More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4675 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  447  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  97.67 
 
 		 215 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  97.67 
 
 		 215 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  97.21 
 
 		 215 aa  435  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  91.16 
 
 		 215 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  90.7 
 
 		 215 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  90.7 
 
 		 215 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  90.7 
 
 		 215 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  90.7 
 
 		 215 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  79.81 
 
 		 220 aa  369  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  76.44 
 
 		 213 aa  333  1e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  74.76 
 
 		 215 aa  330  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  72.43 
 
 		 218 aa  328  3e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  72.38 
 
 		 225 aa  327  7e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  71.36 
 
 		 211 aa  315  3e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  69.01 
 
 		 217 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  68.22 
 
 		 215 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  45.83 
 
 		 211 aa  198  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 211 aa  194  7e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  43.13 
 
 		 214 aa  192  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 242 aa  192  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 218 aa  178  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 245 aa  150  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  35.75 
 
 		 220 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 221 aa  141  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 221 aa  141  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 221 aa  141  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 221 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  36.9 
 
 		 215 aa  139  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  34.78 
 
 		 220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 227 aa  139  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 215 aa  138  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 223 aa  136  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 235 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 236 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  35.54 
 
 		 241 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 241 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  34.76 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  34.76 
 
 		 236 aa  119  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  34.15 
 
 		 231 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 244 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 208 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 252 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 239 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 253 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 222 aa  112  5e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 237 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 220 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 219 aa  108  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 209 aa  106  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 247 aa  104  8e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  27.57 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 205 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 217 aa  102  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 223 aa  99.8  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 227 aa  98.6  6e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 204 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  29.47 
 
 		 205 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  27.67 
 
 		 204 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 206 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 204 aa  95.1  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 204 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 204 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 191 aa  94  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 204 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 213 aa  89.4  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  29.38 
 
 		 221 aa  81.6  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 220 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  25.49 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28060  transcriptional regulator  26.38 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.633688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  24.85 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 207 aa  52.4  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 185 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1828  regulatory protein TetR  35.85 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  28.71 
 
 		 230 aa  50.1  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 195 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3907  regulatory protein TetR  30.36 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6384  putative transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 224 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.317451  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  35.71 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 192 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2152  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 185 aa  49.3  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  24.68 
 
 		 219 aa  49.3  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 229 aa  49.3  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 204 aa  49.7  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>