110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1299 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1299  thiamine biosynthesis protein  100 
 
 
355 aa  727    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.122436  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0405  thiamine biosynthesis protein  52.75 
 
 
345 aa  335  9e-91  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4045  thiamine biosynthesis protein  52.76 
 
 
351 aa  323  2e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4161  thiamine biosynthesis protein  50.58 
 
 
351 aa  322  7e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4188  thiamine biosynthesis protein  50.58 
 
 
351 aa  322  7e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.329777  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0384  thiamine biosynthesis protein  50.58 
 
 
351 aa  319  3.9999999999999996e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.624695  hitchhiker  0.00868448 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1219  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  45.71 
 
 
354 aa  288  1e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0434  hypothetical protein  43.22 
 
 
334 aa  277  2e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3402  thiamine biosynthesis protein  43.94 
 
 
334 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3145  hypothetical protein  40.86 
 
 
346 aa  273  5.000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.221645  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4272  thiamine biosynthesis protein  43.93 
 
 
334 aa  272  7e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2654  hypothetical protein  44.84 
 
 
347 aa  271  1e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00416391  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0082  thiamine biosynthesis protein  52.27 
 
 
334 aa  271  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0065  thiamine biosynthesis protein  52.65 
 
 
334 aa  270  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.96842e-23 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0026  thiamine biosynthesis protein:ExsB  46.59 
 
 
326 aa  269  7e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1496  protein of unknown function DUF814  43.2 
 
 
327 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1071  thiamine biosynthesis protein  48.11 
 
 
335 aa  251  9.000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.324094  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1170  Thiamine biosynthesis protein-like protein  43.87 
 
 
329 aa  251  1e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1992  hypothetical protein  43.81 
 
 
349 aa  251  2e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1805  hypothetical protein  42.61 
 
 
327 aa  249  5e-65  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1624  hypothetical protein  42.61 
 
 
327 aa  249  7e-65  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.425475  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1498  hypothetical protein  40.95 
 
 
327 aa  238  1e-61  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1609  thiamine biosynthesis protein:ExsB  41.35 
 
 
327 aa  236  3e-61  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3219  thiamine biosynthesis protein  38.29 
 
 
333 aa  236  4e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1163  hypothetical protein  43.55 
 
 
328 aa  230  3e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2450  thiamine biosynthesis protein  42.33 
 
 
352 aa  228  1e-58  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2075  thiamine biosynthesis protein:ExsB  44.15 
 
 
329 aa  226  3e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1725  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  42.26 
 
 
337 aa  219  5e-56  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0282763 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2184  argininosuccinate synthase  37.03 
 
 
326 aa  219  7e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2474  thiamin biosynthesis protein ThiI  37.03 
 
 
326 aa  219  7.999999999999999e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0801  ATP-binding protein  44.11 
 
 
324 aa  217  2e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1979  thiamine biosynthesis protein:ExsB  40.38 
 
 
327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1061  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase / fibronectin/fibrinogen-binding protein  36.8 
 
 
329 aa  209  6e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.391536  normal  0.569731 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1746  thiamine biosynthesis protein:ExsB  37.21 
 
 
329 aa  205  1e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2797  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase  41.76 
 
 
331 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000576654  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0875  thiamine biosynthesis protein  36.83 
 
 
368 aa  197  3e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.408938 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1904  thiamine biosynthesis protein  37.01 
 
 
368 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.661194 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2372  hypothetical protein  36.36 
 
 
357 aa  194  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000114865  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2769  hypothetical protein  35.69 
 
 
325 aa  187  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778027  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0309  hypothetical protein  36.16 
 
 
349 aa  186  5e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0292  thiamine biosynthesis protein  35.99 
 
 
376 aa  177  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000151674  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3179  thiamine biosynthesis protein  35.78 
 
 
357 aa  168  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1718  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  34.81 
 
 
367 aa  60.1  0.00000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.530012  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1772  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  25.26 
 
 
348 aa  56.2  0.0000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0277772  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2388  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  34.88 
 
