More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3473 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  636    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  88.45 
 
 		 307 aa  556  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  87.79 
 
 		 307 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  87.13 
 
 		 307 aa  550  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  81.35 
 
 		 320 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  80.06 
 
 		 314 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  80.39 
 
 		 314 aa  512  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  80.39 
 
 		 314 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  80.13 
 
 		 314 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 302 aa  342  7e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  53.11 
 
 		 302 aa  338  5e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  53.11 
 
 		 302 aa  338  5e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  53.11 
 
 		 302 aa  338  5e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  53.8 
 
 		 300 aa  332  5e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  53.47 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  52.96 
 
 		 294 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.48 
 
 		 317 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  50.66 
 
 		 305 aa  326  3e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  50.66 
 
 		 302 aa  325  8.000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  48.18 
 
 		 302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 299 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 299 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 299 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 299 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 299 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 299 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 306 aa  297  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  49.18 
 
 		 306 aa  297  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 301 aa  293  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  47.85 
 
 		 302 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  46.86 
 
 		 320 aa  283  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 302 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 302 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 302 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  43.79 
 
 		 296 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  42.02 
 
 		 335 aa  262  6.999999999999999e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  43.93 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 295 aa  225  9e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 298 aa  205  8e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 		 335 aa  197  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.39 
 
 		 299 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 300 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 300 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 300 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 300 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  35.91 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  34.45 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 299 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 299 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.31 
 
 		 302 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.77 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 297 aa  176  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 300 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>