More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0175 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
318 aa  650    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  45.89 
 
 
304 aa  265  8e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  44.48 
 
 
309 aa  261  8e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  48.4 
 
 
331 aa  260  2e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  45.28 
 
 
302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45.25 
 
 
304 aa  259  6e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  45.28 
 
 
302 aa  255  5e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 
302 aa  255  7e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.97 
 
 
302 aa  254  9e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  44.97 
 
 
302 aa  254  9e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 
302 aa  254  9e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.97 
 
 
302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.65 
 
 
302 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  44.65 
 
 
302 aa  252  6e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  42.33 
 
 
326 aa  251  8.000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.71 
 
 
302 aa  250  2e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  44.9 
 
 
306 aa  245  6e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  45.9 
 
 
302 aa  245  9e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.3 
 
 
334 aa  241  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 
347 aa  239  2.9999999999999997e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  44.87 
 
 
305 aa  239  5e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  43.38 
 
 
305 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  41.18 
 
 
313 aa  236  4e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  40.12 
 
 
334 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.19 
 
 
301 aa  235  7e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  43.99 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.89 
 
 
303 aa  233  3e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 
304 aa  233  3e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 
323 aa  233  3e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  41.23 
 
 
341 aa  233  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  42.39 
 
 
305 aa  231  1e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  40.45 
 
 
306 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.58 
 
 
321 aa  230  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.24 
 
 
343 aa  229  6e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.31 
 
 
296 aa  228  1e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  41.72 
 
 
337 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  39.6 
 
 
377 aa  228  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  45.34 
 
 
306 aa  227  2e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  41.42 
 
 
308 aa  226  4e-58  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.69 
 
 
343 aa  226  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.95 
 
 
296 aa  226  4e-58  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  40.68 
 
 
313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  45.02 
 
 
306 aa  226  6e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.63 
 
 
333 aa  224  1e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  43.17 
 
 
305 aa  224  1e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  40.07 
 
 
329 aa  224  1e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.29 
 
 
305 aa  224  2e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.47 
 
 
312 aa  224  2e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  40.56 
 
 
341 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  42.63 
 
 
311 aa  224  2e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  42.63 
 
 
311 aa  224  2e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 
308 aa  223  3e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.88 
 
 
310 aa  223  4e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.99 
 
 
300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  41.04 
 
 
303 aa  222  6e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  44.59 
 
 
311 aa  221  9.999999999999999e-57  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  43.89 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.82 
 
 
303 aa  219  3e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  42.54 
 
 
325 aa  220  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  40.13 
 
 
322 aa  219  3.9999999999999997e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  40.49 
 
 
343 aa  219  7e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  40.49 
 
 
343 aa  218  7e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  39.88 
 
 
345 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  41.75 
 
 
305 aa  218  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  39.43 
 
 
322 aa  218  1e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  41.75 
 
 
305 aa  218  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.56 
 
 
319 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  40.58 
 
 
327 aa  217  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.64 
 
 
313 aa  217  2e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  39.5 
 
 
315 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.81 
 
 
326 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.96 
 
 
322 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  37.13 
 
 
482 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  43.85 
 
 
319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.87 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  40.4 
 
 
315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  42.57 
 
 
320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  41.9 
 
 
391 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  39.68 
 
 
332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.69 
 
 
322 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  39.02 
 
 
320 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.97 
 
 
300 aa  212  7e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  39.35 
 
 
313 aa  212  7.999999999999999e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  40.71 
 
 
319 aa  212  7.999999999999999e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  39.56 
 
 
431 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.88 
 
 
438 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  41.59 
 
 
314 aa  211  1e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.98 
 
 
332 aa  211  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  40.18 
 
 
342 aa  211  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  39.35 
 
 
310 aa  209  5e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.35 
 
 
319 aa  209  5e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  40.12 
 
 
351 aa  209  6e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 
323 aa  209  6e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  38.53 
 
 
336 aa  209  6e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  43.04 
 
 
342 aa  209  7e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.11 
 
 
320 aa  209  7e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  40.24 
 
 
334 aa  208  8e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.85 
 
 
302 aa  207  1e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  37.85 
 
 
336 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>