More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0023 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0023  diguanylate cyclase  100 
 
 		 584 aa  1149    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0108472 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 366 aa  123  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 710 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.62 
 
 		 457 aa  117  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 524 aa  114  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.79 
 
 		 708 aa  114  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  26.67 
 
 		 623 aa  114  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  25.11 
 
 		 611 aa  113  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.88 
 
 		 965 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.79 
 
 		 719 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357603 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 432 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  33.99 
 
 		 673 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 554 aa  111  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 583 aa  111  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  34.52 
 
 		 415 aa  111  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 631 aa  110  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 410 aa  111  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2408  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 427 aa  110  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  34.73 
 
 		 424 aa  110  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 365 aa  110  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 385 aa  109  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4159  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 530 aa  109  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.956326 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 466 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  36.28 
 
 		 466 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 466 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  36.28 
 
 		 466 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 363 aa  109  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 432 aa  109  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  36.28 
 
 		 466 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  36.28 
 
 		 454 aa  109  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  36.28 
 
 		 454 aa  109  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 387 aa  109  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  32.37 
 
 		 628 aa  109  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.27 
 
 		 531 aa  109  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  41.1 
 
 		 568 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 452 aa  108  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  35.6 
 
 		 452 aa  108  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  35.59 
 
 		 849 aa  108  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 587 aa  108  3e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 476 aa  108  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 411 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 355 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 476 aa  108  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 452 aa  108  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 452 aa  108  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0381  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 251 aa  108  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.874327  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 882 aa  107  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3574  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 261 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.319685  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 263 aa  107  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  33.55 
 
 		 629 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 453 aa  107  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 359 aa  107  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  42.51 
 
 		 415 aa  107  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 470 aa  107  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 370 aa  106  9e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  42.7 
 
 		 347 aa  106  9e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  35.08 
 
 		 476 aa  107  9e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5582  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 241 aa  106  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.503288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  38.8 
 
 		 400 aa  106  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 464 aa  106  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 378 aa  106  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 436 aa  106  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 345 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 612 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  34.43 
 
 		 346 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 735 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 355 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 385 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 350 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 502 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.64 
 
 		 367 aa  105  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2926  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 250 aa  105  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  34.33 
 
 		 385 aa  105  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 401 aa  105  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1592  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.23 
 
 		 823 aa  105  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000214692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 510 aa  105  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 377 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 354 aa  105  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  28.69 
 
 		 497 aa  104  4e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  37.79 
 
 		 425 aa  104  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 507 aa  104  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0981  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 235 aa  104  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.743524  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  37.7 
 
 		 609 aa  104  4e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 507 aa  104  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3128  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 241 aa  104  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 301 aa  104  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  31.9 
 
 		 570 aa  104  4e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.23 
 
 		 574 aa  104  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 571 aa  104  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 548 aa  104  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.9 
 
 		 572 aa  104  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  40 
 
 		 503 aa  104  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3329  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 235 aa  104  5e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1080  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 356 aa  104  5e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  39.76 
 
 		 422 aa  104  5e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  38.79 
 
 		 443 aa  104  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  38.18 
 
 		 355 aa  104  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 753 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 432 aa  103  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>