57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3259 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3259  hypothetical protein  100 
 
 
441 aa  911    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1407  protein of unknown function DUF115  78.68 
 
 
442 aa  727    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2956  hypothetical protein  78.68 
 
 
442 aa  726    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2613  hypothetical protein  62.67 
 
 
429 aa  551  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.963488  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1336  hypothetical protein  56.76 
 
 
431 aa  497  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1311  hypothetical protein  50.79 
 
 
431 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.508691 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3115  hypothetical protein  46.61 
 
 
435 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2971  hypothetical protein  46.61 
 
 
435 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0045  hypothetical protein  43.92 
 
 
433 aa  363  4e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1525  hypothetical protein  41.59 
 
 
430 aa  339  5e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3705  hypothetical protein  39.04 
 
 
430 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.464956  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1145  hypothetical protein  36.24 
 
 
446 aa  276  7e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001173  hypothetical protein  30 
 
 
440 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0762  hypothetical protein  26.58 
 
 
629 aa  89.4  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.211386 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2233  hypothetical protein  25.85 
 
 
470 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1917  protein of unknown function DUF115  25.9 
 
 
616 aa  75.1  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1780  hypothetical protein  25.37 
 
 
626 aa  75.5  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17040  hypothetical protein  23.86 
 
 
618 aa  71.6  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2630  hypothetical protein  25.19 
 
 
821 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.227202  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1301  hypothetical protein  24.32 
 
 
823 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.190749  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1044  protein of unknown function DUF115  26.54 
 
 
560 aa  67.4  0.0000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1317  TPR repeat-containing protein  23.97 
 
 
826 aa  66.2  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1315  hypothetical protein  23.73 
 
 
578 aa  65.9  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0162  motility accessory factor  28.2 
 
 
570 aa  61.2  0.00000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.372876  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2149  protein of unknown function DUF115  20.79 
 
 
577 aa  61.2  0.00000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3273  hypothetical protein  24.81 
 
 
822 aa  60.5  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0669  protein of unknown function DUF115  24.91 
 
 
891 aa  59.7  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.700262  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1575  hypothetical protein  24.8 
 
 
833 aa  58.9  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2968  TPR repeat-containing protein  23.75 
 
 
822 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0043  hypothetical protein  25 
 
 
825 aa  56.6  0.0000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1285  hypothetical protein  21.72 
 
 
824 aa  56.6  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1395  protein of unknown function DUF115  22.99 
 
 
820 aa  56.6  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1638  motility accessory factor  24.12 
 
 
661 aa  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3220  protein of unknown function DUF115  22.95 
 
 
758 aa  51.6  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1530  motility accessory factor  26.72 
 
 
607 aa  51.6  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.459783  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0199  hypothetical protein  27.53 
 
 
671 aa  50.8  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2337  hypothetical protein  23.63 
 
 
826 aa  49.7  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.239446  normal  0.451295 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1337  PseE  26.32 
 
 
632 aa  48.5  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3113  protein of unknown function DUF115  26.19 
 
 
589 aa  48.5  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00213149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3107  hypothetical protein  21.86 
 
 
841 aa  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0447  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
839 aa  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01231  hypothetical protein  25.17 
 
 
673 aa  47.8  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1454  hypothetical protein  26.11 
 
 
812 aa  47.4  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4091  hypothetical protein  23.08 
 
 
841 aa  47  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2235  hypothetical protein  23.73 
 
 
648 aa  47  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0371  motility accessory factor  24.02 
 
 
605 aa  47  0.0007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2165  hypothetical protein  26.44 
 
 
833 aa  46.6  0.0009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.302427 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0373  motility accessory factor  22.89 
 
 
629 aa  46.6  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0451  hypothetical protein  23.39 
 
 
623 aa  46.2  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1571  hypothetical protein  46.67 
 
 
244 aa  45.8  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0376  motility accessory factor  25.52 
 
 
647 aa  45.4  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1452  hypothetical protein  27.39 
 
 
239 aa  45.8  0.002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.125155  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1524  motility accessory factor  25.62 
 
 
638 aa  44.7  0.003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.710571  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0166  motility accessory factor  20.45 
 
 
617 aa  44.3  0.004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00679404  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02911  Maf-1  22.33 
 
 
700 aa  43.9  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1600  hypothetical protein  32.58 
 
 
238 aa  43.5  0.008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0314  hypothetical protein  37.33 
 
 
238 aa  43.1  0.009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>