More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0867 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0867  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 
92 aa  174  3e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.6253e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1546  histone family protein DNA-binding protein  83.7 
 
 
92 aa  147  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  4.0402e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  58.62 
 
 
90 aa  101  4e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3085  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 
91 aa  100  8e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000115471  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2203  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
91 aa  100  9e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0471577  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 
90 aa  98.6  3e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  unclonable  0.0000440637 
 
 
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  53.33 
 
 
90 aa  96.7  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000997119  hitchhiker  0.0000985943 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1064  DNA-binding protein HU  53.33 
 
 
91 aa  96.7  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.203306  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 
90 aa  96.3  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 
91 aa  95.9  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1051  histone family protein DNA-binding protein  54.65 
 
 
89 aa  95.5  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000497636  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 
90 aa  95.5  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 
90 aa  95.5  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1430  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000153062  normal  0.144736 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 
90 aa  94.7  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_004310  BR1105  DNA-binding protein HU  52.22 
 
 
91 aa  94.7  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.965912  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 
90 aa  94.4  5e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  53.33 
 
 
90 aa  94.4  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 
90 aa  94.4  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  53.33 
 
 
90 aa  94.4  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 
90 aa  94.4  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 
90 aa  94  6e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 
90 aa  94  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  54.44 
 
 
90 aa  94  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  54.44 
 
 
91 aa  94  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004041  DNA-binding protein HU-beta  52.22 
 
 
90 aa  93.6  9e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  55.56 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2511  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 
92 aa  93.2  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000006954  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  55.56 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 
91 aa  93.2  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1626  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  92.8  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000133039  hitchhiker  0.00000000638901 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  53.33 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  55.17 
 
 
90 aa  92.8  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
94 aa  92.4  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0219  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 
96 aa  92  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.132966  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  55.56 
 
 
90 aa  92.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 
91 aa  92.4  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  53.33 
 
 
90 aa  92.4  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0083  DNA-binding protein HU (DNA-binding protein II)  50.56 
 
 
90 aa  92.4  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  55.06 
 
 
96 aa  91.7  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4159  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 
91 aa  91.7  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01420  nucleoid DNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0550  DNA-binding protein HU-beta  52.17 
 
 
92 aa  91.3  4e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  53.33 
 
 
90 aa  91.3  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1926  histone family protein DNA-binding protein  51.09 
 
 
92 aa  91.3  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000201993  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 
90 aa  90.5  7e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  52.87 
 
 
91 aa  90.5  7e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  53.33 
 
 
90 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0075  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 
91 aa  90.1  8e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 
101 aa  90.5  8e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2657  nucleoid protein Hbs  50.55 
 
 
91 aa  90.5  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000194133  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  51.72 
 
 
91 aa  90.1  9e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  54.35 
 
 
94 aa  90.1  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2463  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 
90 aa  90.1  9e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0228112  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
90 aa  90.1  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
90 aa  90.1  9e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0087  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
91 aa  89.7  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2207  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 
91 aa  89.7  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.976216  normal  0.483194 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00213  DNA-binding protein  51.11 
 
 
101 aa  90.1  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2846  DNA-binding protein HU-alpha  51.11 
 
 
90 aa  89.7  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 
90 aa  90.1  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 
90 aa  89.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  48.89 
 
 
90 aa  89.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 
90 aa  89.4  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  53.93 
 
 
94 aa  89.4  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 
90 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  48.89 
 
 
90 aa  89  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0875  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 
90 aa  89.4  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.757232  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0964  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 
92 aa  89  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.00000000994236  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  52.22 
 
 
91 aa  89  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 
90 aa  89.4  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1509  DNA-binding protein HU-beta  50 
 
 
90 aa  89.4  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000490467  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 
90 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  48.31 
 
 
90 aa  89  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 
94 aa  89.4  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002182  DNA-binding protein HU-alpha  50 
 
 
90 aa  89  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.131368  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
90 aa  89  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1514  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 
91 aa  89  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000108882  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 
90 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  53.33 
 
 
90 aa  89  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  48.31 
 
 
90 aa  89  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  53.33 
 
 
90 aa  89  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2069  histone family protein DNA-binding protein  52.33 
 
 
95 aa  88.2  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  50.56 
 
 
90 aa  88.6  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  51.11 
 
 
90 aa  88.6  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000165625  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 
91 aa  88.6  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>