More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3393 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  401  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  94.3 
 
 		 193 aa  381  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1228  TetR family transcriptional regulator  93.26 
 
 		 193 aa  376  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1158  TetR family transcriptional regulator  92.75 
 
 		 193 aa  373  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2721  TetR family transcriptional regulator  78.76 
 
 		 193 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.236108  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  75.52 
 
 		 193 aa  307  8e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  75 
 
 		 193 aa  303  9.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  74.61 
 
 		 193 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  75 
 
 		 193 aa  302  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
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NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 193 aa  271  6e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
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NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  65.1 
 
 		 193 aa  269  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 193 aa  255  4e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  62.18 
 
 		 235 aa  245  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  59.07 
 
 		 192 aa  234  4e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1088  transcriptional regulator, TetR family protein  60.22 
 
 		 198 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 192 aa  228  5e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 191 aa  183  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 194 aa  95.1  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3704  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 190 aa  91.7  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.21281 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  27.66 
 
 		 196 aa  91.3  9e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
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NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 192 aa  87.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
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NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 193 aa  87.4  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 193 aa  84.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 193 aa  83.6  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 198 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
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NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
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NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 198 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
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NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 202 aa  82.4  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_2816  transcriptional regulator, TetR family protein  30.39 
 
 		 188 aa  82  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 197 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 193 aa  81.6  0.000000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
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NC_007643  Rru_A0145  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 202 aa  81.6  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.437687  n/a   
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 193 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
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NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 193 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 193 aa  78.2  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
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NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  22.28 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
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NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
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NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 197 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  24.86 
 
 		 195 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 208 aa  77.8  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 156 aa  76.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 193 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 213 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
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NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
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NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 215 aa  75.1  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  25.13 
 
 		 192 aa  74.3  0.0000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 214 aa  74.3  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 203 aa  73.6  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4420  TetR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3947  TetR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  27.03 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 193 aa  72  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 216 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  25.95 
 
 		 204 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 195 aa  69.7  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  26.75 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 199 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 194 aa  69.7  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 198 aa  68.2  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 200 aa  68.2  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2789  transcriptional regulator  25.14 
 
 		 206 aa  68.2  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 208 aa  68.2  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 198 aa  68.2  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  24.18 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
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NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  28.57 
 
 		 195 aa  68.2  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_02226  transcriptional regulator, TetR family protein  23.53 
 
 		 196 aa  68.2  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
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NC_010515  Bcenmc03_3581  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.428867  normal  1 
 
 
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NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 204 aa  67.4  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_0110  transcriptional regulator, TetR family  40.59 
 
 		 193 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
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NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  25.56 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
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NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 194 aa  65.9  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
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NC_010511  M446_3753  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14772  normal  0.02252 
 
 
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NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  22.01 
 
 		 190 aa  65.1  0.0000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  21.58 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
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