More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3193 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  71.29 
 
 
915 aa  1360  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2843  polysaccharide export protein  67.14 
 
 
910 aa  1268  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.427616  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  66.7 
 
 
922 aa  1278  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3193  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 
921 aa  1865  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  69.33 
 
 
931 aa  1341  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  64.27 
 
 
919 aa  1209  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  52.6 
 
 
828 aa  636  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  83.28 
 
 
919 aa  1602  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1399  polysaccharide export protein  71.01 
 
 
920 aa  1357  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00159215  normal  0.0100644 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2893  polysaccharide export protein  81.54 
 
 
912 aa  1560  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.325033  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3645  polysaccharide biosynthesis/export protein  45.29 
 
 
920 aa  761  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00687  hypothetical protein  40.04 
 
 
897 aa  647  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  46.61 
 
 
828 aa  632  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1315  polysaccharide export protein  52.82 
 
 
837 aa  622  1e-177  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0893778 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1382  polysaccharide export protein  52.82 
 
 
837 aa  622  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1375  polysaccharide export protein  52.29 
 
 
837 aa  619  1e-176  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193694  decreased coverage  2.8911e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2903  polysaccharide export protein  46.88 
 
 
828 aa  613  1e-174  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0690654  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  50.53 
 
 
827 aa  613  1e-174  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0277  polysaccharide export periplasmic protein  37.43 
 
 
869 aa  609  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  37.27 
 
 
852 aa  602  1e-170  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  37.68 
 
 
869 aa  573  1e-162  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1576  ClpX, ATPase regulatory subunit  36.79 
 
 
833 aa  368  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  3.3468e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0530  polysaccharide export protein  32.42 
 
 
1055 aa  258  3e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.925852 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  32.11 
 
 
753 aa  251  4e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2236  polysaccharide export protein  31.64 
 
 
948 aa  251  4e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.987184  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  28.27 
 
 
833 aa  250  7e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  29.88 
 
 
869 aa  249  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  31.45 
 
 
834 aa  247  7e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1604  polysaccharide export protein  32.15 
 
 
952 aa  239  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1842  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  29.93 
 
 
781 aa  233  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.749239  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3403  polysaccharide export protein  27.22 
 
 
977 aa  231  4e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00684592  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2606  polysaccharide export protein  28.59 
 
 
936 aa  223  1e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1714  polysaccharide export protein  26.4 
 
 
947 aa  222  2e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.397648  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2568  Soluble ligand binding domain protein  28.85 
 
 
812 aa  222  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171347  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0648  polysaccharide export protein  34.48 
 
 
779 aa  218  3e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4937  polysaccharide export protein  26.86 
 
 
800 aa  211  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00100729  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  29.53 
 
 
846 aa  211  5e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  27.55 
 
 
830 aa  207  8e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2676  polysaccharide export protein  35.57 
 
 
849 aa  205  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0888  polysaccharide export protein  37.66 
 
 
940 aa  201  6e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4605  polysaccharide export protein  27.07 
 
 
791 aa  191  5e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321524  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3790  polysaccharide export protein  30.9 
 
 
803 aa  191  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1986  polysaccharide biosynthesis protein, putative  34.01 
 
 
877 aa  186  2e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  37.45 
 
 
576 aa  186  2e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0660  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  34.78 
 
 
877 aa  178  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0353  polysaccharide export protein  28.36 
 
 
830 aa  177  6e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.949664  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0566  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  34.78 
 
 
800 aa  177  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0473  polysaccharide export protein  29.71 
 
 
824 aa  177  6e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1959  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  34.47 
 
 
875 aa  177  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.940843  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3949  polysaccharide export protein  27.56 
 
 
823 aa  176  2e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.256427 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1345  polysaccharide biosynthesis/export domain-containing protein  34.87 
 
 
568 aa  163  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000291611 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0599  polysaccharide export protein  27.3 
 
 
580 aa  120  9e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  5.41966e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0598  polysaccharide export protein  30.03 
 
 
478 aa  118  4e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000477703  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1344  polysaccharide export protein  33.53 
 
 
425 aa  112  4e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232143 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4601  polysaccharide export protein  26.45 
 
 
473 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.930879 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2584  polysaccharide export protein  29.41 
 
