More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4015 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0650  efflux transporter, RND family, MFP subunit  85.25 
 
 
410 aa  686    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4015  hypothetical protein  100 
 
 
435 aa  885    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0654  RND family efflux transporter MFP subunit  87.27 
 
 
410 aa  669    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0627  RND family efflux transporter MFP subunit  87.53 
 
 
405 aa  672    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3735  RND family efflux transporter MFP subunit  87.27 
 
 
410 aa  669    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3255  RND family efflux transporter MFP subunit  76.42 
 
 
388 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  29.19 
 
 
351 aa  154  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 
351 aa  152  1e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 
373 aa  146  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  26.29 
 
 
349 aa  144  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 
354 aa  144  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  30.25 
 
 
365 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  31.29 
 
 
354 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.08 
 
 
374 aa  134  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  29.49 
 
 
365 aa  133  5e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 
340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  29.97 
 
 
368 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  32.37 
 
 
348 aa  130  3e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  27.81 
 
 
368 aa  129  8.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.26 
 
 
372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  26.79 
 
 
360 aa  127  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  28.75 
 
 
367 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 
392 aa  126  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  26.3 
 
 
381 aa  126  9e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  26.22 
 
 
397 aa  126  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 
355 aa  126  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  27.5 
 
 
372 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 
385 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 
369 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 
376 aa  125  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.39 
 
 
388 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  27.5 
 
 
368 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 
372 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.67 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 
372 aa  121  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  26.4 
 
 
372 aa  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 
415 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.48 
 
 
361 aa  120  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  27.58 
 
 
397 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  25.81 
 
 
360 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.81 
 
 
360 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  26.61 
 
 
372 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 
364 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 
376 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  25.48 
 
 
360 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  26.79 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.92 
 
 
370 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 
372 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 
372 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  25.57 
 
 
360 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 
361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.55 
 
 
368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 
360 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  26.51 
 
 
361 aa  117  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  27.36 
 
 
371 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  24.68 
 
 
361 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  26.06 
 
 
373 aa  116  8.999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  26.77 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 
417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.99 
 
 
351 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  25.49 
 
 
360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  25.15 
 
 
353 aa  115  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  26.97 
 
 
350 aa  115  2.0000000000000002e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 
372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  25.17 
 
 
360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  25.62 
 
 
403 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 
360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 
360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 
369 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  23.72 
 
 
434 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  26.65 
 
 
380 aa  114  5e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  25.76 
 
 
381 aa  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 
394 aa  113  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.06 
 
 
363 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 
366 aa  113  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.06 
 
 
363 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 
365 aa  113  9e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 
365 aa  113  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 
369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 
365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 
369 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 
383 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 
369 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 
371 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  29.47 
 
 
370 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  24.09 
 
 
403 aa  110  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  26.25 
 
 
406 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  25.29 
 
 
375 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.85 
 
 
374 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  28.12 
 
 
371 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  26.1 
 
 
414 aa  108  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  25.89 
 
 
382 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  26.46 
 
 
352 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  23.48 
 
 
376 aa  108  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>