More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3194 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  100 
 
 		 166 aa  346  9e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  93.37 
 
 		 166 aa  322  2e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  93.37 
 
 		 166 aa  322  2e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  90.96 
 
 		 166 aa  318  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  90.36 
 
 		 168 aa  318  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  88.55 
 
 		 168 aa  315  2e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  88.55 
 
 		 168 aa  315  2e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  84.94 
 
 		 168 aa  309  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  86.14 
 
 		 168 aa  307  5e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  54.8 
 
 		 179 aa  204  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  57.32 
 
 		 166 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  59.74 
 
 		 170 aa  194  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  51.43 
 
 		 175 aa  194  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  55.09 
 
 		 167 aa  189  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  53.49 
 
 		 173 aa  189  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  51.46 
 
 		 179 aa  185  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  33.13 
 
 		 163 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  33.74 
 
 		 170 aa  99  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  33.94 
 
 		 174 aa  99  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 		 162 aa  99  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  30.67 
 
 		 169 aa  97.8  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  33.54 
 
 		 175 aa  97.4  8e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 		 162 aa  96.7  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  33.55 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  33.55 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  33.55 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  33.55 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  33.55 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  33.55 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  33.55 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  33.55 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  33.55 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  33.55 
 
 		 162 aa  95.1  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  33.55 
 
 		 162 aa  94  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  32.89 
 
 		 162 aa  93.6  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  37.42 
 
 		 166 aa  92.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  30.72 
 
 		 177 aa  92.4  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  37.42 
 
 		 161 aa  91.3  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  37.42 
 
 		 162 aa  91.3  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  36.42 
 
 		 166 aa  90.5  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  31.9 
 
 		 170 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  36.77 
 
 		 162 aa  88.6  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  31.01 
 
 		 165 aa  87  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  31.08 
 
 		 174 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  33.74 
 
 		 178 aa  87  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  27.78 
 
 		 182 aa  85.5  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  35.26 
 
 		 165 aa  84.7  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  30.63 
 
 		 167 aa  84  8e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  30 
 
 		 167 aa  83.6  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  32.28 
 
 		 182 aa  82.4  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  30.92 
 
 		 153 aa  74.3  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  28.86 
 
 		 173 aa  73.9  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  29.03 
 
 		 184 aa  71.2  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  26.58 
 
 		 197 aa  68.9  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  26.88 
 
 		 169 aa  67.4  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  27.88 
 
 		 174 aa  66.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  26.01 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  27.95 
 
 		 170 aa  65.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  27.22 
 
 		 184 aa  64.3  0.0000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  27.22 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  25.32 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  29.1 
 
 		 154 aa  63.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  28.15 
 
 		 170 aa  62.4  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  25.16 
 
 		 194 aa  62  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  26.32 
 
 		 174 aa  61.2  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  25.93 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  26.54 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  25.61 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  28.1 
 
 		 168 aa  59.7  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6676  hypothetical protein  23.23 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.26464  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  25.71 
 
 		 175 aa  58.5  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  25.77 
 
 		 187 aa  58.2  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  26.38 
 
 		 243 aa  57.8  0.00000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  25.47 
 
 		 188 aa  57.4  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  26.14 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  23.56 
 
 		 203 aa  57  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  24.53 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  25.14 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  25.43 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  24.24 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  23.64 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  27.27 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1321  transcription antitermination protein NusG  26.76 
 
 		 176 aa  54.3  0.0000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000116235  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03630  transcription antitermination protein nusG  24.28 
 
 		 267 aa  54.3  0.0000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2687  NusG antitermination factor  24.55 
 
 		 185 aa  54.3  0.0000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  31.78 
 
 		 159 aa  53.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  29.52 
 
 		 183 aa  53.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6062  NusG antitermination factor  24.22 
 
 		 273 aa  52.8  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.275139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  24.4 
 
 		 179 aa  53.1  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0396  transcription termination/antitermination factor NusG  22.95 
 
 		 184 aa  53.1  0.000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.000310476  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6641  NusG antitermination factor  24.56 
 
 		 266 aa  52.8  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  24.4 
 
 		 179 aa  53.1  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0568  transcription antitermination protein nusG  24.22 
 
 		 277 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  29.21 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>