64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0048 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_0048  phage integrase  100 
 
 
692 aa  1436    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.404651 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  26.59 
 
 
657 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  28.5 
 
 
602 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  29.97 
 
 
720 aa  126  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  31.25 
 
 
509 aa  107  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  37.85 
 
 
556 aa  101  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  37.85 
 
 
649 aa  100  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  27.1 
 
 
588 aa  90.9  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  22.94 
 
 
529 aa  90.1  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0896  hypothetical protein  27.37 
 
 
549 aa  85.5  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  29.83 
 
 
646 aa  84.3  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  27.98 
 
 
436 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  29.38 
 
 
441 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  25.89 
 
 
426 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  29.05 
 
 
605 aa  78.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  26.92 
 
 
388 aa  78.2  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  35.29 
 
 
533 aa  77  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  42.57 
 
 
565 aa  76.6  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  29.19 
 
 
430 aa  74.7  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  27.46 
 
 
538 aa  74.7  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  31.79 
 
 
566 aa  73.6  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  27.59 
 
 
434 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  31.65 
 
 
564 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  23.92 
 
 
651 aa  68.2  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  26.76 
 
 
662 aa  66.6  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  27.72 
 
 
401 aa  67  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  33.87 
 
 
412 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  33.87 
 
 
452 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  25.28 
 
 
581 aa  65.1  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  26.8 
 
 
531 aa  65.1  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  26.03 
 
 
563 aa  64.7  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  29.69 
 
 
566 aa  64.7  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  29.41 
 
 
439 aa  63.5  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  39.53 
 
 
687 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  34.83 
 
 
456 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  27.27 
 
 
588 aa  62.8  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  26.7 
 
 
540 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  28.83 
 
 
472 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  28.09 
 
 
430 aa  62  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  25.43 
 
 
687 aa  60.8  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  36.25 
 
 
616 aa  60.5  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  21.88 
 
 
602 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  29.7 
 
 
589 aa  59.7  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  27.32 
 
 
386 aa  58.9  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  23.83 
 
 
618 aa  58.2  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  23.55 
 
 
386 aa  58.2  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  22.96 
 
 
568 aa  57.8  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  29.38 
 
 
441 aa  55.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  37.04 
 
 
564 aa  56.2  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  29.71 
 
 
582 aa  54.7  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  34.15 
 
 
550 aa  53.5  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  23.27 
 
 
535 aa  52.8  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1569  hypothetical protein  24.23 
 
 
348 aa  51.6  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  25.4 
 
 
559 aa  51.6  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  34.25 
 
 
381 aa  49.3  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  23.62 
 
 
593 aa  49.7  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  31.58 
 
 
515 aa  49.3  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  25.41 
 
 
498 aa  48.5  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  22.37 
 
 
651 aa  47.8  0.0006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1378  site-specific recombinase XerD-like  39.02 
 
 
400 aa  47  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.106442  normal  0.166813 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  27.59 
 
 
560 aa  46.2  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  35.62 
 
 
508 aa  45.8  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  35.62 
 
 
508 aa  45.8  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  25.53 
 
 
414 aa  45.1  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>