More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2507 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  76.66 
 
 
634 aa  1011    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
634 aa  1311    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  78.23 
 
 
634 aa  1028    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.5 
 
 
642 aa  679    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  77.92 
 
 
634 aa  1002    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.56 
 
 
638 aa  648    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.67 
 
 
634 aa  702    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  51.59 
 
 
631 aa  657    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.71 
 
 
634 aa  1010    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  88.96 
 
 
634 aa  1166    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  89.91 
 
 
634 aa  1149    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.02 
 
 
634 aa  1013    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.24 
 
 
632 aa  745    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.26 
 
 
632 aa  751    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  78.23 
 
 
634 aa  1028    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  88.01 
 
 
634 aa  1132    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  55.34 
 
 
646 aa  720    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  41.19 
 
 
634 aa  349  9e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.7 
 
 
623 aa  256  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.76 
 
 
663 aa  195  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.6 
 
 
645 aa  177  4e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.5 
 
 
648 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.05 
 
 
648 aa  158  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 
648 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.83 
 
 
648 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.16 
 
 
642 aa  153  8e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.79 
 
 
644 aa  153  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  24.83 
 
 
648 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  26.5 
 
 
596 aa  151  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1114  putative diguanylate phosphodiesterase  26.62 
 
 
568 aa  148  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.42 
 
 
696 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.24 
 
 
650 aa  144  6e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  25.65 
 
 
818 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  26.52 
 
 
635 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  25.91 
 
 
669 aa  142  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 
731 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  23.75 
 
 
635 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  25.59 
 
 
806 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.51 
 
 
637 aa  140  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  24.6 
 
 
650 aa  140  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  23.68 
 
 
646 aa  139  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  25.05 
 
 
823 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.65 
 
 
1072 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.439713  normal  0.242332 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.38 
 
 
818 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
805 aa  137  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.880185  normal  0.800822 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  24.42 
 
 
811 aa  137  5e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.6 
 
 
818 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  23.83 
 
 
571 aa  137  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  24.38 
 
 
973 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  24.09 
 
 
646 aa  137  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.78 
 
 
663 aa  137  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.73 
 
 
637 aa  136  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.49 
 
 
820 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.18 
 
 
792 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.1 
 
 
637 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  23.87 
 
 
646 aa  135  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.87 
 
 
646 aa  135  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  23.87 
 
 
646 aa  135  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  23.87 
 
 
646 aa  135  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.17 
 
 
975 aa  135  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  23.87 
 
 
646 aa  135  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  23.87 
 
 
646 aa  135  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  23.87 
 
 
646 aa  135  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  23.87 
 
 
646 aa  135  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.65 
 
 
1021 aa  134  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  24.48 
 
 
1121 aa  133  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  22.71 
 
 
643 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  23.61 
 
 
657 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.79 
 
 
803 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1226  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.93 
 
 
807 aa  132  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0558955 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.88 
 
 
958 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.27 
 
 
649 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  25.61 
 
 
676 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001930  sensory box/GGDEF family protein  25.82 
 
 
815 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1737  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  23.42 
 
 
818 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.94 
 
 
808 aa  131  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3655  PAS:GGDEF  24.38 
 
 
820 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.979803  normal  0.755172 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  24.36 
 
 
734 aa  130  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.61 
 
 
981 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000761227 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.88 
 
 
650 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.43 
 
 
732 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.310798  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  24.06 
 
 
639 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.51 
 
 
645 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2442  sensory box/GGDEF family protein  24.72 
 
 
768 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  24.35 
 
 
647 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  24.83 
 
 
636 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.61 
 
 
738 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  25.17 
 
 
637 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  24.14 
 
 
647 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  24.84 
 
 
646 aa  128  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  24.04 
 
 
637 aa  128  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  24.84 
 
 
646 aa  128  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  24.84 
 
 
646 aa  128  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  25.17 
 
 
636 aa  128  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  24.04 
 
 
638 aa  128  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  24.84 
 
 
646 aa  128  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  23.62 
 
 
640 aa  128  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  22.8 
 
 
641 aa  128  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  24.04 
 
 
638 aa  128  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  24.35 
 
 
647 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>