More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0031 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.24 
 
 
917 aa  732    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.01 
 
 
901 aa  704    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3089  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.07 
 
 
959 aa  1162    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440267  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.3 
 
 
946 aa  1176    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.53 
 
 
960 aa  1180    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.72 
 
 
947 aa  1220    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.63 
 
 
906 aa  682    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  100 
 
 
1000 aa  2071    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.64 
 
 
967 aa  1173    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.62 
 
 
966 aa  1189    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.72 
 
 
900 aa  739    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.71 
 
 
959 aa  1147    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3925  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.71 
 
 
959 aa  1137    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287134  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3636  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.74 
 
 
959 aa  1139    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.234983 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.48 
 
 
886 aa  635    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.7 
 
 
950 aa  1156    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.93 
 
 
984 aa  1180    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2741  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.21 
 
 
960 aa  1128    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.313061 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.22 
 
 
956 aa  1225    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  57 
 
 
952 aa  1163    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  57.93 
 
 
984 aa  1180    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.93 
 
 
984 aa  1180    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  55.93 
 
 
960 aa  1127    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.91 
 
 
983 aa  1203    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  57.54 
 
 
977 aa  1183    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.57 
 
 
903 aa  671    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.86 
 
 
959 aa  1184    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.59 
 
 
948 aa  1131    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2853  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.25 
 
 
960 aa  1127    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.771386 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.59 
 
 
983 aa  1204    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.89 
 
 
946 aa  1157    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2750  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.65 
 
 
969 aa  1155    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0453604 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  42.97 
 
 
899 aa  725    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.72 
 
 
982 aa  1209    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.62 
 
 
984 aa  1187    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.93 
 
 
984 aa  1180    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.99 
 
 
948 aa  1155    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0735  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.69 
 
 
952 aa  1165    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.29 
 
 
951 aa  1122    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.07 
 
 
900 aa  729    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.66 
 
 
959 aa  1137    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2558  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.94 
 
 
973 aa  1116    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.779669  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.03 
 
 
893 aa  752    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.7 
 
 
983 aa  1208    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.77 
 
 
948 aa  1153    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.83 
 
 
984 aa  1175    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.73 
 
 
949 aa  1195    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  59.61 
 
 
982 aa  1209    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.21 
 
 
948 aa  1156    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.76 
 
 
893 aa  770    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  59.11 
 
 
957 aa  1203    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.93 
 
 
984 aa  1180    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.1 
 
 
948 aa  1150    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.36 
 
 
893 aa  764    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.81 
 
 
983 aa  1208    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.52 
 
 
879 aa  722    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.7 
 
 
950 aa  1150    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.93 
 
 
984 aa  1180    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4097  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.88 
 
 
959 aa  1134    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.99 
 
 
960 aa  1174    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.11 
 
 
960 aa  1179    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1473  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.06 
 
 
947 aa  1142    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0442327  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2684  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.44 
 
 
951 aa  1132    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.801873  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.7 
 
 
983 aa  1208    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.48 
 
 
950 aa  1153    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3660  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.96 
 
 
888 aa  660    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.81 
 
 
983 aa  1208    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2856  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.89 
 
 
959 aa  1104    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.39 
 
 
983 aa  1210    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.2 
 
 
920 aa  694    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.38 
 
 
978 aa  1152    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.31 
 
 
898 aa  749    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  60 
 
 
979 aa  1210    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.27 
 
 
953 aa  1147    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.69 
 
 
944 aa  1185    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.91 
 
 
905 aa  681    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.96 
 
 
911 aa  696    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2274  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.86 
 
 
956 aa  1157    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217783 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3019  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.8 
 
 
957 aa  1160    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.06 
 
 
904 aa  706    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3566  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.6 
 
 
886 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0757584 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4642  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.6 
 
 
886 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0800652  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.39 
 
 
925 aa  602  1e-170  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2805  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.82 
 
 
945 aa  598  1e-169  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.64 
 
 
927 aa  590  1e-167  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0843  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.8 
 
 
994 aa  587  1e-166  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  39.76 
 
 
1385 aa  581  1e-164  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.83 
 
 
933 aa  580  1e-164  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0293  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.17 
 
 
989 aa  580  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4391  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.13 
 
 
886 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.410335  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5043  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.21 
 
 
989 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.331865  normal  0.361747 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4523  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.13 
 
 
886 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.195662  normal  0.224956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4582  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.21 
 
 
989 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.656955 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0464  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.88 
 
 
987 aa  579  1.0000000000000001e-163  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.84 
 
 
1406 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5226  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.23 
 
 
988 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24763  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.81 
 
 
1440 aa  575  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8358  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.23 
 
 
988 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4651  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.28 
 
 
937 aa  572  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.81 
 
 
1410 aa  570  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>