208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4077 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4077  TonB-dependent receptor, putative  100 
 
 		 708 aa  1464    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0539  TonB-dependent receptor  81.36 
 
 		 708 aa  1232    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3368  TonB-dependent receptor  57.24 
 
 		 717 aa  822    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0534  TonB-dependent receptor  81.5 
 
 		 713 aa  1189    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3454  TonB-dependent receptor  92.37 
 
 		 713 aa  1313    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0496  TonB-dependent receptor  91.81 
 
 		 713 aa  1308    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2202  TonB-dependent receptor  68.69 
 
 		 714 aa  980    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113523  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3630  TonB-dependent receptor  90.68 
 
 		 713 aa  1315    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3233  TonB-dependent receptor, putative  62.46 
 
 		 701 aa  873    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88155  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3804  TonB-dependent receptor  82.2 
 
 		 713 aa  1241    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0513  TonB-dependent receptor  81.36 
 
 		 713 aa  1229    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0595  TonB-dependent receptor  80.65 
 
 		 713 aa  1215    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2653  TonB-dependent receptor  42.7 
 
 		 716 aa  525  1e-147  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2027  TonB-dependent receptor  38.79 
 
 		 769 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0554382  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2848  TonB-dependent receptor  38.19 
 
 		 729 aa  445  1e-123  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4299  TonB-dependent receptor  38.89 
 
 		 766 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.570809  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3750  TonB-dependent receptor  39.79 
 
 		 741 aa  435  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0422  TonB-dependent receptor  37.83 
 
 		 744 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328306  normal  0.298969 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2221  TonB-dependent receptor  37.38 
 
 		 793 aa  431  1e-119  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0217178  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4088  TonB-dependent receptor  35.88 
 
 		 750 aa  422  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2688  TonB-dependent receptor protein  34.98 
 
 		 772 aa  419  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.96874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3198  TonB-dependent receptor  35.59 
 
 		 766 aa  421  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2193  TonB-dependent receptor  34.47 
 
 		 780 aa  405  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.968767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0465  TonB-dependent receptor  36.93 
 
 		 758 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0763  TonB-dependent receptor  37.2 
 
 		 721 aa  395  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.72696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0619  TonB-dependent receptor  35.19 
 
 		 767 aa  394  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0965  TonB-dependent receptor  34.65 
 
 		 773 aa  393  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.195804  normal  0.489685 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0440  TonB-dependent receptor, putative  33.84 
 
 		 775 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0541  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 718 aa  202  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3340  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 685 aa  195  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0484  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 749 aa  171  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698636  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03808  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 705 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1053  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 705 aa  149  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0303  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 681 aa  140  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 698 aa  122  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1564  TonB-dependent receptor  22.62 
 
 		 697 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.298375  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3560  TonB-dependent copper receptor  22.66 
 
 		 695 aa  116  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3408  TonB-dependent copper receptor  24.76 
 
 		 668 aa  111  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.233269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0622  TonB-dependent copper receptor  24.44 
 
 		 668 aa  109  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1325  TonB-dependent copper receptor  22.87 
 
 		 719 aa  107  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0630  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 668 aa  106  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0452  TonB-dependent copper receptor  23.65 
 
 		 662 aa  106  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15070  outer membrane copper receptor OprC  23.37 
 
 		 723 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127729 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0655  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 768 aa  103  8e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  23.79 
 
 		 668 aa  101  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3427  TonB-dependent copper receptor  24.1 
 
 		 698 aa  100  8e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.40271  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0351  TonB-dependent copper receptor  23.46 
 
 		 661 aa  98.6  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4075  TonB-dependent copper receptor  23.97 
 
 		 725 aa  97.8  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1606  TonB-dependent receptor  21.29 
 
 		 696 aa  95.9  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000872297  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0484  TonB-dependent receptor  22.15 
 
 		 702 aa  94.7  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.766292  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4607  TonB-dependent copper receptor  21.55 
 
