More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4136 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  96.16 
 
 
391 aa  783  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  100 
 
 
391 aa  811  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  98.21 
 
 
391 aa  797  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  98.72 
 
 
391 aa  801  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  88.75 
 
 
391 aa  741  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  86.45 
 
 
391 aa  724  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  96.42 
 
 
391 aa  785  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.04832e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  96.42 
 
 
391 aa  786  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.02971e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  98.21 
 
 
391 aa  797  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  96.42 
 
 
391 aa  785  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  7.39123e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  87.72 
 
 
391 aa  728  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  2.6968e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  86.45 
 
 
391 aa  717  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  96.93 
 
 
391 aa  788  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  75.19 
 
 
391 aa  629  1e-179  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  72.8 
 
 
387 aa  604  1e-172  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  73.25 
 
 
387 aa  605  1e-172  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  72.28 
 
 
387 aa  601  1e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  71.76 
 
 
387 aa  597  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  72.28 
 
 
387 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  72.28 
 
 
387 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  72.54 
 
 
387 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  72.54 
 
 
387 aa  595  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  73.13 
 
 
388 aa  593  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  71.76 
 
 
387 aa  590  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  73.32 
 
 
371 aa  583  1e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  74.65 
 
 
359 aa  575  1e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  61.82 
 
 
392 aa  507  1e-142  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  56.81 
 
 
391 aa  474  1e-132  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  56.3 
 
 
391 aa  471  1e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  55.35 
 
 
390 aa  466  1e-130  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  56.51 
 
 
389 aa  461  1e-128  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  54.43 
 
 
392 aa  437  1e-121  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50 
 
 
377 aa  386  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.53 
 
 
377 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  49.2 
 
 
377 aa  385  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.53 
 
 
377 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  50 
 
 
377 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  48.42 
 
 
380 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  48.16 
 
 
380 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  49.47 
 
 
377 aa  384  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.95 
 
 
380 aa  384  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  49.47 
 
 
377 aa  384  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  48.68 
 
 
380 aa  381  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.25 
 
 
433 aa  381  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.33 
 
 
376 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  47.89 
 
 
380 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  48.4 
 
 
377 aa  372  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  47.63 
 
 
380 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.53 
 
 
376 aa  373  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.53 
 
 
376 aa  370  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  50.27 
 
 
388 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  48.42 
 
 
380 aa  368  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.21 
 
 
377 aa  368  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.77 
 
 
388 aa  354  1e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  48.77 
 
 
388 aa  353  3e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.77 
 
 
397 aa  350  2e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.57 
 
 
388 aa  349  5e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.99 
 
 
388 aa  345  6e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  47.3 
 
 
390 aa  344  2e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  46.63 
 
 
421 aa  334  2e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.73 
 
 
376 aa  327  2e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  45.53 
 
 
390 aa  323  3e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  42.09 
 
 
389 aa  317  2e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  41.88 
 
 
389 aa  315  9e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  45.68 
 
 
398 aa  314  2e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.68 
 
 
376 aa  306  4e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.12 
 
 
403 aa  293  4e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.55 
 
 
393 aa  290  3e-77  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.2 
 
 
386 aa  276  3e-73  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.52 
 
 
390 aa  270  2e-71  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.89 
 
 
388 aa  263  5e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.89 
 
 
388 aa  263  5e-69  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.24435e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  35.73 
 
 
400 aa  229  6e-59  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  1.5857e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.9 
 
 
391 aa  207  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  31.98 
 
 
392 aa  187  4e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.34 
 
 
379 aa  165  2e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.44 
 
 
397 aa  162  1e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.39 
 
 
404 aa  160  3e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.24 
 
 
379 aa  160  3e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  28.1 
 
 
458 aa  151  2e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  30.36 
 
 
390 aa  146  7e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  31.09 
 
 
434 aa  139  6e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  2.12473e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  28.94 
 
 
398 aa  139  9e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  8.05907e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3089  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.05 
 
 
381 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.334962 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.84 
 
 
387 aa  135  2e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  29.19 
 
 
420 aa  130  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1991  putative ornithine decarboxylase  28.77 
 
 
381 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0701  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.77 
 
 
381 aa  130  4e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC04890  ornithine decarboxylase, putative  27.85 
 
 
527 aa  128  2e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.447794  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  30.81 
 
 
417 aa  127  4e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2547  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.67 
 
 
397 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.211268  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31322  Ornithine decarboxylase  29.41 
 
 
547 aa  121  2e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0025491  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  26.49 
 
 
414 aa  120  4e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  26.77 
 
 
418 aa  119  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  30.65 
 
 
407 aa  117  5e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  27.75 
 
 
416 aa  117  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.74 
 
 
420 aa  115  9e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  25.59 
 
 
394 aa  115  1e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  26.01 
 
 
420 aa  114  2e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  26.6 
 
 
416 aa  113  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>