83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_R0037 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_R0037  tRNA-Pro  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.47899e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0002  tRNA-Pro  85.51 
 
 
73 bp  58  3e-07  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  7.68997e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  94.59 
 
 
77 bp  58  3e-07  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  91.11 
 
 
78 bp  58  3e-07  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  1e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  1e-06  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  1e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  1e-06  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  1e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  1e-06  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  1e-06  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    96.88 
 
 
77 bp  56  1e-06  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  1e-06  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  1e-06  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  96.88 
 
 
77 bp  56  1e-06  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0013  tRNA-Val  86.21 
 
 
76 bp  52  2e-05  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0020  tRNA-Pro  90.24 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0040  tRNA-Ala  88.64 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0690466  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0067  tRNA-Ala  88.64 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00925323  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0058  tRNA-Ala  88.64 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0016  tRNA-Ala  88.64 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0028  tRNA-Ala  88.64 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0068  tRNA-Ala  88.64 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  90 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0010  tRNA-Ala  88.64 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.560104  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt08  tRNA-Pro  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0064  tRNA-Pro  93.75 
 
 
71 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0432605  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  88.64 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0080  tRNA-Ala  88.64 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lplt08  tRNA-Pro  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  89.74 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0010  tRNA-Pro  89.74 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  1.89735e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0071  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0056  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0020  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0037  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0234109  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0004  tRNA-Ala  88.37 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0030  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0035  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.56829e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0031  tRNA-Ala  85.45 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  4.4944e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0062  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.128618  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0052  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00134949  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0034  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0822071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0023  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00683735  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0006  tRNA-Arg  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  91.43 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0061  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  88.1 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0003  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0086  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0022  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  4.59218e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0080  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0042  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.324618  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0014  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0026  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  6.52648e-26  unclonable  4.88908e-08 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0007  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  86 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0022  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  91.18 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0054  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  91.18 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  91.18 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  6.74228e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0041  tRNA-Val  84.29 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  3.45856e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  91.18 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  1.53307e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  88.1 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  88.1 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0024  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0019  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0324694  normal  0.0212218 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0077  tRNA-Ala  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>