66 
 
 
259 aa  92.8  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1048  hypothetical protein  30.66 
 
 
247 aa  91.7  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3562  hypothetical protein  31.86 
 
 
212 aa  91.7  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3728  hypothetical protein  32.73 
 
 
240 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.373596  normal  0.0153677 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0232  hypothetical protein  29.68 
 
 
264 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.024742  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3780  hypothetical protein  31.66 
 
 
263 aa  89.4  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0168  hypothetical protein  30.73 
 
 
231 aa  89.4  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0030  hypothetical protein  32.68 
 
 
221 aa  88.2  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2069  hypothetical protein  33.33 
 
 
215 aa  86.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.587906 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3440  hypothetical protein  35.81 
 
 
240 aa  73.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21121  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1900  hypothetical protein  29.77 
 
 
197 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0283041  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1301  protein of unknown function DUF448  28.24 
 
 
197 aa  61.6  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000545277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2982  protein of unknown function DUF448  28.24 
 
 
197 aa  60.5  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3728  50S ribosomal protein L7AE  29.61 
 
 
210 aa  60.1  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.058823  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1587  ribosomal protein L7Ae family protein  27.44 
 
 
205 aa  58.9  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00501586  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0962  hypothetical protein  31.21 
 
 
200 aa  58.2  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.342649  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2467  hypothetical protein  40.62 
 
 
93 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000893193  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1554  L7Ae family ribosomal protein  30.47 
 
 
212 aa  54.7  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000328024  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1153  protein of unknown function DUF448  37.97 
 
 
96 aa  54.7  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000421176  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1327  hypothetical protein  34.43 
 
 
94 aa  52.8  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1353  hypothetical protein  34.43 
 
 
94 aa  52.8  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1668  protein of unknown function DUF448  28.99 
 
 
203 aa  52.4  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0224  hypothetical protein  27.62 
 
 
246 aa  52.4  0.000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0834  hypothetical protein  33.9 
 
 
94 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2045  protein of unknown function DUF448  40 
 
 
96 aa  50.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1585  50S ribosomal protein L7AE  29.55 
 
 
205 aa  51.2  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0618553  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3853  hypothetical protein  37.5 
 
 
90 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000207203  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0608  protein of unknown function DUF448  37.5 
 
 
88 aa  50.4  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000166199  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3666  hypothetical protein  37.5 
 
 
93 aa  50.4  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000614384  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3556  hypothetical protein  37.5 
 
 
93 aa  50.4  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000244888  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3574  hypothetical protein  37.5 
 
 
93 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000033301  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3952  hypothetical protein  37.5 
 
 
90 aa  50.1  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000117603  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3827  hypothetical protein  37.5 
 
 
90 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.33695e-63 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3913  hypothetical protein  37.5 
 
 
90 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0074087  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3862  hypothetical protein  37.5 
 
 
90 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000195024  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3637  hypothetical protein  35.94 
 
 
90 aa  50.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000118018  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1331  hypothetical protein  35.94 
 
 
90 aa  49.3  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014271  hitchhiker  0.0000760943 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0697  hypothetical protein  30.68 
 
 
100 aa  48.5  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000302892  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1207  protein of unknown function DUF448  40.98 
 
 
98 aa  47.4  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000602769  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10310  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  39.33 
 
 
101 aa  47  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.277899  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0812  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  28.12 
 
 
98 aa  46.6  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00180555  hitchhiker  0.00771974 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1357  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  32.58 
 
 
91 aa  46.6  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1664  protein of unknown function DUF448  32.26 
 
 
95 aa  46.6  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000838952  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0431  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  39.34 
 
 
113 aa  46.2  0.0005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.219386  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0898  hypothetical protein  37.14 
 
 
93 aa  46.2  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0615724  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0381  hypothetical protein  35.29 
 
 
98 aa  45.8  0.0007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2776  hypothetical protein  31.46 
 
 
91 aa  44.3  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000158399  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1433  protein of unknown function DUF448  34.18 
 
 
93 aa  43.9  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00060627  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0993  hypothetical protein  34.55 
 
 
92 aa  44.3  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000776447  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0455  protein of unknown function DUF448  29.11 
 
 
90 aa  44.3  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0382  hypothetical protein  34.83 
 
 
100 aa  43.9  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.724071  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31832  predicted protein  34.07 
 
 
317 aa  43.1  0.004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.485373 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3678  protein of unknown function DUF448  36.51 
 
 
89 aa  43.1  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000159696  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0815  hypothetical protein  41.3 
 
 
108 aa  43.1  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.183473  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3750  hypothetical protein  33.65 
 
 
118 aa  42.7  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136006  unclonable  0.0000107528 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0474  hypothetical protein  35.29 
 
 
107 aa  42.4  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000988639  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1811  protein of unknown function DUF448  32.22 
 
 
95 aa  42.4  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.391163  normal  0.635855 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07830  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  31.58 
 
 
90 aa  42.4  0.008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>