More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0710 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  100 
 
 		 244 aa  486  1e-136  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  49.15 
 
 		 264 aa  228  6e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.46 
 
 		 247 aa  221  8e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 241 aa  220  9.999999999999999e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  45.15 
 
 		 239 aa  215  5e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.38 
 
 		 239 aa  215  5e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 271 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.68 
 
 		 258 aa  208  6e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  44.59 
 
 		 236 aa  204  8e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 274 aa  204  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 251 aa  202  4e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 266 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  43.59 
 
 		 239 aa  199  3e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 309 aa  198  6e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  43.35 
 
 		 253 aa  198  6e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 266 aa  198  7e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.66 
 
 		 240 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 238 aa  195  4.0000000000000005e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  43.4 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.52 
 
 		 251 aa  187  2e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 243 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  40.59 
 
 		 273 aa  183  3e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  38.27 
 
 		 274 aa  182  3e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  43.7 
 
 		 242 aa  182  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 242 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 242 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 242 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  37.13 
 
 		 324 aa  181  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  41.95 
 
 		 242 aa  181  7e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  41.95 
 
 		 242 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 242 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  37.13 
 
 		 329 aa  181  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 242 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  41.95 
 
 		 242 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 242 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.37 
 
 		 242 aa  180  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  37.82 
 
 		 235 aa  180  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 555 aa  180  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 238 aa  180  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  42.67 
 
 		 472 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 243 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.71 
 
 		 328 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  37.55 
 
 		 375 aa  178  7e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.44 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  42.8 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  38.66 
 
 		 268 aa  177  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  39.42 
 
 		 243 aa  175  5e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  36.44 
 
 		 259 aa  175  5e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 265 aa  174  8e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  37.29 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.19 
 
 		 249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.02 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  37.97 
 
 		 256 aa  172  5.999999999999999e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2458  pseudouridine synthase  37.29 
 
 		 332 aa  171  7.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  40.95 
 
 		 252 aa  171  9e-42  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 354 aa  170  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  36.03 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  41.88 
 
 		 516 aa  169  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  37.29 
 
 		 249 aa  168  7e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  36.75 
 
 		 567 aa  168  7e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.24 
 
 		 240 aa  168  9e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 236 aa  168  9e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  40.52 
 
 		 638 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 251 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1023  pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 233 aa  166  2e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  38.14 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 556 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.97 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  35.59 
 
 		 621 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.48 
 
 		 269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  38.63 
 
 		 403 aa  166  4e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 250 aa  165  5e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 255 aa  164  9e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 247 aa  164  9e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  36.63 
 
 		 624 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 553 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  40.17 
 
 		 387 aa  162  4.0000000000000004e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  40.34 
 
 		 562 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  35.02 
 
 		 329 aa  161  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  36.64 
 
 		 406 aa  160  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  35.02 
 
 		 694 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  34.87 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  31.78 
 
 		 296 aa  158  7e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 245 aa  158  7e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  37.29 
 
 		 263 aa  157  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.66 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  35.59 
 
 		 244 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  36.71 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2371  pseudouridine synthase  34.03 
 
 		 319 aa  156  3e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.588015  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  34.04 
 
 		 426 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  32.35 
 
 		 254 aa  154  9e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  36.36 
 
 		 318 aa  154  1e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.03 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>