More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3013 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3013  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 419 aa  869    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3410  integrase family protein  44.85 
 
 		 401 aa  340  4e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134022  hitchhiker  0.000868318 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3273  phage integrase family protein  44.23 
 
 		 401 aa  338  9e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0956673  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2650  integrase family protein  42.62 
 
 		 410 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0205154  hitchhiker  0.00000395125 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2845  phage integrase family protein  39.56 
 
 		 409 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  0.121401 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2942  phage integrase family protein  35.82 
 
 		 392 aa  219  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000983731 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1639  phage integrase family protein  32.2 
 
 		 403 aa  191  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0427266  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3579  integrase  29.4 
 
 		 389 aa  169  8e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000745226 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2292  phage integrase family protein  29.85 
 
 		 393 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.919949  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  30.49 
 
 		 411 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2626  phage integrase family protein  28.36 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000269871  normal  0.0831358 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1571  site-specific recombinase, phage integrase family  29.63 
 
 		 409 aa  155  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0359454  decreased coverage  0.000000698249 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2015  phage integrase family site specific recombinase  30.24 
 
 		 390 aa  145  9e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0939  phage integrase family site specific recombinase  28.44 
 
 		 406 aa  143  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.456123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3754  integrase family protein  28.54 
 
 		 407 aa  141  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.290204  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  26.57 
 
 		 410 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  27.82 
 
 		 413 aa  128  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0948  putative integrase  28.97 
 
 		 385 aa  126  9e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0388  phage integrase family site specific recombinase  27.6 
 
 		 429 aa  125  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  27.78 
 
 		 396 aa  124  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  25.5 
 
 		 420 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  28.71 
 
 		 419 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  27.46 
 
 		 432 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  24.82 
 
 		 414 aa  116  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  26.99 
 
 		 406 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  27.54 
 
 		 403 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  24.57 
 
 		 414 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  28.61 
 
 		 418 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0393  integrase family protein  26.73 
 
 		 403 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000451154 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  26.67 
 
 		 409 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  26.67 
 
 		 410 aa  112  9e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  25.9 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  27.21 
 
 		 425 aa  110  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  26.42 
 
 		 409 aa  110  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1601  phage integrase family protein  27.61 
 
 		 416 aa  109  8.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.634793  normal  0.83663 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  27.25 
 
 		 439 aa  109  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  27.67 
 
 		 420 aa  108  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  27.14 
 
 		 438 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  25 
 
 		 393 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  26.62 
 
 		 419 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  26.21 
 
 		 418 aa  108  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  26.03 
 
 		 418 aa  107  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  26.25 
 
 		 402 aa  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  26.92 
 
 		 418 aa  106  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0697  integrase family protein  26.13 
 
 		 618 aa  106  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  25.74 
 
 		 389 aa  106  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04051  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.29 
 
 		 415 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  26.49 
 
 		 394 aa  105  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  25.31 
 
 		 404 aa  104  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2104  phage integrase family site specific recombinase  26.09 
 
 		 420 aa  103  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000885987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1097  putative phage integrase  26.46 
 
 		 643 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0408493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1340  phage integrase family protein  26.23 
 
 		 487 aa  103  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.680009  normal  0.929089 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  27.74 
 
 		 417 aa  102  9e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  27.96 
 
 		 396 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.45 
 
 		 420 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  24.8 
 
 		 400 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  26.62 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4162  integrase family protein  25.72 
 
 		 422 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806899  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  24.69 
 
 		 391 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  26.23 
 
 		 401 aa  102  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  27.14 
 
 		 404 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1188  phage integrase family protein  26.76 
 
 		 419 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  25.56 
 
 		 410 aa  101  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  25.5 
 
 		 404 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  25.23 
 
 		 402 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  26.68 
 
 		 406 aa  100  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  25.74 
 
 		 414 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  25.06 
 
 		 402 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3372  integrase family protein  24 
 
 		 601 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  25.42 
 
 		 405 aa  100  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  26 
 
 		 408 aa  100  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  26.85 
 
 		 418 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  25.43 
 
 		 391 aa  99.8  7e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  24.12 
 
 		 397 aa  99.8  7e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  28.57 
 
 		 420 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1371  phage integrase family protein  25.34 
 
 		 453 aa  99.8  7e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1514  integrase family protein  28.35 
 
 		 423 aa  99.8  8e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  25.44 
 
 		 410 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3306  Phage integrase  25.62 
 
 		 450 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.889733  normal  0.962231 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  24.04 
 
 		 387 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  29.8 
 
 		 367 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  25.74 
 
 		 409 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4662  site-specific recombinase, phage integrase family protein  28.48 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  25.12 
 
 		 409 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  28.14 
 
 		 423 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4740  integrase family protein  27.72 
 
 		 418 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02760  hypothetical protein  28.57 
 
 		 319 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000757589  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3779  phage integrase family protein  25.26 
 
 		 404 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.794944 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  26.15 
 
 		 413 aa  98.2  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  26.2 
 
 		 394 aa  97.8  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  26.2 
 
 		 394 aa  97.8  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  25.5 
 
 		 439 aa  98.2  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  29.41 
 
 		 421 aa  97.8  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  25.74 
 
 		 397 aa  97.4  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3466  integrase family protein  25.47 
 
 		 644 aa  97.4  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  25.56 
 
 		 404 aa  97.4  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  26.54 
 
 		 411 aa  97.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  25.62 
 
 		 396 aa  97.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  26.99 
 
 		 419 aa  97.1  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  29.1 
 
 		 421 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>