270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2844 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  100 
 
 		 399 aa  815    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  79.58 
 
 		 381 aa  635    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  79.58 
 
 		 381 aa  635    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  88.75 
 
 		 400 aa  717    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  88.24 
 
 		 400 aa  714    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  86.72 
 
 		 400 aa  709    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  80.37 
 
 		 381 aa  643    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  79.32 
 
 		 381 aa  633  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  79.32 
 
 		 381 aa  633  1e-180  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  73.23 
 
 		 380 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  71.65 
 
 		 381 aa  569  1e-161  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  72.18 
 
 		 381 aa  567  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  71.39 
 
 		 381 aa  560  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  58.75 
 
 		 381 aa  476  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  50.26 
 
 		 377 aa  396  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  50 
 
 		 379 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  49.21 
 
 		 379 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  46.44 
 
 		 381 aa  337  2.9999999999999997e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  45.14 
 
 		 383 aa  326  4.0000000000000003e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  46.48 
 
 		 381 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  38.21 
 
 		 388 aa  299  7e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  36.29 
 
 		 385 aa  270  5e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  36.96 
 
 		 385 aa  268  2e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  36.96 
 
 		 385 aa  268  2e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  36.96 
 
 		 385 aa  268  2e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  37.06 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  36.96 
 
 		 385 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  36.71 
 
 		 385 aa  266  5e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  36.8 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  36.2 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  36.55 
 
 		 385 aa  263  3e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  35.6 
 
 		 374 aa  257  3e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  35.16 
 
 		 375 aa  248  9e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  38.44 
 
 		 386 aa  246  4e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  37.92 
 
 		 390 aa  237  3e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  33.25 
 
 		 374 aa  227  2e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  32.71 
 
 		 373 aa  228  2e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  32.71 
 
 		 373 aa  228  2e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  34.65 
 
 		 385 aa  224  2e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  34.55 
 
 		 372 aa  224  2e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  42.07 
 
 		 379 aa  224  2e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  37.02 
 
 		 386 aa  223  4.9999999999999996e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  37.17 
 
 		 366 aa  218  2e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  36.25 
 
 		 381 aa  216  7e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  34.38 
 
 		 407 aa  209  6e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  33.59 
 
 		 387 aa  205  1e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.68 
 
 		 386 aa  202  8e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  37.65 
 
 		 382 aa  202  9e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  33.68 
 
 		 379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  32.52 
 
 		 409 aa  199  7e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.14 
 
 		 390 aa  199  7e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  37.12 
 
 		 375 aa  198  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.05 
 
 		 418 aa  196  4.0000000000000005e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  37.57 
 
 		 394 aa  193  6e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  37.8 
 
 		 392 aa  192  8e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  29.28 
 
 		 371 aa  187  2e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2390  exonuclease SbcD, putative  33.13 
 
 		 320 aa  186  9e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.303161  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  38.79 
 
 		 383 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  34.39 
 
 		 407 aa  180  4e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0170  nuclease SbcCD, D subunit, putative  31.25 
 
 		 383 aa  177  2e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  28 
 
 		 390 aa  176  5e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  29.92 
 
 		 392 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  36.43 
 
 		 389 aa  172  1e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  30.54 
 
 		 393 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1365  ATP-dependent dsDNA exonuclease  29.21 
 
 		 402 aa  169  7e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.9573  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  28.46 
 
 		 405 aa  150  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  31.68 
 
 		 418 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  31.53 
 
 		 414 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  31.46 
 
 		 412 aa  139  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  31.31 
 
 		 406 aa  136  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  30.26 
 
 		 425 aa  136  6.0000000000000005e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  29.87 
 
 		 400 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  24.46 
 
 		 407 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  30.87 
 
 		 408 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  26.27 
 
 		 409 aa  134  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  24.46 
 
 		 407 aa  134  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  36.54 
 
 		 409 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  30.03 
 
 		 400 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  30.03 
 
 		 400 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  30.03 
 
 		 400 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  30.03 
 
 		 400 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  30.03 
 
 		 400 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  30.03 
 
 		 400 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  31.44 
 
 		 409 aa  133  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04020  Exodeoxyribonuclease I subunit D  28.9 
 
 		 435 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0356343  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  29.94 
 
 		 425 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  26.62 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  28.44 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  32.11 
 
 		 400 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  35.05 
 
 		 409 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  29.39 
 
 		 410 aa  130  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  32.11 
 
 		 400 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  32.11 
 
 		 400 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  30.89 
 
 		 410 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  30.52 
 
 		 423 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  31.44 
 
 		 400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  31.58 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  28.57 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.31 
 
 		 418 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3506  nuclease SbcCD, D subunit  34.81 
 
 		 406 aa  127  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>