More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2427 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  81.03 
 
 
838 aa  1386    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  50.93 
 
 
817 aa  785    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  71.81 
 
 
843 aa  1241    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  81.45 
 
 
709 aa  1080    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  100 
 
 
853 aa  1739    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  93.2 
 
 
853 aa  1638    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  93.08 
 
 
853 aa  1636    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  93.08 
 
 
853 aa  1636    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  69.98 
 
 
839 aa  1194    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  79.06 
 
 
855 aa  1357    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  67.29 
 
 
836 aa  1170    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  71.78 
 
 
841 aa  1227    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  78.95 
 
 
855 aa  1336    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  68.27 
 
 
842 aa  1170    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  96.01 
 
 
853 aa  1680    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  40.95 
 
 
869 aa  601  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  39.07 
 
 
873 aa  545  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  39.71 
 
 
873 aa  545  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1516  TonB-dependent receptor  35.45 
 
 
933 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000131421  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2627  TonB-dependent receptor  34.39 
 
 
937 aa  459  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000622883  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2722  TonB-dependent receptor  34.84 
 
 
930 aa  456  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000264454  hitchhiker  0.00000515529 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1621  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 
930 aa  452  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00153762  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1655  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 
930 aa  452  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.375074  normal  0.0861797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1623  TonB-dependent receptor  34.25 
 
 
935 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000685263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2720  TonB-dependent receptor  34.25 
 
 
935 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000443965  decreased coverage  0.0000000374921 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1659  TonB-dependent receptor  34.25 
 
 
935 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000155568  normal  0.103819 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3082  TonB-dependent receptor  35.14 
 
 
965 aa  438  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000538952  decreased coverage  0.0000060064 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1822  TonB-dependent receptor, putative  34.18 
 
 
936 aa  432  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02820  TonB-dependent receptor  33.3 
 
 
935 aa  416  9.999999999999999e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00655846  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  33.87 
 
 
904 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3438  TonB-dependent receptor  33.86 
 
 
904 aa  412  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3509  TonB-dependent receptor  33.15 
 
 
904 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  33.15 
 
 
904 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2467  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 
907 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000162909  hitchhiker  0.00002571 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3309  TonB-dependent receptor  31.07 
 
 
981 aa  381  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.018449  normal  0.497623 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  32.04 
 
 
897 aa  377  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2535  TonB-dependent receptor  31.33 
 
 
966 aa  375  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00182165  unclonable  0.0000531763 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 
907 aa  371  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2411  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 
901 aa  364  4e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135227  normal  0.143367 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3757  TonB-dependent receptor  32.23 
 
 
924 aa  358  2.9999999999999997e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.19794  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2427  TonB-dependent receptor, plug  30.78 
 
 
966 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000018893  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 
944 aa  335  2e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0250  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 
952 aa  329  1.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117103  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 
891 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1633  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 
938 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000109848  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 
953 aa  315  1.9999999999999998e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  29.35 
 
 
872 aa  313  6.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2373  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 
966 aa  313  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3083  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 
912 aa  312  2e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000522801  decreased coverage  0.000005339 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  28.65 
 
 
974 aa  305  3.0000000000000004e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 
890 aa  302  2e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 
935 aa  302  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 
890 aa  300  9e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  29.52 
 
 
869 aa  298  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 
890 aa  294  4e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3424  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 
944 aa  293  7e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00012336  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2653  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 
948 aa  293  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0810982  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  29.98 
 
 
871 aa  290  5.0000000000000004e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2471  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 
957 aa  290  7e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.464894  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 
975 aa  290  8e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 
896 aa  289  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01035  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 
946 aa  289  2e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2993  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 
966 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000340556  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  27.86 
 
 
985 aa  286  1.0000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5429  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 
1088 aa  284  4.0000000000000003e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0208974 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 
910 aa  283  1e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0124  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 
951 aa  283  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000377031  unclonable  0.0000000000937896 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  30.37 
 
 
909 aa  283  1e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1696  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 
924 aa  278  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.438223  hitchhiker  0.000325998 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2767  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 
924 aa  278  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0740261 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3321  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 
987 aa  278  3e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0185531  normal  0.64896 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2688  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 
924 aa  278  3e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161731  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1674  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
951 aa  277  8e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.215373  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 
876 aa  275  3e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 
909 aa  275  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  29.04 
 
 
929 aa  274  6e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 
886 aa  272  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 
882 aa  271  4e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  29.23 
 
 
886 aa  270  8e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 
882 aa  270  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 
866 aa  270  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  29.1 
 
 
827 aa  267  5e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 
969 aa  267  5.999999999999999e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02600  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 
981 aa  267  5.999999999999999e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 
875 aa  265  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 
869 aa  265  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1513  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 
964 aa  265  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  29.77 
 
 
880 aa  264  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4165  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 
947 aa  263  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00322624  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1499  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 
894 aa  258  4e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 
867 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 
867 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 
867 aa  255  3e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 
892 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3144  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 
1040 aa  254  6e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140885  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 
867 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 
874 aa  249  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  26.71 
 
 
896 aa  248  4e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1810  TonB-dependent receptor, plug  27.3 
 
 
961 aa  248  4e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0488165  normal  0.142718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3121  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 
884 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.518679 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>