More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4053 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0567  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  81.8 
 
 
633 aa  973    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0539  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  81.65 
 
 
633 aa  971    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4053  methyl-accepting chemotaxis protein  100 
 
 
634 aa  1293    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3773  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  81.65 
 
 
633 aa  945    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0619  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  81.7 
 
 
634 aa  1031    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3611  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  93.06 
 
 
634 aa  1167    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0563  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  81.49 
 
 
633 aa  968    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  57.14 
 
 
638 aa  714    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1963  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.63 
 
 
637 aa  521  1e-146  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.870205  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0949  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.32 
 
 
636 aa  493  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0451727 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.31 
 
 
637 aa  479  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4463  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.36 
 
 
552 aa  296  6e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.43301 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0443  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.64 
 
 
541 aa  295  1e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61300  putative chemotaxis transducer  45.45 
 
 
712 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.862971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1479  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.96 
 
 
640 aa  295  2e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0522747  normal  0.0374393 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5279  putative chemotaxis transducer  45.18 
 
 
712 aa  294  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0493383  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.74 
 
 
564 aa  292  1e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1937  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.24 
 
 
541 aa  292  1e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.158854  normal  0.960341 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0732  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.28 
 
 
555 aa  291  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.177926 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4715  chemotaxis sensory transducer  44.92 
 
 
713 aa  288  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233277  normal  0.171171 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0851  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.44 
 
 
674 aa  284  4.0000000000000003e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.244273  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3669  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.54 
 
 
716 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170337  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1030  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.05 
 
 
653 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3379  methyl-accepting chemotaxis protein  41.87 
 
 
559 aa  282  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3489  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.44 
 
 
628 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.228387  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2177  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.83 
 
 
619 aa  279  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0042391  normal  0.0195698 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2249  methyl-accepting chemotaxis transducer  42.44 
 
 
643 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.477129  normal  0.786945 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1880  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  42.18 
 
 
628 aa  276  6e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454316  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4190  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.44 
 
 
688 aa  276  9e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.251316  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0549  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.83 
 
 
640 aa  276  9e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.43692  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0085  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.32 
 
 
638 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0647334  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2316  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.86 
 
 
548 aa  276  1.0000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0208981 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3557  methyl-accepting chemotaxis transducer  46.7 
 
 
714 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.386044  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2217  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.7 
 
 
714 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1998  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.51 
 
 
714 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0164438 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1228  methyl-accepting chemotaxis transducer  46.44 
 
 
688 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.739741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1701  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.26 
 
 
650 aa  273  7e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.076135 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3139  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.43 
 
 
640 aa  273  9e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.753261  normal  0.0120166 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29800  putative chemotaxis transducer  48.95 
 
 
561 aa  272  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00431462  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2074  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.38 
 
 
714 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.203311  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0099  chemotaxis sensory transducer  46.45 
 
 
639 aa  270  4e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1257  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.87 
 
 
688 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.124474  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3770  chemotaxis sensory transducer  46.13 
 
 
715 aa  270  8.999999999999999e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2548  putative chemotaxis transducer  48.94 
 
 
561 aa  269  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.271227  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4404  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.66 
 
 
638 aa  268  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0156105 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2365  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.63 
 
 
714 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.41 
 
 
688 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3098  methyl-accepting chemotaxis protein  43.91 
 
 
642 aa  266  1e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.398555  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3768  chemotaxis sensory transducer  47.63 
 
 
560 aa  266  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0905  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  43.48 
 
 
640 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.746842  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4196  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.53 
 
 
552 aa  264  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.14959  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.13 
 
 
540 aa  263  6e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1059  methyl-accepting chemotaxis protein  41.98 
 
 
629 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2461  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.93 
 
 
626 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.670502  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5020  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.61 
 
 
638 aa  263  8e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0080  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.63 
 
 
636 aa  263  8e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4894  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.61 
 
 
638 aa  263  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.291281  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1029  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.93 
 
 
411 aa  263  1e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5070  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.01 
 
 
638 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2966  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  43.34 
 
 
642 aa  261  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.249585  normal  0.113943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1723  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  43.64 
 
 
626 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.372844  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67010  putative chemotaxis transducer  43.77 
 
 
647 aa  260  4e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2356  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.19 
 
 
619 aa  261  4e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0809243  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2000  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.11 
 
 
560 aa  260  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0144557  normal  0.0324669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1254  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.71 
 
 
639 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523103  normal  0.0331864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4382  chemotaxis sensory transducer  46.55 
 
 
738 aa  259  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0124  chemotaxis sensory transducer, Cache sensor  41.33 
 
 
626 aa  259  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.201174  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0450  chemotaxis sensory transducer  44.8 
 
 
645 aa  259  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0987  methyl-accepting chemotaxis protein  44.75 
 
 
554 aa  259  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3827  methyl-accepting chemotaxis transducer  44.15 
 
 
695 aa  259  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000221184 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1426  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.05 
 
 
634 aa  258  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2616  methyl-accepting chemotaxis protein  44.92 
 
 
633 aa  258  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00438795  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4795  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.19 
 
 
638 aa  256  6e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.884167  hitchhiker  0.000462611 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1630  chemotaxis sensory transducer  43.02 
 
 
541 aa  256  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0173  methyl-accepting chemotaxis protein  38.94 
 
 
639 aa  256  6e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003896  methyl-accepting chemotaxis protein  43.52 
 
 
545 aa  256  8e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000288698  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1674  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.09 
 
 
543 aa  256  8e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0445  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.01 
 
 
638 aa  256  9e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.455391  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3759  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.15 
 
 
554 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0990388  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2358  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.62 
 
 
545 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1425  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.96 
 
 
438 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2000  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  42.62 
 
 
545 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000194984 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4874  chemotactic transducer PctC  39.01 
 
 
632 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.153332  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2347  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.62 
 
 
545 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2130  methyl-accepting chemotaxis protein  43.34 
 
 
546 aa  255  2.0000000000000002e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665531  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0466  methyl-accepting chemotaxis protein  43.14 
 
 
541 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2463  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.62 
 
 
545 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0650014  normal  0.35347 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4706  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.78 
 
 
541 aa  254  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2970  chemotaxis sensory transducer  41.62 
 
 
712 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4454  methyl-accepting chemotaxis protein  46.31 
 
 
642 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0447  chemotaxis sensory transducer  41.48 
 
 
541 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5811  putative chemotaxis transducer  43.77 
 
 
647 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2880  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.38 
 
 
558 aa  253  6e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001273  methyl-accepting chemotaxis protein  42.67 
 
 
638 aa  253  7e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05150  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  45.04 
 
 
650 aa  253  8.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3522  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.75 
 
 
636 aa  253  9.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3256  methyl-accepting chemotaxis protein  41.95 
 
 
558 aa  252  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2546  putative chemotaxis transducer  42.74 
 
 
714 aa  253  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.410637  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2828  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.57 
 
 
544 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3116  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.47 
 
 
495 aa  252  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00299178  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>