 
395 aa  55.5  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.183005  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1938  hypothetical protein  24.27 
 
 
212 aa  55.1  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.186563  normal  0.681719 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2184  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  22.96 
 
 
363 aa  55.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.414855  normal  0.985413 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3073  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.43 
 
 
354 aa  53.9  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1602  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.06 
 
 
358 aa  53.5  0.000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.1347  normal  0.338621 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1944  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  33.85 
 
 
397 aa  53.1  0.000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2042  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  28.46 
 
 
370 aa  52  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.389674 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6834  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  25.48 
 
 
366 aa  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.560399 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1486  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  27.27 
 
 
387 aa  50.8  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391444  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0817  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  29.23 
 
 
382 aa  50.8  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.866621  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1858  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  28.69 
 
 
352 aa  50.4  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000793578  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2037  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.36 
 
 
359 aa  50.8  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1753  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.57 
 
 
359 aa  50.8  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0601571  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1750  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  29.17 
 
 
358 aa  50.8  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0112928  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6065  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.43 
 
 
382 aa  50.4  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0345037  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00980  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyltransferase  31.78 
 
 
396 aa  49.7  0.00009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.487069  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0464  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  24.54 
 
 
338 aa  48.9  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000807441  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2244  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  24.81 
 
 
359 aa  49.3  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0167  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  27.87 
 
 
362 aa  48.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1200  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.63 
 
 
376 aa  48.5  0.0002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00132582 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0705  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.16 
 
 
361 aa  47.8  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0814  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  30.91 
 
 
391 aa  47.8  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.492528 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1976  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  24.22 
 
 
359 aa  47.8  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2662  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  32.73 
 
 
368 aa  47.8  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0468  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  22.97 
 
 
371 aa  47  0.0004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1262  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  27.5 
 
 
400 aa  47.4  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.56541  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5118  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  25.74 
 
 
382 aa  47  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  hitchhiker  0.00472186 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1206  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  25.6 
 
 
361 aa  47  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00578978  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0779  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.51 
 
 
357 aa  46.6  0.0007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1582  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  29.01 
 
 
351 aa  46.2  0.0008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3189  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  25.33 
 
 
399 aa  46.2  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.438371 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4065  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.85 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.872704 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0070  thiamine biosynthesis protein  29.49 
 
 
387 aa  45.8  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.090437 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0766  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  21.28 
 
 
367 aa  45.8  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0406399  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2564  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  25.17 
 
 
362 aa  45.4  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.15702  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2897  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  26.92 
 
 
347 aa  45.4  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2569  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.19 
 
 
353 aa  45.1  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.729066  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0016  ExsB  33.33 
 
 
224 aa  45.1  0.002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.877177  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0710  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  25.74 
 
 
341 aa  44.7  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0043  exsB protein  33.33 
 
 
224 aa  45.1  0.002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.228871  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0367  hypothetical protein  25.97 
 
 
404 aa  45.4  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1881  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.63 
 
 
397 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0016  exsB protein  33.33 
 
 
224 aa  45.1  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.981241  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0417  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  30.28 
 
 
358 aa  44.7  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000611049  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0299  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  24.42 
 
 
349 aa  45.1  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0010  thiazole biosynthesis protein  28.03 
 
 
436 aa  44.3  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0479704  normal  0.171831 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1492  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.46 
 
 
375 aa  44.7  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.132482  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1987  hypothetical protein  22.9 
 
 
213 aa  44.7  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4028  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyltransferase  25 
 
 
392 aa  44.3  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0603  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.48 
 
 
400 aa  43.9  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.365689  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0873  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.46 
 
 
368 aa  43.9  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.003729 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2600  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.67 
 
 
398 aa  43.9  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1938  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.63 
 
 
415 aa  44.3  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_685  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  22.81 
 
 
357 aa  43.9  0.004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3962  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.63 
 
 
402 aa  43.5  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2024  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.77 
 
 
380 aa  43.9  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>