More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4327 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 372 aa  756    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  98.12 
 
 		 372 aa  744    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  78.23 
 
 		 372 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  77.15 
 
 		 372 aa  600  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  76.08 
 
 		 372 aa  591  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  72.85 
 
 		 372 aa  567  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  56.18 
 
 		 368 aa  431  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  55.11 
 
 		 368 aa  424  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  56.18 
 
 		 368 aa  423  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  54.96 
 
 		 367 aa  410  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  46.92 
 
 		 373 aa  360  2e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  39.84 
 
 		 404 aa  265  1e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  36.94 
 
 		 381 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  37.98 
 
 		 381 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  35.73 
 
 		 406 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.85 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  35.2 
 
 		 382 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  34.46 
 
 		 382 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  34.78 
 
 		 376 aa  226  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.1 
 
 		 370 aa  219  6e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  34.03 
 
 		 382 aa  216  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.17 
 
 		 372 aa  216  7e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 376 aa  214  2.9999999999999995e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  35.58 
 
 		 365 aa  211  2e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  36.01 
 
 		 366 aa  206  6e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  33.88 
 
 		 380 aa  206  7e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 363 aa  205  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 363 aa  205  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  32.77 
 
 		 373 aa  202  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  32.13 
 
 		 369 aa  201  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 		 372 aa  200  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 		 394 aa  200  3.9999999999999996e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  34.07 
 
 		 403 aa  199  6e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  31.28 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0787  hypothetical protein  29.33 
 
 		 420 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  32.04 
 
 		 397 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.33 
 
 		 380 aa  194  3e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0758  hypothetical protein  29.09 
 
 		 420 aa  192  6e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 		 397 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  33.72 
 
 		 376 aa  192  8e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  33.12 
 
 		 372 aa  192  9e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  30.47 
 
 		 397 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  31.3 
 
 		 376 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  33.54 
 
 		 366 aa  190  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  33.03 
 
 		 377 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  32.23 
 
 		 403 aa  189  5e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  31.81 
 
 		 382 aa  189  8e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 		 374 aa  188  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  32.75 
 
 		 378 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  33.65 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  33.65 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.98 
 
 		 370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  33.65 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  33.65 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  33.65 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  33.65 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  33.65 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.56 
 
 		 383 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.54 
 
 		 356 aa  181  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  30.61 
 
 		 394 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  32.42 
 
 		 365 aa  180  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  31.77 
 
 		 397 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2802  multidrug/cation efflux pump, membrane fusion protein subunit  31.35 
 
 		 391 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  32.49 
 
 		 371 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1497  RND family efflux transporter MFP subunit  31.35 
 
 		 391 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0655249  normal  0.432966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  34.21 
 
 		 365 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  30.83 
 
 		 396 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1637  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.97 
 
 		 377 aa  176  6e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.69 
 
 		 377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.89 
 
 		 365 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  32.89 
 
 		 365 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1154  RND family efflux transporter MFP subunit  32.21 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 405 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  29.24 
 
 		 379 aa  169  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  30.56 
 
 		 383 aa  169  7e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.33 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.33 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.9 
 
 		 362 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  35.02 
 
 		 354 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 		 355 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  28.37 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7712  RND family efflux transporter MFP subunit  30.29 
 
 		 383 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.55 
 
 		 388 aa  164  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09530  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.24 
 
 		 370 aa  163  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  31.56 
 
 		 434 aa  161  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  31.27 
 
 		 467 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  33.12 
 
 		 418 aa  161  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 387 aa  159  5e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 374 aa  158  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  29.46 
 
 		 351 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  33.11 
 
 		 415 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  29.78 
 
 		 349 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 		 351 aa  156  5.0000000000000005e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 		 390 aa  155  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  32.48 
 
 		 370 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  31.68 
 
 		 360 aa  152  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 366 aa  151  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  26.63 
 
 		 376 aa  149  8e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 375 aa  144  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  32.75 
 
 		 340 aa  143  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>