236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3673 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3673  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  100 
 
 		 317 aa  639    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3239  periplasmic binding protein  77.85 
 
 		 306 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.720856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0948  periplasmic binding protein  68.75 
 
 		 308 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.971026  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1017  periplasmic binding protein  67.67 
 
 		 331 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.951283  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3342  periplasmic binding protein  64.43 
 
 		 343 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0029736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1050  periplasmic binding protein  72.79 
 
 		 343 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0962  periplasmic binding protein  67.53 
 
 		 348 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  59.93 
 
 		 312 aa  312  4.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0786  periplasmic binding protein  54.01 
 
 		 327 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.683071  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4008  periplasmic binding protein  55.44 
 
 		 304 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001352  periplasmic hemin-binding protein  46.59 
 
 		 289 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00152627  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05241  ABC-type hemin transport system periplasmic component  42.19 
 
 		 289 aa  197  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  43.17 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0324  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB  42.31 
 
 		 277 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000295814  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  36.82 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  36.03 
 
 		 294 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  36.03 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  36.02 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  36.02 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  34.41 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4203  periplasmic binding protein  35.71 
 
 		 291 aa  142  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.564967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0345  periplasmic binding protein  35.11 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  32.74 
 
 		 284 aa  139  7e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1739  periplasmic binding protein  35.14 
 
 		 273 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.102964  normal  0.190946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4800  periplasmic binding protein  33.92 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000643232  hitchhiker  0.00663707 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0573  hemin-binding periplasmic protein hmuT  33.47 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  32.38 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3620  periplasmic binding protein  31.84 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  34.5 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  31.42 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3019  periplasmic binding protein  34.91 
 
 		 309 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3270  periplasmic binding protein  34.18 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0101899 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5424  hypothetical protein  34.82 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.233376  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2195  periplasmic binding protein  31.46 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0123698  normal  0.456206 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  35.4 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0648  hemin-binding periplasmic protein  30.99 
 
 		 279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3803  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  30.99 
 
 		 279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.656087  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3891  periplasmic binding protein  30.99 
 
 		 279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.815625  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2460  periplasmic binding protein  34.69 
 
 		 272 aa  125  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1605  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 279 aa  125  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000278278 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2339  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  34.27 
 
 		 272 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  32.79 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1442  periplasmic binding protein  33.77 
 
 		 321 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181866  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  30.63 
 
 		 275 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  32.39 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4192  periplasmic binding protein  30.6 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0568253  normal  0.138797 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0166  periplasmic binding protein  30.45 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2411  periplasmic binding protein  31.46 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0182  periplasmic binding protein  33.9 
 
 		 296 aa  117  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0861033 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01536  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  29.37 
 
 		 318 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0853  periplasmic binding protein  30.43 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1969  periplasmic binding protein  31.3 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  30.99 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2350  periplasmic binding protein  30.45 
 
 		 323 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.048634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5317  periplasmic binding protein  31.6 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  32 
 
 		 305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5429  periplasmic binding protein  32 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5433  periplasmic binding protein  32 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0579041  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  32.54 
 
 		 289 aa  109  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4774  periplasmic binding protein  31.2 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  31.85 
 
 		 270 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  31.36 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0219  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  32 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  28.68 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  29.01 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  30.37 
 
 		 362 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2324  periplasmic binding protein  32.29 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0524222  normal  0.815768 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2834  periplasmic binding protein  32.65 
 
 		 271 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  31.62 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1508  periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  30.15 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  28.99 
 
 		 357 aa  100  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  29.93 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  31.93 
 
 		 283 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.91 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  29.2 
 
 		 276 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.3 
 
 		 308 aa  89.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.3 
 
 		 308 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.3 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.3 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.3 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.3 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  29.3 
 
 		 308 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4588  periplasmic binding protein  30.58 
 
 		 292 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  28.52 
 
 		 295 aa  85.9  9e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  29.15 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  26.05 
 
 		 338 aa  79  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0075  periplasmic binding protein  28.51 
 
 		 335 aa  77.8  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  28.64 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  25 
 
 		 380 aa  75.1  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  25.69 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.29 
 
 		 337 aa  74.7  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.28 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.28 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09830  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  27.27 
 
 		 394 aa  72.4  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.423992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  27.07 
 
 		 377 aa  70.1  0.00000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  28.22 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0117  periplasmic binding protein  28.51 
 
 		 270 aa  68.9  0.0000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>