298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_t090 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  182  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  98.91 
 
 
92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  98.91 
 
 
92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  98.91 
 
 
92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  98.91 
 
 
92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  98.91 
 
 
92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  98.91 
 
 
92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  98.91 
 
 
92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  98.91 
 
 
92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  98.91 
 
 
92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  98.91 
 
 
92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  98.91 
 
 
92 bp  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  98.9 
 
 
92 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  98.9 
 
 
92 bp  172  9e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  97.83 
 
 
92 bp  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  97.83 
 
 
92 bp  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  97.83 
 
 
92 bp  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  97.83 
 
 
92 bp  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.74 
 
 
92 bp  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.74 
 
 
92 bp  159  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.74 
 
 
92 bp  159  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.74 
 
 
92 bp  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.74 
 
 
92 bp  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  96.74 
 
 
92 bp  159  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  92.39 
 
 
92 bp  127  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  91.86 
 
 
92 bp  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  89.89 
 
 
92 bp  105  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  90.32 
 
 
93 bp  105  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  91.3 
 
 
90 bp  103  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3130t  tRNA-Ser  91.57 
 
 
90 bp  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3128t  tRNA-Ser  91.57 
 
 
90 bp  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  90.24 
 
 
89 bp  99.6  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  90.24 
 
 
89 bp  99.6  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  88.76 
 
 
92 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  89.13 
 
 
90 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  89.13 
 
 
90 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0081  tRNA-Ser  89.13 
 
 
90 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000993348  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1044  tRNA-Ser  88.04 
 
 
92 bp  95.6  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  89.13 
 
 
91 bp  95.6  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  89.13 
 
 
91 bp  95.6  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  89.36 
 
 
93 bp  93.7  7e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  91.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  88.89 
 
 
93 bp  91.7  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  91.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  91.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  88.17 
 
 
95 bp  89.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  88.17 
 
 
93 bp  89.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  97.87 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0038  tRNA-Ser  89.16 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0662946  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  97.87 
 
 
90 bp  85.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  97.87 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0029  tRNA-Ser  89.16 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373926  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0006  tRNA-Ser  89.16 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.214474  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  97.87 
 
 
90 bp  85.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0033  tRNA-Ser  89.16 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  97.87 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  87.23 
 
 
94 bp  85.7  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0030  tRNA-Ser  89.16 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.924636  hitchhiker  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0043  tRNA-Ser  89.16 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  0.0403391 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0021  tRNA-Ser  89.16 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.690365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0060  tRNA-Ser  89.16 
 
 
93 bp  85.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  97.83 
 
 
93 bp  83.8  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  97.83 
 
 
88 bp  83.8  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t24  tRNA-Ser  97.83 
 
 
91 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA56  tRNA-Ser  97.83 
 
 
91 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00168094  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R71  tRNA-Ser  97.83 
 
 
91 bp  83.8  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000974283  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  97.83 
 
 
91 bp  83.8  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  87.78 
 
 
93 bp  83.8  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  97.83 
 
 
91 bp  83.8  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0448  tRNA-Ser  97.83 
 
 
91 bp  83.8  0.000000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.359663  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  88.17 
 
 
92 bp  81.8  0.00000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0030  tRNA-Ser  90.41 
 
 
93 bp  81.8  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  97.78 
 
 
91 bp  81.8  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  88.17 
 
 
94 bp  81.8  0.00000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0117  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  81.8  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000725148  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  86.96 
 
 
90 bp  81.8  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  86.96 
 
 
91 bp  79.8  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  94.23 
 
 
93 bp  79.8  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  95.65 
 
 
88 bp  75.8  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  95.65 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  95.65 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  95.65 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0020  tRNA-Ser  95.56 
 
 
93 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.35698e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0031  tRNA-Ser  95.56 
 
 
93 bp  73.8  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000107168  unclonable  0.00000000962394 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2817  tRNA-Ser  95.56 
 
 
95 bp  73.8  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000020425  hitchhiker  0.000210656 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>