More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4556 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  663    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  92.48 
 
 		 323 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  94.04 
 
 		 319 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  93.42 
 
 		 319 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 323 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  93.42 
 
 		 319 aa  598  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 323 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  91.54 
 
 		 323 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 323 aa  580  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  77.14 
 
 		 318 aa  518  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  75.72 
 
 		 320 aa  513  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  76.66 
 
 		 330 aa  513  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  73.9 
 
 		 322 aa  498  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  73.44 
 
 		 327 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  73.65 
 
 		 322 aa  490  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  68.89 
 
 		 326 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  66.55 
 
 		 285 aa  395  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 327 aa  293  3e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  47.78 
 
 		 321 aa  285  5e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  47 
 
 		 323 aa  276  3e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  47 
 
 		 313 aa  275  6e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  43.17 
 
 		 313 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 313 aa  258  7e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 313 aa  258  8e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 313 aa  258  9e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 313 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  43.18 
 
 		 311 aa  256  5e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 311 aa  252  6e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 306 aa  233  3e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 314 aa  222  7e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 321 aa  199  6e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 243 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  35.05 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.94 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.23 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 306 aa  155  7e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  32.12 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 378 aa  152  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 314 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 300 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.79 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 323 aa  150  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 323 aa  150  4e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  30.19 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  32.6 
 
 		 313 aa  149  8e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 329 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.75 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  30.7 
 
 		 314 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.82 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 314 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 314 aa  144  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 315 aa  143  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  31.29 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 306 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>