More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4516 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4516  ferric vibriobactin receptor  100 
 
 		 685 aa  1392    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0330  TonB-dependent receptor  82.48 
 
 		 685 aa  1170    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3484  TonB-dependent receptor  81.61 
 
 		 685 aa  1150    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0621  TonB-dependent receptor  67.06 
 
 		 686 aa  981    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119281  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3727  TonB-dependent receptor  90.95 
 
 		 685 aa  1291    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.36729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3798  TonB-dependent receptor  90.66 
 
 		 685 aa  1263    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2167  TonB-dependent receptor  81.46 
 
 		 685 aa  1147    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00521843  hitchhiker  0.00163603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3923  TonB-dependent receptor  91.53 
 
 		 685 aa  1271    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0343  TonB-dependent receptor plug  33 
 
 		 686 aa  305  3.0000000000000004e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.926534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1803  ferric vibriobactin receptor  30.72 
 
 		 687 aa  271  2.9999999999999997e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0977  TonB-dependent siderophore receptor  31.78 
 
 		 707 aa  257  6e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.138127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  29.96 
 
 		 694 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  29.12 
 
 		 692 aa  231  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  29.97 
 
 		 705 aa  230  6e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3472  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 		 705 aa  229  9e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280502  normal  0.0143409 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3671  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 705 aa  226  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3147  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 711 aa  223  6e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.116125  hitchhiker  0.00000946048 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 711 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2312  TonB-dependent receptor  29.68 
 
 		 719 aa  219  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00576546  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10200  putative TonB-dependent receptor protein  28.22 
 
 		 694 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.965249 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 712 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 694 aa  213  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 694 aa  204  6e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7293  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 835 aa  170  7e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607537  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 686 aa  163  9e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 733 aa  143  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 700 aa  143  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 695 aa  131  3e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 794 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 764 aa  129  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  24.2 
 
 		 729 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 713 aa  127  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 		 713 aa  127  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 697 aa  123  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 		 737 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 690 aa  122  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 736 aa  122  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 747 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 690 aa  120  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 758 aa  120  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 712 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 726 aa  116  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  23.37 
 
 		 728 aa  113  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 710 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 802 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 730 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 779 aa  109  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 702 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 732 aa  109  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 687 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  24.13 
 
 		 767 aa  106  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 759 aa  106  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  33.33 
 
 		 776 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 851 aa  105  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 853 aa  105  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 720 aa  103  9e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  24.02 
 
 		 739 aa  103  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  22.21 
 
 		 773 aa  103  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3405  outer membrane protein  23.85 
 
 		 714 aa  103  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.411389  normal  0.175669 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  23.18 
 
 		 757 aa  103  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4276  TonB-dependent receptor  23.05 
 
 		 798 aa  103  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  23.5 
 
 		 718 aa  101  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 753 aa  101  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 743 aa  101  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  24.18 
 
 		 695 aa  101  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  22.61 
 
 		 771 aa  101  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  21.99 
 
 		 749 aa  100  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0007  TonB-dependent receptor  22.31 
 
 		 641 aa  100  9e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 670 aa  100  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  23.94 
 
 		 715 aa  99  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  22.17 
 
 		 773 aa  98.2  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0779  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 		 757 aa  97.8  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.756258  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  22.15 
 
 		 703 aa  97.4  8e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 773 aa  95.5  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 		 803 aa  95.5  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 729 aa  95.1  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 763 aa  94.7  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  21.86 
 
 		 734 aa  94  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 		 736 aa  94  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 722 aa  94  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0190  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 710 aa  91.7  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  22.42 
 
 		 780 aa  91.3  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02805  TonB-dependent receptor  23.45 
 
 		 696 aa  90.5  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00354555  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2057  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 728 aa  90.5  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.904465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4302  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 742 aa  89.7  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 758 aa  89.4  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 687 aa  89.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  25.68 
 
 		 641 aa  89.4  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4145  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 737 aa  88.2  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072691  normal  0.786094 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 786 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4085  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 685 aa  88.6  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.141893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2541  TonB-dependent receptor  31.97 
 
 		 896 aa  88.2  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.411805  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1458  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 694 aa  87.8  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.552636  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3395  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 713 aa  87.4  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000531057  normal  0.0390865 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  25.68 
 
 		 663 aa  87  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  25.68 
 
 		 663 aa  87  9e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  25.68 
 
 		 663 aa  87  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 		 758 aa  87  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  28.7 
 
 		 665 aa  87  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  28.7 
 
 		 665 aa  87  9e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>