127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4601 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4601  tryptophan-specific transport protein  100 
 
 		 414 aa  822    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4108  aromatic amino acid transporter  92.75 
 
 		 418 aa  771    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3513  aromatic amino acid transport protein  79.18 
 
 		 417 aa  664    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3787  aromatic amino acid transporter  96.62 
 
 		 418 aa  802    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3860  aromatic amino acid transporter  96.38 
 
 		 418 aa  801    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0262  aromatic amino acid transporter  80.43 
 
 		 418 aa  668    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3987  aromatic amino acid transporter  97.1 
 
 		 418 aa  805    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0158  aromatic amino acid transporter  92.75 
 
 		 418 aa  771    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3531  aromatic amino acid transporter  78.45 
 
 		 418 aa  641    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3778  aromatic amino acid transporter  92.51 
 
 		 418 aa  767    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4176  aromatic amino acid transporter  92.75 
 
 		 418 aa  771    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0202  aromatic amino acid transporter  79.9 
 
 		 418 aa  650    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3995  aromatic amino acid transporter  77.72 
 
 		 418 aa  634    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4307  aromatic amino acid transporter  93 
 
 		 418 aa  771    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0182  aromatic amino acid transporter  78.21 
 
 		 418 aa  655    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3479  aromatic amino acid transport protein  76.51 
 
 		 418 aa  615  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6222  tryptophan permease  60.59 
 
 		 467 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71710  tryptophan permease  60.59 
 
 		 417 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.268423  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1031  aromatic amino acid transporter  55.34 
 
 		 425 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3466  tryptophan permease  58.14 
 
 		 414 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3466  tryptophan permease  58.4 
 
 		 414 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3598  tryptophan permease  58.66 
 
 		 414 aa  441  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0157208 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4480  tryptophan permease  57.88 
 
 		 414 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3457  tryptophan permease  58.14 
 
 		 414 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.813995 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03028  tryptophan transporter of high affinity  57.88 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0544  aromatic amino acid transporter  58.14 
 
 		 414 aa  437  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02979  hypothetical protein  57.88 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3353  tryptophan permease  57.88 
 
 		 414 aa  437  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3643  tryptophan permease  57.88 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3236  aromatic amino acid transporter  53.96 
 
 		 414 aa  437  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2776  aromatic amino acid transporter  51.92 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0537  tryptophan permease  57.88 
 
 		 414 aa  437  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0411186 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3611  tryptophan permease  57.88 
 
 		 414 aa  437  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3535  tryptophan permease  57.36 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3572  tryptophan permease  57.36 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2697  tryptophan-specific transport protein  51.68 
 
 		 414 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3634  tryptophan permease  57.11 
 
 		 414 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0991  tryptophan permease  54.33 
 
 		 424 aa  429  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1511  tryptophan-specific transport protein  51.68 
 
 		 412 aa  430  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0755  tryptophan permease  54.2 
 
 		 424 aa  427  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1562  tryptophan-specific transport protein  51.59 
 
 		 416 aa  406  1.0000000000000001e-112  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000304843  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0097  aromatic amino acid transporter  50.24 
 
 		 419 aa  392  1e-108  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.103921  normal  0.507347 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03593  tryptophan transporter of low affinity  45.95 
 
 		 415 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03537  hypothetical protein  45.95 
 
 		 415 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3923  tryptophan permease TnaB  45.95 
 
 		 415 aa  360  2e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4218  tryptophan permease TnaB  45.95 
 
 		 415 aa  360  2e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4258  aromatic amino acid transporter  45.7 
 
 		 415 aa  359  5e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4285  tryptophan permease TnaB  45.7 
 
 		 415 aa  358  7e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5140  tryptophan permease TnaB  45.95 
 
 		 415 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.406172 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4213  tryptophan permease TnaB  45.7 
 
 		 413 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1135  aromatic amino acid transporter  45.27 
 
 		 409 aa  346  5e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.55679  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0800  tryptophan permease  44.44 
 
 		 409 aa  314  1.9999999999999998e-84  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.121788  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1118  tryptophan-specific transport protein  43.81 
 
 		 411 aa  295  1e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1034  tyrosine-specific transport protein  36.59 
 
