More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0368 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
68 aa  138  3e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0367  cold-shock DNA-binding domain protein  73.53 
 
 
68 aa  104  5e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.12569e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  70.15 
 
 
69 aa  100  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  70.15 
 
 
69 aa  100  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
69 aa  100  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  98.6  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  98.6  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  98.6  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.92249e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  68.66 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  68.66 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  73.44 
 
 
69 aa  98.2  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.39034e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  73.44 
 
 
69 aa  98.2  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  5.86616e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  97.8  5e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0926  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
71 aa  97.4  5e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  1.57292e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  97.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  70.77 
 
 
69 aa  97.4  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  97.4  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  97.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  97.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  97.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  66.15 
 
 
67 aa  97.4  6e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  2.97873e-14  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  68.66 
 
 
69 aa  97.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 
70 aa  96.7  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  2.41121e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  69.23 
 
 
69 aa  95.9  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  67.16 
 
 
70 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.33553e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
70 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  67.16 
 
 
70 aa  96.7  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.27415e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  67.16 
 
 
70 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  67.16 
 
 
70 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  67.16 
 
 
70 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  67.16 
 
 
70 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  2.03795e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  67.16 
 
 
70 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  67.16 
 
 
70 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.65 
 
 
67 aa  96.7  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.46303e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  65.67 
 
 
70 aa  95.5  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
65 aa  95.5  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  3.42931e-10  unclonable  6.81945e-11 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 
70 aa  95.1  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
70 aa  95.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  70.31 
 
 
68 aa  94.7  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 
70 aa  94.4  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  62.69 
 
 
70 aa  94.4  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
70 aa  94.4  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
70 aa  94.4  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  64.71 
 
 
67 aa  94  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  64.71 
 
 
67 aa  94  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0375  cold shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 
70 aa  93.6  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  68.66 
 
 
69 aa  93.6  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.25837e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  63.24 
 
 
83 aa  93.6  9e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  7.34957e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  65.67 
 
 
70 aa  93.6  9e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  6.50584e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  64.18 
 
 
70 aa  93.2  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.71 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  65.57 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  64.71 
 
 
67 aa  92.8  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.13 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  64.71 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.84465e-07 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  72.13 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  64.71 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.97 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  64.71 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  64.71 
 
 
67 aa  93.2  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.58e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  7.86929e-06  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.65967e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.73649e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  1.63048e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  67.21 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  6.32959e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  67.19 
 
 
69 aa  92  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  1.33144e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  8.10099e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  7.20852e-09  decreased coverage  1.9593e-05 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  1.01532e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  9.72653e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.76643e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  67.16 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>