237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2978 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2978  prophage LambdaSo, site-specific recombinase phage integrase family protein  100 
 
 		 399 aa  820    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2610  integrase family protein  83.63 
 
 		 411 aa  710    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155503 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0405  phage integrase family protein  38.12 
 
 		 402 aa  278  9e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.629501  normal  0.976028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3889  phage integrase, putative  38.96 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000353876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4354  integrase family protein  37.63 
 
 		 445 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0248698 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4126  phage integrase family protein  40.1 
 
 		 432 aa  272  7e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.727989  normal  0.817809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1555  phage integrase, putative  35.98 
 
 		 423 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.206278  decreased coverage  0.0000047649 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1655  phage integrase family protein  33.16 
 
 		 420 aa  193  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0191595  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3261  phage integrase  33.16 
 
 		 417 aa  189  7e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0304734  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2028  integrase family protein  31.09 
 
 		 422 aa  189  9e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0404622  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3363  phage integrase family protein  31.09 
 
 		 422 aa  189  9e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.267116  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1861  phage integrase family protein  31.09 
 
 		 422 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00488759  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1973  phage integrase family protein  31.09 
 
 		 422 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0686713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3391  integrase family protein  31.09 
 
 		 422 aa  188  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443618 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3254  phage integrase family protein  30.83 
 
 		 422 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1978  integrase family protein  30.83 
 
 		 422 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000635719  normal  0.0552843 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3487  integrase family protein  30.83 
 
 		 422 aa  186  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0968357  unclonable  0.00000880604 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2555  phage integrase family protein  30.57 
 
 		 422 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0772  integrase family protein  31.17 
 
 		 418 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.045428  normal  0.308658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0745  phage integrase family protein  31.17 
 
 		 418 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0686713  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3610  phage integrase family protein  31.17 
 
 		 418 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000842919  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0775  integrase family protein  30.91 
 
 		 418 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1581  hypothetical protein  36.07 
 
 		 168 aa  88.2  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0638214  normal  0.178566 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0234  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 416 aa  84.7  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  25.37 
 
 		 423 aa  84  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2855  phage integrase family protein  26.05 
 
 		 412 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.866183 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  26.32 
 
 		 414 aa  78.6  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  26.32 
 
 		 414 aa  77.4  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  29.21 
 
 		 408 aa  77  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  27.31 
 
 		 416 aa  77  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  24.6 
 
 		 413 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  24.91 
 
 		 389 aa  72.8  0.000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  24.58 
 
 		 406 aa  72.4  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  25.42 
 
 		 413 aa  72.4  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0519  phage integrase  24.6 
 
 		 434 aa  70.5  0.00000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  24.22 
 
 		 417 aa  70.1  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  25.51 
 
 		 398 aa  69.7  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2626  phage integrase family protein  25.42 
 
 		 393 aa  69.3  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000269871  normal  0.0831358 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  24.43 
 
 		 395 aa  68.6  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  23.21 
 
 		 419 aa  67.8  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  23.05 
 
 		 397 aa  67  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2292  phage integrase family protein  26.95 
 
 		 393 aa  67  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.919949  normal  0.20238 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02509  Fels-2 prophage protein  24.54 
 
 		 409 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02473  hypothetical protein  24.54 
 
 		 409 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.36664  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  23.37 
 
 		 420 aa  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2905  phage integrase family protein  24.54 
 
 		 436 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.64 
 
 		 394 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  24.29 
 
 		 414 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  24.64 
 
 		 396 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.64 
 
 		 394 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  23.84 
 
 		 399 aa  64.3  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  23.1 
 
 		 420 aa  63.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2743  phage integrase  24.26 
 
 		 417 aa  62.8  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0469991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  22.68 
 
 		 403 aa  63.2  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  22.95 
 
 		 415 aa  62.4  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  27.51 
 
 		 400 aa  62.4  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1277  putative phage integrase  28.41 
 
 		 454 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.207014 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  22.86 
 
 		 432 aa  62.8  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  22.63 
 
 		 404 aa  62  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6722  integrase family protein  25.85 
 
 		 413 aa  62  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1721  phage integrase  25.62 
 
 		 413 aa  61.6  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.749059  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0388  phage integrase family site specific recombinase  26.51 
 
 		 429 aa  61.2  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1601  phage integrase family protein  24.44 
 
 		 416 aa  61.2  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.634793  normal  0.83663 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  21.94 
 
 		 411 aa  61.6  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  21.85 
 
 		 404 aa  60.8  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1267  phage integrase family protein  23.88 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0699075 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  23.08 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  25.75 
 
 		 410 aa  60.1  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1571  site-specific recombinase, phage integrase family  24.31 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0359454  decreased coverage  0.000000698249 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  26.6 
 
 		 404 aa  59.7  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  26.6 
 
 		 404 aa  59.7  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2917  phage integrase family site specific recombinase  23.99 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  26.6 
 
 		 404 aa  59.7  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  24.53 
 
 		 429 aa  59.3  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1761  integrase family protein  22.42 
 
 		 361 aa  59.7  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  22.31 
 
 		 379 aa  59.7  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3112  integrase family protein  23.49 
 
 		 412 aa  59.7  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.053252  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  26.83 
 
 		 402 aa  58.9  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  24.91 
 
 		 418 aa  59.3  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1471  phage integrase family site specific recombinase  24.25 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  24.91 
 
 		 477 aa  58.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  28.87 
 
 		 433 aa  58.9  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01627  integrase  22.68 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0723  integrase family protein  22.07 
 
 		 402 aa  58.2  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1967  integrase family protein  23.03 
 
 		 429 aa  58.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.211541  normal  0.0364461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  25.59 
 
 		 416 aa  57.8  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  23.21 
 
 		 404 aa  57.4  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3013  phage integrase family site specific recombinase  22.46 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0939  phage integrase family site specific recombinase  24.51 
 
 		 406 aa  57  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.456123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  27.59 
 
 		 377 aa  57.4  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5756  integrase family protein  22.22 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  22.55 
 
 		 404 aa  56.6  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2526  Phage integrase  24.01 
 
 		 481 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000237436  normal  0.0434699 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  21.82 
 
 		 404 aa  56.2  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  21.25 
 
 		 404 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  21.25 
 
 		 404 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  25.25 
 
 		 416 aa  55.5  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2277  phage integrase family site specific recombinase  26.79 
 
 		 402 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0249375  normal  0.0747113 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0927  integrase family protein  24.91 
 
 		 422 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2351  phage integrase  21.55 
 
 		 452 aa  55.1  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0439669  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>