 		 724 aa  92  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0702651  normal  0.0726755 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2293  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 685 aa  91.3  5e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3668  TonB-dependent copper receptor  24.09 
 
 		 686 aa  91.7  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.743452  normal  0.496513 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0999  nosA protein, putative  21.53 
 
 		 676 aa  89.4  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0512  TonB-dependent receptor  22.32 
 
 		 702 aa  87.8  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0165393  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4630  TonB-dependent copper receptor  22.01 
 
 		 688 aa  87.4  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102852 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0517  TonB-dependent receptor  22.02 
 
 		 702 aa  87  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.392314  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0941  TonB-dependent copper receptor  21.39 
 
 		 676 aa  86.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.591251  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2982  TonB dependent receptor, putative  25.76 
 
 		 699 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0239  TonB-dependent copper receptor  23.69 
 
 		 681 aa  84.3  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3452  TonB-dependent receptor  21.98 
 
 		 699 aa  84  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3808  TonB-dependent copper receptor  20.53 
 
 		 687 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.494445  normal  0.660377 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2604  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 706 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000145461  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3953  TonB-dependent copper receptor OprC  23.57 
 
 		 681 aa  82.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3712  TonB-dependent copper receptor OprC  23.57 
 
 		 686 aa  82.4  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40090  outer membrane copper transport protein  22.69 
 
 		 726 aa  82  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0470  TonB-dependent copper receptor  22.32 
 
 		 663 aa  82  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1039  TonB-dependent copper receptor  22.42 
 
 		 667 aa  82  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377632 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1392  TonB-dependent copper receptor  27.46 
 
 		 691 aa  80.1  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0427  TonB-dependent copper receptor  20.93 
 
 		 745 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4452  TonB-dependent copper receptor  21.53 
 
 		 710 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.876031  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3914  TonB-dependent copper receptor  21.53 
 
 		 710 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1806  TonB-dependent copper receptor  20.93 
 
 		 745 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0477  TonB-dependent copper receptor  20.93 
 
 		 745 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157724  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3613  TonB-dependent copper receptor  21.53 
 
 		 710 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0821  TonB-dependent copper receptor  20.93 
 
 		 749 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2507  TonB-dependent copper receptor  20.93 
 
 		 745 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3292  TonB-dependent copper receptor  20.22 
 
 		 709 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.49865 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2368  TonB-dependent copper receptor  20.93 
 
 		 749 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.468955  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1804  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 683 aa  75.5  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0894155  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0596  TonB-dependent copper receptor  21.79 
 
 		 710 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.834175  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1446  TonB-dependent receptor  21.78 
 
 		 680 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.757282 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 672 aa  72  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2174  TonB-dependent copper receptor  21.15 
 
 		 710 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.25751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4275  TonB-dependent receptor  22.29 
 
 		 685 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0425  TonB-dependent receptor domain-containing protein  23.72 
 
 		 625 aa  71.6  0.00000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00623502  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3205  TonB-dependent copper receptor  24.79 
 
 		 687 aa  70.9  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.742642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0638  TonB-dependent copper receptor  20.52 
 
 		 753 aa  71.2  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.13 
 
 		 728 aa  70.9  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0377  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 661 aa  70.5  0.00000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.337812  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0043  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 684 aa  70.5  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0619  TonB-dependent receptor  22.73 
 
 		 673 aa  70.5  0.0000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000412727  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4669  TonB-dependent copper receptor  20.8 
 
 		 713 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0923349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  25.25 
 
 		 687 aa  69.3  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1083  TonB-dependent receptor  23 
 
 		 681 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.654229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4157  TonB-dependent copper receptor  24.62 
 
 		 667 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54180  hypothetical protein  22.51 
 
 		 687 aa  67.8  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2454  TonB-dependent copper receptor  30.71 
 
 		 684 aa  66.6  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4738  hypothetical protein  22.36 
 
 		 687 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122905  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2086  nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase  22.42 
 
 		 665 aa  62.8  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.0000285057  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>