259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1357 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 		 425 aa  860    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  41.24 
 
 		 442 aa  290  4e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  44.77 
 
 		 435 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  35.51 
 
 		 433 aa  206  6e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.18 
 
 		 444 aa  199  7e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.16 
 
 		 457 aa  182  9.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  35.29 
 
 		 456 aa  164  3e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  28.3 
 
 		 407 aa  153  5.9999999999999996e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  28.3 
 
 		 407 aa  153  7e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.48 
 
 		 423 aa  151  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  36.54 
 
 		 290 aa  150  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  33.75 
 
 		 429 aa  149  1.0000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  30.39 
 
 		 401 aa  144  2e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  28.21 
 
 		 422 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.88 
 
 		 374 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.68 
 
 		 422 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  34.43 
 
 		 426 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.96 
 
 		 424 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  28.54 
 
 		 435 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  29.26 
 
 		 437 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  41.4 
 
 		 575 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  36.6 
 
 		 402 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  33.1 
 
 		 430 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  26.91 
 
 		 417 aa  112  9e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  30.28 
 
 		 403 aa  112  9e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  25.61 
 
 		 454 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  42.2 
 
 		 194 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  27.39 
 
 		 432 aa  111  3e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  28.91 
 
 		 439 aa  109  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.56 
 
 		 429 aa  109  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  28.52 
 
 		 426 aa  107  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  24.37 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.87 
 
 		 413 aa  107  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.05 
 
 		 433 aa  106  9e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  31.05 
 
 		 425 aa  106  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  29.64 
 
 		 429 aa  105  2e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.68 
 
 		 419 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  23.95 
 
 		 416 aa  104  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  31.21 
 
 		 438 aa  103  5e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.77 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  25.23 
 
 		 420 aa  101  3e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  24.29 
 
 		 425 aa  100  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  26.98 
 
 		 419 aa  98.6  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  25.73 
 
 		 438 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  26.38 
 
 		 435 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  31.98 
 
 		 409 aa  97.1  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  27.29 
 
 		 417 aa  97.1  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  26.16 
 
 		 432 aa  95.9  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.22 
 
 		 205 aa  96.3  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  28.36 
 
 		 408 aa  94.4  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  24.22 
 
 		 427 aa  94  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  22.3 
 
 		 416 aa  94  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  33.8 
 
 		 417 aa  93.6  6e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  23.54 
 
 		 419 aa  93.2  9e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  28.96 
 
 		 427 aa  92.4  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  23.28 
 
 		 456 aa  92.8  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  24.45 
 
 		 285 aa  92  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.79 
 
 		 423 aa  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  25.47 
 
 		 437 aa  90.9  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.25 
 
 		 445 aa  90.5  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  21.22 
 
 		 465 aa  87.8  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  30 
 
 		 453 aa  87.4  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 		 427 aa  87  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  25.12 
 
 		 423 aa  86.7  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.34 
 
 		 386 aa  86.7  7e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  24.34 
 
 		 432 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  23.32 
 
 		 436 aa  86.3  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  25.5 
 
 		 383 aa  86.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  25.8 
 
 		 474 aa  85.1  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  27.27 
 
 		 420 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  24.92 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.42 
 
 		 400 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.29 
 
 		 417 aa  84  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  23.06 
 
 		 460 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  22.2 
 
 		 393 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  26.77 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  31.07 
 
 		 434 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  29.69 
 
 		 420 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  28.87 
 
 		 399 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.46 
 
 		 442 aa  80.1  0.00000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  24.26 
 
 		 447 aa  80.1  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  24.39 
 
 		 439 aa  79  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  25.7 
 
 		 446 aa  79  0.0000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.73 
 
 		 427 aa  76.6  0.0000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.18 
 
 		 477 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  31.18 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  23.2 
 
 		 474 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.41 
 
 		 413 aa  75.5  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.81 
 
 		 620 aa  75.5  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  25.68 
 
 		 402 aa  75.1  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.91 
 
 		 471 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.33 
 
 		 565 aa  75.1  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  26.59 
 
 		 417 aa  75.1  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  26.49 
 
 		 387 aa  74.7  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.95 
 
 		 462 aa  74.3  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  21.68 
 
 		 413 aa  74.7  0.000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  29.7 
 
 		 397 aa  74.3  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  27.23 
 
 		 428 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  26.14 
 
 		 393 aa  73.2  0.000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  24.5 
 
 		 428 aa  73.2  0.000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>