More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3286 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00692  cytochrome d terminal oxidase, subunit I  72.6 
 
 		 522 aa  791    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.117055  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2903  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.6 
 
 		 522 aa  791    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00339201  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1271  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.57 
 
 		 522 aa  799    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.286336  hitchhiker  0.000221787 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2735  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  67.64 
 
 		 525 aa  730    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.105689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2876  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 		 522 aa  798    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0645445  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1890  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  76.46 
 
 		 529 aa  829    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1105  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.99 
 
 		 525 aa  740    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19890  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  76.02 
 
 		 537 aa  824    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1876  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  71.07 
 
 		 528 aa  784    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0888533  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2397  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.71 
 
 		 528 aa  637    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.174405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6534  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.03 
 
 		 526 aa  638    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.324444 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01602  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  77.1 
 
 		 528 aa  831    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3286  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  100 
 
 		 518 aa  1054    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1148  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.41 
 
 		 522 aa  798    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0803  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  72.8 
 
 		 522 aa  794    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0327801  normal  0.446057 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0836  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.8 
 
 		 522 aa  794    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.664102  normal  0.640825 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1388  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  72.6 
 
 		 522 aa  798    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3178  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.54 
 
 		 531 aa  726    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0484  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  67.89 
 
 		 526 aa  731    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2868  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.54 
 
 		 531 aa  726    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1204  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  61.43 
 
 		 510 aa  663    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0568  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  68.28 
 
 		 530 aa  735    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0497351 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1210  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  61.23 
 
 		 510 aa  663    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1384  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  93.63 
 
 		 518 aa  1002    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.362762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1565  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  91.89 
 
 		 518 aa  969    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1230  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  73.58 
 
 		 522 aa  802    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.531516  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2964  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.6 
 
 		 522 aa  798    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2910  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.02 
 
 		 521 aa  787    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  61.03 
 
 		 526 aa  639    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0261371  normal  0.512967 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0365  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.02 
 
 		 530 aa  775    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0729  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  66.54 
 
 		 531 aa  726    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163663  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1535  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  70.65 
 
 		 525 aa  772    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.131601  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3095  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  71.43 
 
 		 522 aa  785    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0898  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  72.8 
 
 		 522 aa  794    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.346957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6147  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  67.83 
 
 		 526 aa  730    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413393  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00681  hypothetical protein  72.6 
 
 		 522 aa  791    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.159246  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0867  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  72.8 
 
 		 522 aa  794    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.608673  normal  0.0630477 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2712  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  62.06 
 
 		 527 aa  649    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00013587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1241  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  71.23 
 
 		 522 aa  790    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.476445  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003921  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  77.89 
 
 		 528 aa  840    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000934813  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0454  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  65.76 
 
 		 531 aa  722    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0299  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  65.57 
 
 		 529 aa  706    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0929  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  68.68 
 
 		 524 aa  735    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00513286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2979  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  93.44 
 
 		 518 aa  999    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000559301  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1441  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.54 
 
 		 531 aa  726    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.778663  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2362  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  61.82 
 
 		 524 aa  667    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.549668  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1908  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  68.09 
 
 		 535 aa  735    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.522276  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4148  putative cytochrome bd ubiquinol oxidase,subunit I  68.09 
 
 		 535 aa  735    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1274  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  84.14 
 
 		 521 aa  916    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000011303  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0545  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.54 
 
 		 531 aa  726    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.214152  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1435  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  75.93 
 
 		 541 aa  825    Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000298443  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0761  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 		 522 aa  791    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0041514  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2203  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  68.22 
 
 		 526 aa  730    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.48101  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0654  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 		 522 aa  791    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624409  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1318  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  89.96 
 
 		 518 aa  965    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0277706  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1452  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  69.96 
 
 		 528 aa  761    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000141499  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2641  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  94.59 
 
 		 518 aa  1013    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000351887  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0256  cytochrome D ubiquinol oxidase, subunit I  65.38 
 
 		 521 aa  706    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000101407  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1239  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  95.75 
 
 		 518 aa  1016    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0361828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1310  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  95.75 
 
 		 518 aa  1016    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0091188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1302  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  92.86 
 
 		 518 aa  990    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000643415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1142  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  87.45 
 
 		 518 aa  942    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2877  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  67.44 
 
 		 525 aa  728    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0327  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  62.84 
 
 		 532 aa  696    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000196917 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0776  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.8 
 
 		 522 aa  794    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00128366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2828  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  68.22 
 
 		 526 aa  731    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2923  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  72.6 
 
 		 522 aa  791    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.672765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2817  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  68.22 
 
 		 526 aa  730    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0561  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.54 
 
 		 531 aa  726    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2738  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  70.25 
 
 		 525 aa  773    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3118  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  91.12 
 
 		 518 aa  979    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.358034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1241  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  95.75 
 
 		 518 aa  1016    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00294724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0785  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 		 522 aa  791    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000321454  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03804  putative cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.6 
 
 		 526 aa  703    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0755  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 		 522 aa  791    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0332587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2349  cytochrome bd-I oxidase subunit I  89.77 
 
 		 518 aa  968    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00263445  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3137  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  93.44 
 
 		 518 aa  999    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0660944  normal  0.733432 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0720  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  73.74 
 
 		 526 aa  784    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0835  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  72.6 
 
 		 522 aa  791    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0025291  normal  0.492796 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2993  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  93.63 
 
 		 518 aa  1002    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.335828  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0148  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  66.54 
 
 		 531 aa  726    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.524931  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1505  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  67.38 
 
 		 524 aa  736    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781971  unclonable  0.00000000000506966 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1360  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.68 
 
 		 529 aa  633  1e-180  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.182452  normal  0.201851 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1560  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.68 
 
 		 529 aa  633  1e-180  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0517929  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00981  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  59.92 
 
 		 514 aa  628  1e-179  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.824239  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2666  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.92 
 
 		 514 aa  628  1e-179  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.660733  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00988  hypothetical protein  59.92 
 
 		 514 aa  628  1e-179  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.660273  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3367  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.41 
 
 		 534 aa  628  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2139  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  59.92 
 
 		 514 aa  629  1e-179  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.996707 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2618  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.92 
 
 		 514 aa  628  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990367 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1093  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  59.92 
 
 		 514 aa  629  1e-179  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.209075  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1086  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  59.92 
 
 		 514 aa  628  1e-179  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1214  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  59.92 
 
 		 514 aa  629  1e-179  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2337  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  59.72 
 
 		 514 aa  627  1e-178  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1930  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1  58.96 
 
 		 514 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1934  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  58.96 
 
 		 514 aa  626  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1342  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  58.96 
 
 		 514 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1990  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1  58.96 
 
 		 514 aa  624  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1526  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1  58.76 
 
 		 514 aa  623  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.383883 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1305  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.68 
 
 		 529 aa  621  1e-176  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.803573  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>