More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4267 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  39.58 
 
 		 1068 aa  790    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  39.63 
 
 		 1170 aa  832    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  39.66 
 
 		 1068 aa  782    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  43.12 
 
 		 1137 aa  888    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  100 
 
 		 1188 aa  2465    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  39.75 
 
 		 1082 aa  825    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  42.42 
 
 		 1126 aa  902    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  41.61 
 
 		 1124 aa  874    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  40.28 
 
 		 1169 aa  833    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  64.26 
 
 		 1174 aa  1573    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  40.02 
 
 		 1169 aa  833    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  66.55 
 
 		 1167 aa  1615    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  45.51 
 
 		 1080 aa  808    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  59.69 
 
 		 1157 aa  1447    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  30.9 
 
 		 889 aa  348  5e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1030  type III restriction enzyme, res subunit  32.85 
 
 		 893 aa  278  4e-73  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0182402  normal  0.455384 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  25.05 
 
 		 917 aa  229  2e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  25.05 
 
 		 931 aa  228  4e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1205  hypothetical protein  25.42 
 
 		 919 aa  223  9.999999999999999e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.326173  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  23.92 
 
 		 921 aa  218  5e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  28.7 
 
 		 1137 aa  216  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3512  type III restriction protein res subunit  28.29 
 
 		 924 aa  209  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  28.08 
 
 		 918 aa  209  2e-52  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  27.7 
 
 		 1133 aa  204  8e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  28.73 
 
 		 925 aa  199  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  24.37 
 
 		 907 aa  197  1e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  27.58 
 
 		 1137 aa  196  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  27.42 
 
 		 1131 aa  195  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  27.63 
 
 		 1137 aa  194  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  26.99 
 
 		 1126 aa  193  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  27.13 
 
 		 1137 aa  194  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  26.3 
 
 		 803 aa  194  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  26.3 
 
 		 803 aa  194  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  25.85 
 
 		 1141 aa  187  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  30.18 
 
 		 932 aa  185  5.0000000000000004e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  26.5 
 
 		 1233 aa  184  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  30.41 
 
 		 932 aa  183  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  28.86 
 
 		 933 aa  178  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  28.42 
 
 		 796 aa  177  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  28.83 
 
 		 788 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.81 
 
 		 813 aa  175  3.9999999999999995e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  26.5 
 
 		 1138 aa  175  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  29.56 
 
 		 907 aa  174  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  27.29 
 
 		 770 aa  174  6.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  29.22 
 
 		 936 aa  174  9e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  29.58 
 
 		 936 aa  172  4e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  27.17 
 
 		 1130 aa  171  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  28.62 
 
 		 790 aa  170  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  28.74 
 
 		 780 aa  170  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  29 
 
 		 800 aa  169  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  28.29 
 
 		 787 aa  168  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  26.09 
 
 		 1108 aa  168  5e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  28.2 
 
 		 824 aa  167  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  26.63 
 
 		 1119 aa  167  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  25.88 
 
 		 1113 aa  167  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  26.74 
 
 		 791 aa  167  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  29.04 
 
 		 783 aa  166  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  28.31 
 
 		 811 aa  165  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2747  type I restriction-modification system, R subunit  27.39 
 
 		 934 aa  164  9e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.504328  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  26.77 
 
 		 809 aa  164  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  27.74 
 
 		 1115 aa  164  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  26.93 
 
 		 1137 aa  164  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  28.01 
 
 		 793 aa  162  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  28.09 
 
 		 753 aa  162  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  27.71 
 
 		 765 aa  162  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  26.76 
 
 		 796 aa  162  5e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  26.24 
 
 		 770 aa  161  8e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  28.66 
 
 		 797 aa  160  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  27.82 
 
 		 793 aa  160  1e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  28.45 
 
 		 1115 aa  160  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  29.06 
 
 		 825 aa  160  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  29.11 
 
 		 780 aa  158  5.0000000000000005e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  28.87 
 
 		 815 aa  158  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  29.39 
 
 		 827 aa  158  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  27.54 
 
 		 776 aa  157  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  27.18 
 
 		 1138 aa  157  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  29.18 
 
 		 829 aa  157  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  29.39 
 
 		 817 aa  157  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  29.06 
 
 		 824 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  28.95 
 
 		 810 aa  155  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  27.72 
 
 		 784 aa  155  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  27.72 
 
 		 784 aa  155  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  28.7 
 
 		 945 aa  155  4e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  26.27 
 
 		 787 aa  155  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  30.15 
 
 		 1125 aa  155  5e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.82 
 
 		 804 aa  155  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  28.71 
 
 		 815 aa  154  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.8 
 
 		 783 aa  154  7e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  28.9 
 
 		 1005 aa  153  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  27.9 
 
 		 776 aa  153  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  28.45 
 
 		 821 aa  152  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  27.75 
 
 		 761 aa  151  7e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  27.81 
 
 		 1129 aa  149  3e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  26.5 
 
 		 912 aa  148  6e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  25.85 
 
 		 760 aa  148  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  26.85 
 
 		 899 aa  148  6e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  27.86 
 
 		 811 aa  147  1e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  25.8 
 
 		 771 aa  146  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  25.69 
 
 		 899 aa  145  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  28.14 
 
 		 802 aa  144  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>