More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2847 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  615  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  92.23 
 
 		 320 aa  568  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  91.92 
 
 		 320 aa  569  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  91.92 
 
 		 320 aa  568  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  89.15 
 
 		 295 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  87.84 
 
 		 301 aa  548  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  89.15 
 
 		 295 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  89.15 
 
 		 295 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  88.47 
 
 		 295 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  70.85 
 
 		 295 aa  441  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  69.73 
 
 		 296 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 296 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  65.54 
 
 		 309 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 294 aa  198  9e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 		 294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 294 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 294 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 311 aa  191  9e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 311 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 295 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 316 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 295 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 306 aa  168  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.29 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.79 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 328 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 312 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004316  transcriptional regulator LysR family  33.92 
 
 		 293 aa  165  9e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.610995  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.26 
 
 		 301 aa  165  9e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.02 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.27 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.14 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.04 
 
 		 348 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.74 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  33.56 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.74 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.74 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  32.52 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>