 
605 aa  107  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  unclonable  2.40824e-05 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1618  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  29.7 
 
 
552 aa  103  2e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1438  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  29.06 
 
 
552 aa  102  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.473166  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0293  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  29.67 
 
 
552 aa  100  1e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.994472  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1508  polysaccharide export protein  26.63 
 
 
495 aa  99.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1779  capsular polysaccharide ABC transporter, periplasmic polysaccharide-binding protein  29.06 
 
 
552 aa  100  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1535  polysaccharide export protein  26.82 
 
 
495 aa  100  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.106975 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001787  capsular polysaccharide export system periplasmic protein KpsD  30.89 
 
 
579 aa  99  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  25.25 
 
 
603 aa  98.2  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1011  polysaccharide export protein  29.47 
 
 
388 aa  93.2  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.192426  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1823  polysaccharide export protein  28.21 
 
 
387 aa  92  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0435675  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1369  capsular polysaccharide export protein, putative  28.57 
 
 
362 aa  92  4e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.361316  normal  0.297509 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  31.44 
 
 
558 aa  92  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2691  polysaccharide export protein  31 
 
 
508 aa  91.7  5e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113552  decreased coverage  0.00268462 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03058  capsular polysaccharide transport protein, putative  26.67 
 
 
609 aa  91.7  6e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.715854  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0246  polysaccharide export protein  28.65 
 
 
537 aa  91.7  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  8.56367e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3241  polysaccharide export protein  27.64 
 
 
587 aa  91.3  8e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1826  polysaccharide export protein  28.57 
 
 
516 aa  89.7  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.698968  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1924  polysaccharide export protein  25.68 
 
 
551 aa  89.4  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0359634 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4309  polysaccharide export protein  24.06 
 
 
495 aa  89  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5729  polysialic acid transport protein KpsD  25.48 
 
 
606 aa  88.6  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5038  polysaccharide export protein  29.28 
 
 
358 aa  88.2  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1842  polysaccharide export protein  28.94 
 
 
379 aa  86.7  2e-15  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.185865  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0310  polysaccharide biosynthesis/export protein  25.74 
 
 
703 aa  86.3  3e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001119  polysaccharide export lipoprotein wza  27.54 
 
 
317 aa  85.9  3e-15  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000135082  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0799  polysaccharide export protein  31.25 
 
 
393 aa  85.9  4e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02231  hypothetical protein  25.73 
 
 
700 aa  84.7  7e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  27.05 
 
 
373 aa  84  1e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2193  polysaccharide biosynthesis/export protein  28.11 
 
 
378 aa  83.6  2e-14  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.97973e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1669  polysaccharide export protein  25.42 
 
 
347 aa  83.6  2e-14  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.78188e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0148  capsular polysaccharide export protein, putative  29.55 
 
 
277 aa  83.6  2e-14  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1307  polysaccharide export protein  28.08 
 
 
565 aa  83.2  2e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1114  polysaccharide export protein  28.97 
 
 
431 aa  82.4  3e-14  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0366205  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5952  polysaccharide export protein  29.02 
 
 
557 aa  82.4  3e-14  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0289  polysaccharide export protein  27.51 
 
 
992 aa  82.4  4e-14  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003530  polysaccharide export periplasmic protein  26.13 
 
 
700 aa  80.9  1e-13  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1795  polysaccharide export outer membrane protein  24.59 
 
 
264 aa  79.7  2e-13  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1538  periplasmic polysaccharide export protein  26.34 
 
 
268 aa  79.3  3e-13  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1712  polysaccharide export protein  26.09 
 
 
386 aa  79  3e-13  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.69321  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2717  polysaccharide export protein  28.65 
 
 
379 aa  79.3  3e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.335454  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1092  outer membrane lipoprotein, group 4 capsule (G4C) polysaccharide  27.54 
 
 
386 aa  78.6  5e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2613  polysaccharide export protein  27.05 
 
 
379 aa  78.6  5e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00986  predicted exopolysaccharide export protein  27.05 
 
 
379 aa  78.2  7e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0661  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  29.57 
 
 
429 aa  78.2  7e-13  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.520209  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0823  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  29.57 
 
 
429 aa  78.2  7e-13  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>