184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2726 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2726  cytochrome b, putative  100 
 
 
248 aa  507  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2317  cytochrome B561  83.06 
 
 
248 aa  440  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0816161  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2387  cytochrome B561  83.06 
 
 
248 aa  440  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.549561  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2510  cytochrome B561  85.89 
 
 
248 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00451745  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2491  cytochrome B561  79.84 
 
 
248 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114996  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1831  cytochrome B561  79.84 
 
 
248 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.436226 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1787  cytochrome B561  79.84 
 
 
248 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1795  cytochrome B561  79.84 
 
 
248 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2692  cytochrome B561  56.1 
 
 
261 aa  292  4e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000585757  normal  0.182683 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2214  cytochrome B561  53.04 
 
 
247 aa  287  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.312058  hitchhiker  0.00138122 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2388  cytochrome b561  56.07 
 
 
255 aa  276  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2729  cytochrome B561  53.01 
 
 
246 aa  265  5e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1941  cytochrome b561 family protein  41.03 
 
 
239 aa  172  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00760577  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2494  cytochrome b561  31.3 
 
 
214 aa  85.1  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6192  cytochrome B561  25.65 
 
 
195 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1243  cytochrome B561  28.02 
 
 
222 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.822746  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2422  cytochrome B561  35.14 
 
 
204 aa  79  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308564  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1784  cytochrome B561  29.02 
 
 
241 aa  78.6  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1341  cytochrome B561  34.81 
 
 
226 aa  78.6  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000605388 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0744  cytochrome B561  25.86 
 
 
387 aa  77  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0597147  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1764  cytochrome B561  28.09 
 
 
212 aa  76.6  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.432878  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3146  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.64 
 
 
258 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0114554  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0113  cytochrome B561  29.39 
 
 
241 aa  75.9  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2911  cytochrome B561  29.79 
 
 
221 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0574  cytochrome B561  25.43 
 
 
243 aa  75.1  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  0.211296 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3134  cytochrome B561  29.79 
 
 
265 aa  74.7  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2321  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.23 
 
 
258 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0473  cytochrome B561  35.77 
 
 
226 aa  74.3  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.323429  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3424  cytochrome B561  27.95 
 
 
218 aa  73.6  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3770  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  23.53 
 
 
244 aa  73.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52768  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1074  cytochrome B561  32.34 
 
 
231 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0236841  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2219  cytochrome B561  25.41 
 
 
229 aa  72.4  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.916384  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0874  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.71 
 
 
222 aa  72.4  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3716  cytochrome B561  25.76 
 
 
229 aa  71.6  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254842  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2054  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.32 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3906  cytochrome B561  27.51 
 
 
219 aa  70.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2042  cytochrome B561  36.84 
 
 
236 aa  70.1  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0005809  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1324  cytochrome B561  28.02 
 
 
219 aa  70.1  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0109  cytochrome B561  25.85 
 
 
226 aa  69.3  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3204  cytochrome B561  25.22 
 
 
192 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0121  nickel-iron hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.08 
 
 
222 aa  68.9  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.347229  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0067  CybP  29.33 
 
 
349 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0502  cytochrome B561  24.37 
 
 
237 aa  68.2  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.677446  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5579  cytochrome b561 family protein  23.21 
 
 
184 aa  67.4  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.851973  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2739  cytochrome B561  32.19 
 
 
230 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00196146  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0543  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  22.27 
 
 
218 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1061  cytochrome B561  26.5 
 
 
230 aa  67  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6334  cytochrome B561  29.63 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.741666 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3330  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  23.71 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1882  cytochrome B561  25.86 
 
 
182 aa  65.9  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4699  cytochrome B561  26.87 
 
 
200 aa  66.2  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3658  cytochrome B561  31.69 
 
 
179 aa  65.9  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.76446 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2354  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  26.43 
 
 
175 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4513  cytochrome B561  25 
 
 
177 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299836  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0268  cytochrome B561  33.33 
 
 
227 aa  65.5  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2130  cytochrome B561  23.55 
 
 
390 aa  65.9  0.0000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.578698  normal  0.698297 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6225  cytochrome B561  29.69 
 
 
245 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414079  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1156  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  20.97 
 
 
242 aa  65.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.190258  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1170  cytochrome b561  25.75 
 
 
222 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0215  cytochrome B561  27.88 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3282  cytochrome B561  27.85 
 
 
231 aa  65.1  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00209273  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1164  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  23.39 
 
 
242 aa  65.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210413  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4935  cytochrome B561  25.66 
 
 
187 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0245  cytochrome B561  24.89 
 
 
198 aa  64.7  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4483  cytochrome b, putative  23.01 
 
 
198 aa  63.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3987  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  24.49 
 
 
234 aa  64.3  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0173  cytochrome B561  25.65 
 
 
248 aa  64.3  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.551563  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2058  cytochrome B561  25.65 
 
 
251 aa  64.3  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0361  cytochrome B561  29.17 
 
 
195 aa  64.3  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.471527  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6037  cytochrome B561  25.97 
 
 
181 aa  63.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0475  cytochrome b  25.1 
 
 
199 aa  63.5  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2127  cytochrome B561  25.1 
 
 
199 aa  63.5  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1265  cytochrome B561  24.23 
 
 
222 aa  63.5  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348769 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1211  cytochrome B561  24.62 
 
 
178 aa  62.8  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0526  cytochrome B561  26.34 
 
 
190 aa  63.2  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2075  putative nickel-dependent hydrogenase cytochrome b-type subunit  23.17 
 
 
202 aa  62.8  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00002288  normal  0.934611 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3286  cytochrome B561  24.02 
 
 
210 aa  62.8  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0957495 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0900  b-type cytochrome, putative  28.38 
 
 
222 aa  62.8  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.983268  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2175  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  22.63 
 
 
250 aa  62.4  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000847396  normal  0.136379 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1133  cytochrome B561  29.93 
 
 
229 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000490304  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1134  cytochrome B561  29.93 
 
 
229 aa  62.4  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000156363  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2397  cytochrome B561  24.9 
 
 
198 aa  62.4  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0117421  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5867  cytochrome B561  28.78 
 
 
245 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1295  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  24.9 
 
 
243 aa  62  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00118042  normal  0.526274 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1204  cytochrome B561  29.93 
 
 
229 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000144641  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3777  cytochrome B561  25.42 
 
 
198 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2027  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.7 
 
 
240 aa  61.6  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2545  cytochrome B561  30.71 
 
 
193 aa  61.6  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1998  Ni/Fe-hydrogenase, 1 b-type cytochrome subunit  23.75 
 
 
247 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.130131  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0285  cytochrome B561  29.77 
 
 
222 aa  60.1  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0260456  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0461  cytochrome b561  25 
 
 
213 aa  60.5  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0835  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.21 
 
 
234 aa  60.1  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1860  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  22.86 
 
 
227 aa  60.1  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0244  cytochrome B561  24.58 
 
 
198 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000989788 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0290  cytochrome B561  29.77 
 
 
222 aa  60.1  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000341868 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0510  cytochrome B561  25.89 
 
 
190 aa  60.1  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0112107 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4949  cytochrome B561  30.28 
 
 
207 aa  60.1  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2429  [Ni/Fe] hydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  25.22 
 
 
251 aa  60.1  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.943103  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0691  cytochrome B561  22.46 
 
 
202 aa  60.1  0.00000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.731454  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1972  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.1 
 
 
246 aa  60.1  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.184335  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>