 		 403 aa  248  1e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311327  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1736  aromatic amino acid transporter  36.59 
 
 		 403 aa  246  6e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000018039  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1118  aromatic amino acid transporter  37.86 
 
 		 402 aa  246  6e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1276  tyrosine-specific transport protein  36.59 
 
 		 403 aa  246  6e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00001928  hitchhiker  0.0000367731 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01875  tyrosine transporter  36.59 
 
 		 403 aa  245  9e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0104717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01864  hypothetical protein  36.59 
 
 		 403 aa  245  9e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00693993  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2005  tyrosine-specific transport protein  36.59 
 
 		 403 aa  245  9e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000529329  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2140  tyrosine-specific transport protein  36.59 
 
 		 403 aa  245  9e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000592969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1729  aromatic amino acid transporter  36.59 
 
 		 403 aa  245  9e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000563721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2647  tyrosine-specific transport protein  36.59 
 
 		 403 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.588852  hitchhiker  0.0000000318595 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0526  aromatic amino acid transporter  34.84 
 
 		 400 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.560578  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2092  tyrosine-specific transport protein  36.68 
 
 		 422 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0842051  hitchhiker  0.0000739999 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1307  tyrosine-specific transport protein  36.43 
 
 		 422 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000107929 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1184  tyrosine-specific transport protein  36.18 
 
 		 422 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.135204  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2099  tyrosine-specific transport protein  36.43 
 
 		 422 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.23753e-19 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2152  tyrosine-specific transport protein  36.43 
 
 		 422 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000242218 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3197  aromatic amino acid transporter  37.38 
 
 		 402 aa  239  8e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2774  tyrosine-specific transport protein  37.99 
 
 		 402 aa  238  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1318  tyrosine-specific transport protein  37.99 
 
 		 402 aa  238  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2853  aromatic amino acid transporter  37.99 
 
 		 402 aa  238  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1846  aromatic amino acid transporter  36.29 
 
 		 395 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.510263 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1925  aromatic amino acid transporter  35.09 
 
 		 395 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00166231  normal  0.036415 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2426  aromatic amino acid transporter  35.09 
 
 		 395 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392601  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2433  aromatic amino acid transporter  34.84 
 
 		 395 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.485869  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1792  aromatic amino acid transporter  36.29 
 
 		 395 aa  231  2e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2185  aromatic amino acid transporter  36.55 
 
 		 395 aa  231  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2544  aromatic amino acid transporter  34.84 
 
 		 395 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.487399  decreased coverage  0.00912111 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2186  aromatic amino acid transporter  34.59 
 
 		 395 aa  230  3e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.338137  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2065  tyrosine-specific transport protein  35.79 
 
 		 395 aa  228  1e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0511  putative tyrosine-specific transport protein  34.31 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3276  aromatic amino acid transporter  37.32 
 
 		 402 aa  225  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4434  aromatic amino acid transporter  36.34 
 
 		 400 aa  224  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0712  tyrosine-specific transport protein  34.75 
 
 		 400 aa  218  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2489  aromatic amino acid transporter  36.71 
 
 		 425 aa  215  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3298  tyrosine-specific transport protein  36.72 
 
 		 388 aa  212  7.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3188  aromatic amino acid permease  32.58 
 
 		 395 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.497864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0641  aromatic amino acid permease  33.6 
 
 		 399 aa  206  6e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0574  aromatic amino acid permease  33.42 
 
 		 400 aa  204  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003573  tyrosine-specific transport protein  32.29 
 
 		 380 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0780  tyrosine-specific transport protein  34.66 
 
 		 403 aa  201  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000892482  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3878  aromatic amino acid permease  32.06 
 
 		 391 aa  199  9e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00957771  hitchhiker  0.00000285867 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1774  tyrosine-specific transport protein (tyrosine permease)  31.73 
 
 		 390 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02530  hypothetical protein  33.42 
 
 		 361 aa  192  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3938  aromatic amino acid permease  31.89 
 
 		 392 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  0.472237 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3465  aromatic amino acid permease  32.64 
 
 		 391 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.230898  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3588  aromatic amino acid permease  32.38 
 
 		 391 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.281237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0897  aromatic amino acid permease  32.38 
 
 		 391 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>