More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3196 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  85.29 
 
 		 376 aa  642    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  100 
 
 		 367 aa  748    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  91.28 
 
 		 367 aa  686    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  91.28 
 
 		 367 aa  686    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  91.01 
 
 		 367 aa  691    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  81.2 
 
 		 367 aa  627  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  80.65 
 
 		 367 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  81.2 
 
 		 367 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  80.65 
 
 		 367 aa  621  1e-177  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  67.3 
 
 		 367 aa  531  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  65.67 
 
 		 367 aa  511  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  66.76 
 
 		 367 aa  501  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  64.58 
 
 		 367 aa  483  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  58.14 
 
 		 386 aa  461  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  60.38 
 
 		 373 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  59.13 
 
 		 368 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.96 
 
 		 393 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  32.59 
 
 		 393 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  32.22 
 
 		 394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  31.85 
 
 		 394 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.2 
 
 		 412 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  32.22 
 
 		 393 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  31.48 
 
 		 412 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  33.1 
 
 		 394 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  30.51 
 
 		 394 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  30.51 
 
 		 394 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  30.82 
 
 		 394 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  30.8 
 
 		 399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  27.55 
 
 		 368 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002881  response regulator  29.39 
 
 		 368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  30.93 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  29.79 
 
 		 367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.41 
 
 		 410 aa  110  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1959  response regulator of RpoS  28.85 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  36.31 
 
 		 715 aa  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  39.34 
 
 		 544 aa  102  7e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.64 
 
 		 715 aa  99.8  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.17 
 
 		 739 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.83 
 
 		 602 aa  97.4  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.5 
 
 		 363 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3465  putative PAS/PAC sensor protein  36.36 
 
 		 489 aa  94  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  30.39 
 
 		 338 aa  93.6  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  30.64 
 
 		 598 aa  93.2  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  26.95 
 
 		 338 aa  92.8  7e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  26.95 
 
 		 338 aa  92.8  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 551 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1479  response regulator receiver protein  27.08 
 
 		 402 aa  92.4  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2457  metal dependent phosphohydrolase  33.87 
 
 		 358 aa  92  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1875  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.02 
 
 		 361 aa  89.7  7e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2201  response regulator of RpoS  27.06 
 
 		 338 aa  88.6  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2710  response regulator of RpoS  26.33 
 
 		 337 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.317611  hitchhiker  0.000232648 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 526 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  35.04 
 
 		 544 aa  87  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1575  response regulator of RpoS  28.28 
 
 		 337 aa  86.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.307447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  32.17 
 
 		 513 aa  86.3  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1979  response regulator of RpoS  27.27 
 
 		 338 aa  85.9  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46167  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1392  response regulator of RpoS  28.28 
 
 		 337 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1943  response regulator of RpoS  28.28 
 
 		 337 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.941531 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1886  response regulator of RpoS  28.28 
 
 		 337 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0489347  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1880  response regulator of RpoS  28.28 
 
 		 337 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.239117  normal  0.804945 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2280  response regulator of RpoS  28.28 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 387 aa  84.7  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.8 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.85 
 
 		 581 aa  84  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0904  two component Fis family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 454 aa  83.6  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32 
 
 		 459 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30 
 
 		 457 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 462 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 		 489 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.854352 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.61 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.03 
 
 		 448 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3744  putative GAF sensor protein  33.33 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4099  histidine kinase  43.12 
 
 		 600 aa  82  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.056511  decreased coverage  0.000691518 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3572  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 457 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2308  response regulator of RpoS  28.85 
 
 		 337 aa  80.9  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.863566  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01211  response regulator of RpoS  27.54 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480052  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0005  response regulator receiver domain-containing protein  39.62 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0566865  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01221  hypothetical protein  27.54 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417729  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2392  response regulator of RpoS  27.54 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000237009 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1579  response regulator receiver  29.19 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.410227  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1384  response regulator of RpoS  27.54 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.421294  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1720  response regulator of RpoS  27.54 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1343  response regulator of RpoS  27.54 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00109338  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1906  response regulator of RpoS  27.54 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174648  normal  0.215745 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.62 
 
 		 394 aa  80.5  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0149  sensor histidine kinase/response regulator  35.77 
 
 		 371 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1400  response regulator of RpoS  26.73 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  33.33 
 
 		 441 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4454  transcriptional regulatory protein ZraR  33.33 
 
 		 441 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.209341  hitchhiker  0.000519331 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.81 
 
 		 391 aa  79.7  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 		 441 aa  79.7  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0183  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 		 387 aa  79.3  0.00000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  33.33 
 
 		 441 aa  79.7  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  33.33 
 
 		 441 aa  79.7  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.92 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.95 
 
 		 653 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2205  two component Fis family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 182 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0470  sigma-54 dependent response regulator  37.74 
 
 		 453 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.253212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>