More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4283 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  100 
 
 		 352 aa  733    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  44.78 
 
 		 361 aa  280  3e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  38.44 
 
 		 354 aa  263  3e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  36.91 
 
 		 341 aa  233  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  35.31 
 
 		 355 aa  224  2e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  35.45 
 
 		 338 aa  223  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  34.64 
 
 		 341 aa  223  6e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  35.98 
 
 		 379 aa  222  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  38.15 
 
 		 343 aa  220  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  36.14 
 
 		 334 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  36.76 
 
 		 367 aa  218  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  35.88 
 
 		 350 aa  215  8e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  34.82 
 
 		 338 aa  215  9e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  35.52 
 
 		 338 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  33.53 
 
 		 338 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  33.64 
 
 		 350 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  35.14 
 
 		 337 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  35.05 
 
 		 348 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  35.05 
 
 		 348 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  35.05 
 
 		 348 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  35.05 
 
 		 348 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 338 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  34.73 
 
 		 344 aa  206  5e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  34.14 
 
 		 374 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  33.84 
 
 		 374 aa  203  4e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.09 
 
 		 351 aa  203  4e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  34.14 
 
 		 374 aa  203  5e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  34.44 
 
 		 347 aa  202  6e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  33.23 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.52 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  33.97 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.32 
 
 		 343 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  33.04 
 
 		 351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  34.59 
 
 		 343 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  31.52 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  31.52 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  32.48 
 
 		 332 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  31.52 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.52 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  35.18 
 
 		 342 aa  199  7e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.17 
 
 		 350 aa  199  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.95 
 
 		 351 aa  198  9e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.23 
 
 		 351 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.46 
 
 		 350 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  31.44 
 
 		 337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.46 
 
 		 350 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  32.26 
 
 		 332 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.17 
 
 		 350 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.46 
 
 		 350 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  34.84 
 
 		 349 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  32.82 
 
 		 370 aa  196  6e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  32.79 
 
 		 332 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  33.24 
 
 		 343 aa  195  9e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  33.64 
 
 		 345 aa  195  9e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.95 
 
 		 351 aa  195  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.98 
 
 		 337 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  34.15 
 
 		 391 aa  193  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 342 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  34.76 
 
 		 348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  33.65 
 
 		 341 aa  188  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.61 
 
 		 349 aa  187  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  30.72 
 
 		 349 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  32.54 
 
 		 345 aa  187  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  32.54 
 
 		 359 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.69 
 
 		 348 aa  185  8e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.82 
 
 		 331 aa  185  8e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.69 
 
 		 348 aa  184  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.84 
 
 		 349 aa  182  1e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  31.52 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1900  ApbE-like lipoprotein  36.43 
 
 		 327 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  0.0133899 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.82 
 
 		 353 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  33.22 
 
 		 335 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  32.5 
 
 		 337 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  30.99 
 
 		 341 aa  176  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  32.06 
 
 		 321 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.38 
 
 		 382 aa  172  7.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  36.08 
 
 		 362 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  30.65 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  33.78 
 
 		 331 aa  169  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  32.06 
 
 		 347 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.86 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  31.53 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4089  ApbE family lipoprotein  30.65 
 
 		 327 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.224372 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  31.55 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  30.72 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2105  thiamine biosynthesis lipoprotein, putative  31.75 
 
 		 343 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  30.79 
 
 		 326 aa  164  3e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  31.66 
 
 		 323 aa  162  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3394  ApbE family lipoprotein  31.72 
 
 		 315 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  29.35 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0695  ApbE-like lipoprotein  31.77 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  29.22 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0427  ApbE family lipoprotein  32.32 
 
 		 287 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.127952  normal  0.810308 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  31.27 
 
 		 335 aa  156  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  31.19 
 
 		 338 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3291  ApbE family lipoprotein  29.06 
 
 		 330 aa  156  5.0000000000000005e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.238915  normal  0.298446 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  31.65 
 
 		 345 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  29.66 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  31.21 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2187  ApbE family lipoprotein  29.67 
 
 		 336 aa  152  5.9999999999999996e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>