280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4625 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  100 
 
 		 235 aa  482  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  87.45 
 
 		 268 aa  421  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  87.88 
 
 		 262 aa  422  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  87.01 
 
 		 268 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  81.7 
 
 		 262 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  80.77 
 
 		 263 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  81.2 
 
 		 263 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  81.2 
 
 		 263 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  81.39 
 
 		 263 aa  390  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  62.34 
 
 		 266 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  62.77 
 
 		 274 aa  310  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  58.77 
 
 		 249 aa  292  3e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  59.74 
 
 		 252 aa  291  4e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0243  competence protein ComF  56.85 
 
 		 268 aa  271  5.000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  51.3 
 
 		 293 aa  256  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  55.84 
 
 		 250 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  36.24 
 
 		 233 aa  123  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  37.78 
 
 		 246 aa  122  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  33.19 
 
 		 232 aa  123  3e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  36.49 
 
 		 230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  36.4 
 
 		 246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  36.07 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  34.25 
 
 		 226 aa  116  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  34.91 
 
 		 230 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  34.38 
 
 		 227 aa  115  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  31.73 
 
 		 245 aa  114  8.999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  33.03 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  37.14 
 
 		 237 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  35.56 
 
 		 244 aa  111  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  36.44 
 
 		 241 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  35.53 
 
 		 241 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  36.56 
 
 		 233 aa  107  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  34.51 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  35.53 
 
 		 227 aa  106  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  35.11 
 
 		 244 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  33.33 
 
 		 204 aa  105  5e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  30.93 
 
 		 247 aa  105  9e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  37 
 
 		 258 aa  104  9e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  31.7 
 
 		 227 aa  104  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  35.11 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  31.7 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  36.21 
 
 		 243 aa  102  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  32.14 
 
 		 227 aa  102  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  32.88 
 
 		 237 aa  102  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  32.3 
 
 		 233 aa  102  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  32.88 
 
 		 263 aa  102  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  34.08 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  31.7 
 
 		 227 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  31.58 
 
 		 262 aa  100  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  35.14 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 227 aa  99.8  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  33.19 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 227 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4720  gluconate periplasmic binding protein  31.7 
 
 		 248 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  30.8 
 
 		 227 aa  99.4  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  33.33 
 
 		 245 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  35.43 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3794  gluconate periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 227 aa  98.6  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  31.25 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  31.25 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  36.36 
 
 		 238 aa  97.8  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4231  amidophosphoribosyltransferases-like  28.26 
 
 		 240 aa  96.3  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  34.2 
 
 		 239 aa  96.3  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  34.96 
 
 		 231 aa  96.3  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  33.49 
 
 		 238 aa  95.5  7e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  31.39 
 
 		 243 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  37.85 
 
 		 247 aa  95.1  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  31.28 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  35.27 
 
 		 256 aa  93.6  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  31.14 
 
 		 234 aa  93.2  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  29.78 
 
 		 241 aa  92.8  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  30.7 
 
 		 234 aa  92  7e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  31.25 
 
 		 266 aa  91.7  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0218  competence protein,-like protein  34.21 
 
 		 273 aa  90.9  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0828937  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  31.73 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  34.07 
 
 		 241 aa  91.3  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  32.59 
 
 		 242 aa  91.3  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  31.65 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  31.08 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  33.65 
 
 		 240 aa  90.1  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00615  amidophosphoribosyltransferase  32.97 
 
 		 185 aa  90.1  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  28.32 
 
 		 230 aa  89  5e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  33.63 
 
 		 241 aa  87.4  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 		 259 aa  87  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3746  hypothetical protein  32.49 
 
 		 219 aa  86.3  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.345034 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  30.48 
 
 		 279 aa  86.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  34.36 
 
 		 227 aa  86.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  36.41 
 
 		 245 aa  86.3  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  33.02 
 
 		 251 aa  85.5  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  34.05 
 
 		 242 aa  85.5  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0453  phosphoribosyltransferase  31.9 
 
 		 257 aa  85.1  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  32.42 
 
 		 238 aa  85.1  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  31.34 
 
 		 268 aa  85.1  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  29.41 
 
 		 258 aa  85.1  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  31.03 
 
 		 269 aa  84.3  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0541  phosphoribosyltransferase  32.64 
 
 		 269 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>