More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene STER_0002 on replicon NC_008532
Organism: Streptococcus thermophilus LMD-9



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008532  STER_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
378 aa  757  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  72.75 
 
 
378 aa  569  1e-161  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.74 
 
 
380 aa  400  1e-110  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.376275  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.63 
 
 
380 aa  308  1e-82  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.95 
 
 
378 aa  304  2e-81  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  39.95 
 
 
377 aa  298  1e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.36 
 
 
377 aa  290  4e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.36 
 
 
377 aa  290  4e-77  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  42.74 
 
 
376 aa  289  6e-77  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.88302e-11  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.05 
 
 
378 aa  275  1e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.67002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  38.95 
 
 
379 aa  268  9e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.95 
 
 
379 aa  267  2e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.68 
 
 
379 aa  267  2e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  38.95 
 
 
379 aa  267  2e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  8.20509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.68 
 
 
379 aa  267  2e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  39.01 
 
 
381 aa  266  4e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  3.41772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  39.01 
 
 
381 aa  266  4e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.42 
 
 
379 aa  265  1e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  38.42 
 
 
379 aa  265  1e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.68 
 
 
378 aa  264  2e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.8 
 
 
381 aa  264  2e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.96 
 
 
381 aa  259  5e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.81 
 
 
374 aa  231  1e-59  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  3.74529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  33.77 
 
 
376 aa  207  3e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  8.41235e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
376 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0623e-09 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  32.28 
 
 
376 aa  203  5e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.10658e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
376 aa  202  7e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
376 aa  202  7e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  33.25 
 
 
376 aa  202  8e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  32.28 
 
 
376 aa  201  2e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
376 aa  200  4e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  4.91978e-05 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.89 
 
 
374 aa  199  6e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  32.8 
 
 
376 aa  199  8e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  32.98 
 
 
376 aa  197  2e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 
370 aa  186  8e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.15 
 
 
370 aa  185  1e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 
365 aa  184  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.35 
 
 
366 aa  181  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  30.5 
 
 
366 aa  179  7e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.44 
 
 
367 aa  168  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.81 
 
 
366 aa  167  3e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.81 
 
 
366 aa  167  3e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 
370 aa  166  6e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  7.29086e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.84 
 
 
367 aa  165  1e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.53 
 
 
369 aa  161  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  28.95 
 
 
377 aa  158  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.35 
 
 
375 aa  156  5e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.34 
 
 
385 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  27.73 
 
 
366 aa  154  3e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  28.8 
 
 
376 aa  153  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.03 
 
 
367 aa  152  7e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 
377 aa  152  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 
366 aa  151  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.12 
 
 
372 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  28 
 
 
378 aa  151  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
367 aa  150  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  29.1 
 
 
368 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  26.94 
 
 
374 aa  150  4e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.29 
 
 
365 aa  149  5e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.83 
 
 
385 aa  148  1e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.1 
 
 
368 aa  149  1e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.59 
 
 
385 aa  148  1e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 
372 aa  147  2e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.93 
 
 
366 aa  148  2e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.00886e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.63 
 
 
385 aa  147  3e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  28.12 
 
 
366 aa  147  4e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.67 
 
 
365 aa  146  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  5.99685e-05 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.72 
 
 
372 aa  146  7e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  27.78 
 
 
368 aa  146  7e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.78 
 
 
368 aa  145  8e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.14 
 
 
389 aa  145  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.43 
 
 
385 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.81 
 
 
366 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.90932e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 
372 aa  144  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  30 
 
 
385 aa  143  5e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.52 
 
 
388 aa  143  5e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.53 
 
 
366 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.48773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.53 
 
 
366 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.37071e-08  unclonable  3.26658e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.53 
 
 
366 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03765e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.53 
 
 
366 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.34429e-07  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.98 
 
 
368 aa  142  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.78 
 
 
367 aa  142  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  7.44787e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  26.57 
 
 
366 aa  142  1e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.05 
 
 
366 aa  142  1e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.76 
 
 
366 aa  142  1e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.44 
 
 
367 aa  142  1e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  26.44 
 
 
367 aa  142  1e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.92 
 
 
366 aa  142  1e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.67756e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0002  DNA-directed DNA polymerase  28.64 
 
 
409 aa  141  2e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  26.44 
 
 
367 aa  141  2e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 
367 aa  141  2e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  28.74 
 
 
367 aa  140  4e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.53 
 
 
366 aa  139  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.44098e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  27.25 
 
 
366 aa  139  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 
366 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 
366 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.86 
 
 
367 aa  139  8e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.94 
 
 
367 aa  139  8e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.37 
 
 
398 aa  139  9e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  29.07 
 
 
378 aa  139  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.28167e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>