More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0083 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  69.59 
 
 		 305 aa  421  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  66.11 
 
 		 304 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  67.7 
 
 		 302 aa  391  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 301 aa  291  6e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 299 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 299 aa  277  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  48.66 
 
 		 308 aa  275  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 303 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 301 aa  265  5e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  46.8 
 
 		 304 aa  264  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  42.19 
 
 		 308 aa  222  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 298 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 308 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 307 aa  209  5e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 316 aa  209  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 310 aa  208  7e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 299 aa  208  9e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.23 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 300 aa  205  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  42.18 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 342 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 312 aa  202  4e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 340 aa  202  7e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 297 aa  202  8e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 297 aa  201  9e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  39.8 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 314 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 314 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 317 aa  199  6e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  42.36 
 
 		 319 aa  198  9e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  39.32 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 322 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 308 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  40.72 
 
 		 311 aa  195  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 320 aa  193  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.16 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 334 aa  192  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 319 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 317 aa  192  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 309 aa  192  8e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 314 aa  189  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 334 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 334 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 334 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 334 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 334 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 334 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 334 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 334 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 334 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  42.36 
 
 		 319 aa  185  8e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 324 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 324 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 324 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>